A. linux下如何配置MPI,如何在MPI環境下編譯fortran並行程序
先安裝
MPICH
然後可以用
mpif77,這個其實是調用
gfortran
等編譯器的腳本而已
B. vasp5.2 並行編譯如何修改makefile
1.用intel編譯mpi
2.設置好編譯器和數學庫的路徑,source使生效
3.在makefile里,修改編譯器,打開mpi部分並注釋掉前面的串列部分
4.make吧
C. lammps 可以同時編譯 並行 和 單核嗎
並行技術可分為三類,分別是線程庫、消息傳遞庫和編譯器支持。線程庫(如 POSIX* 線程和 Windows* API 線程)可實現對線程的顯性控制;如果需要對線程進行精細管理,可以考慮使用這些顯性線程技術。藉助消息傳遞庫(如消息傳遞介面〔MPI〕),應用程序可同時利用多台計算機,它們彼此間不必共享同一內存空間。MPI 廣泛應用於科學計算領域。第三項技術是在編譯器中實現的線程處理支持,採用的形式自動並行化。一旦將線程處理引入到應用程序中,開發人員就可能要面對一系列新的編程缺陷(Bug)。其中許多缺陷是難以檢測到的,需要付出額外的時間和關注以確保程序的正確運行。一些比較常見的線程處理問題包括:數據爭用 ,同步,線程停頓 ,鎖 ,共享錯誤.
並行技術可以分為多進程編程和多線程編程。人們總會用某種IPC(inter-process communication,進程間通信)的形式來實現進程間同步,如管道(pipes),信號量(semaphores),信息隊列(message queues),或者共享存儲(shared memory)。在所有的這些IPC形式中,共享存儲器是最快的(除了門(doors)之外)。在處理進程間資源管理,IPC和同步時,你可以選擇 POSIX或者System V的定義。
線程技術早在20世紀60年代就被提出,但真正應用多線程到操作系統中還是在20世紀80年代中期。現在,多線程技術已經被許多操作系統所支持,包括Windows NT/2000和Linux。
在1999年1月發布的Linux 2.2內核中,進程是通過系統調用fork創建的,新的進程是原來進程的子進程。需要說明的是,在Linux 2.2.x中,不存在真正意義上的線程,Linux中常用的線程Pthread實際上是通過進程來模擬的。
也就是說,Linux中的線程也是通過fork創建的,是「輕」進程。Linux 2.2預設只允許4096個進程/線程同時運行,而高端系統同時要服務上千的用戶,所以這顯然是一個問題。它一度是阻礙Linux進入企業級市場的一大因素。
2001年1月發布的Linux 2.4內核消除了這個限制,並且允許在系統運行中動態調整進程數上限。因此,進程數現在只受制於物理內存的多少。在高端伺服器上,即使只安裝了512MB內存,現在也能輕而易舉地同時支持1.6萬個進程。
在Linux 2.5內核中,已經做了很多改進線程性能的工作。在Linux 2.6中改進的線程模型仍然是由Ingo Molnar 來完成的。它基於一個1:1的線程模型(一個內核線程對應一個用戶線程),包括內核內在的對新NPTL(Native Posix Threading Library)的支持,這個新的NPTL是由Molnar和Ulrich Drepper合作開發的。
2003年12月發布的Linux 2.6內核,對進程調度經過重新編寫,去掉了以前版本中效率不高的演算法。進程標識號(PID)的數目也從3.2萬升到10億。內核內部的大改變之一就是Linux的線程框架被重寫,以使NPTL可以運行其上。
在現代操作系統里,同一時間可能有多個內核執行流在執行,因此內核其實象多進程多線程編程一樣也需要一些同步機制來同步各執行單元對共享數據的訪問。尤其是在多處理器系統上,更需要一些同步機制來同步不同處理器上的執行單元對共享的數據的訪問。在主流的Linux內核中包含了幾乎所有現代的操作系統具有的同步機制,這些同步機制包括:原子操作、信號量(semaphore)、讀寫信號量(rw_semaphore)、spinlock、BKL(Big Kernel Lock)、rwlock、brlock(只包含在2.4內核中)、RCU(只包含在2.6內核中)和seqlock(只包含在2.6內核中)。
現在的隨著現在計算機體系結構的發展,指令級的並行和線程級的並行都在日新月異地發展著.
D. vasp5.3並行編譯錯誤,求助
./configure --prefix=/opt/openmpi-1.6.5 CC=icc CXX=icpc FC77=ifort FC=ifort 貌似這樣不行,能直接進文本改么。。。像vasp那樣
E. 在64位系統上並行編譯fluent15的udf出現 hash.h無法 請問解決了嗎
連動數碼不錯,可以解決你這樣的問題。(方法:打開手機qq->動態->興趣部落->搜索:連動數碼->關注->發帖) 追蹤著鹿的獵人是看不見山的ifAmf4bwN詹吵
F. linux下如何配置MPI,如何在MPI環境下編譯fortran並行程序
先安裝 MPICH
然後可以用 mpif77,這個其實是調用 gfortran 等編譯器的腳本而已
G. 目前處理並行編譯技術有哪幾種方法
三種形式編輯
時間並行
時間並行指時間重疊,在並行性概念中引入時間因素,讓多個處理過程在時間上相互錯開,輪流重疊地使用同一套硬體設備的各個部分,以加快硬體周轉而贏得速度。?
時間並行性概念的實現方式就是採用流水處理部件。這是一種非常經濟而實用的並行技術,能保證計算機系統具有較高的性能價格比。目前的高性能微型機幾乎無一例外地使用了流水技術。
空間並行
空間並行指資源重復,在並行性概念中引入空間因素,以「數量取勝」為原則來大幅度提高計算機的處理速度。大規模和超大規模集成電路的迅速發展為空間並行技術帶來了巨大生機,因而成為實現並行處理的一個主要途徑。空間並行技術主要體現在多處理器系統和多計算機系統。但是在單處理器系統中也得到了廣泛應用。?
時間並行+空間並行
指時間重疊和資源重復的綜合應用,既採用時間並行性又採用空間並行性。顯然,第三種並行技術帶來的高速效益是最好的。
H. 我們來講解以下如何才能編寫並行程序,以及如何編譯運行
我們下面以C 語言為例。
具體語法規則可參看《高性能計算並行編程技術-MPI 並行程序設計》一書。
mpicc -o outfilename cpi.c
其中outfilename 為編譯後的輸出文件,cpi.c 為源代碼.
可將cpi.c 下載後上傳的自己目錄下編譯.
例如:mpicc -o cpi cpi.c
如沒有安裝OpenPBS 則:
mpirun -np 4 cpi
否則:(一般安裝了)
之後需寫一作業提交腳本.例如:submit 內容如下:
#PBS -l nodes=nodes number
#PBS -N jobname#PBS -j oecd /home/xmin/Project
/usr/local/bin/mpiexec cpi
其中 #PBS -l nodes=nodes number 為指定幾個節點計算.如: nodes=4
#PBS -N jobname 為用戶命名的提交作業名稱.如: #PBS -N xmin
#PBS -j oe 為結果和錯誤輸出同文件.如無此項則分別在兩個文件中.
cd /home/xmin/Project 編譯後的輸出文件所在路徑(從根目錄開始).
/usr/local/bin/mpiexec cpi 為mpiexec 所在路徑.
下面是完整例子:
#PBS -l nodes=4
#PBS -N xmin#PBS -j oecd /home/xmin/Project
/usr/local/bin/mpiexec cpi
提交腳本如下:
qsub submit得到如下:3565.isc.math.nankai.e.cn
此為你的作業編號.
這樣你就可得到類似xmin.o2666 的文件,打開即可看到結果.
你還可以查詢作業提交情況.命令如下:qstat
I. 在64位系統上並行編譯fluent15的udf出現 hash.h無法打開basetsd.h的問題,還請賜教,謝謝!
在網上下載一個basetsd.h文件放到與hash.h相同文件夾即可
http://vdisk.weibo.com/s/C4l708yjOPQ0O?category_id=0&parents_ref=C4l708yjOPQ2t,C4l708yjOPQ2u
J. wien2k k點並行需要編譯並行的wien嗎
當某一地區乾旱時,我要帶上許多清涼的水,飛到乾旱地區,讓乾旱地區的人們飲用,然後,我帶著水,邊飛邊撒,下一場及時雨.
當某一地方大堤塌陷時,我要身扛幾百萬泥石袋,火速趕到,拯救沿海人民.
當某一地區發生超級大地震時,我要用健美的臂膀,把壓在人們身上的碎石塊,通通搬走.還要念魔法,讓這一帶恢復原狀,讓人們身上的傷口,快癒合.
當發生搶劫案時,我就會飛到壞蛋面前,一把揪住他的衣服,讓壞蛋束手就擒.如若壞蛋不服,我就要使出超人派絕招—無敵連環拳,讓壞蛋心服口服.
當發生不能預知的海嘯時,我要用超能力變成一張無敵大膜,阻止海水前行,如果有人在劃船的話,我就把頭發變成鉤子,鉤住小船,然後把
小船拉到安全地帶.這樣,就不會有人員傷亡了.