A. VASP 計算問題小結
第一性原理其實是包括基於密度泛函的從頭算和基於Hartree-Fock自洽計算的從頭算，前者以電子密度作為基本變數（霍亨伯格-科洪定理），通過求解Kohn-Sham方程，迭代自洽得到體系的基態電子密度，然後求體系的基態性質；後者則通過自洽求解Hartree-Fock方程，獲得體系的波函數，求基態性質
DFT中密度泛函的Functional, 包括LDA，GGA，雜化泛函等等
在處理計算體系中原子的電子態時，有兩種方法，一種是考慮所有電子，叫做全電子法，比如WIEN2K中的FLAPW方法(線性綴加平面波)；此外還有一種方法是只考慮價電子，而把芯電子和原子核構成離子實放在一起考慮，即贗勢法，一般贗勢法是選取一個截斷半徑，截斷半徑以內，波函數變化較平滑，和真實的不同，截斷半徑以外則和真實情況相同，而且贗勢法得到的能量本徵值和全電子法應該相同。
贗勢包括模守恆和超軟，模守恆較硬，一般需要較大的截斷能，超軟勢則可以用較小的截斷能即可。另外，模守恆勢的散射特性和全電子相同，因此一般紅外，拉曼等光譜的計算需要用模守恆勢。
贗勢的測試標准應是贗勢與全電子法計算結果的匹配度 ，而不是贗勢與實驗結果的匹配度，因為和實驗結果的匹配可能是偶然的。
一般何時考慮自旋呢？舉例子，例如BaTiO3中，Ba、Ti和O分別為+2，+4和-2價，離子全部為各個軌道滿殼層的結構，就不必考慮自旋了；對於BaMnO3中，由於Mn+3價時d軌道還有電子，但未滿，因此需考慮Mn的自旋，至於Ba和O則不必考慮。其實設定自旋就是給定一個原子磁矩的初始值，只在剛開始計算時作為初始值使用，具體的可參照磁性物理。
包括很多種了，比如晶格常數和原子位置同時優化，只優化原子位置，只優化晶格常數，還有晶格常數和原子位置分開優化等等。在PRL一篇文章中見到過只優化原子位置，晶格常數用實驗值的例子（PRL 100, 186402 (2008)）；也見到過晶格常數先優化，之後固定晶格常數優化原子位置的情況；更多的情況則是Full geometry optimization。
一般情況下，也有不優化幾何結構直接計算電子結構的，但是對於缺陷形成能的計算則往往要優化。
軟體大致分為基於平面波的軟體，如CASTEP、PWSCF和ABINIT等等，計算量大概和體系原子數目的三次方相關；還有基於原子軌道線性組合的軟體(LCAO)，比如openmx，siesta，dmol等，計算量和體系原子數目相關，一般可模擬較多原子數目的體系。
VASP是使用贗勢和平面波基組，進行從頭量子力學分子動力學計算的軟體包，它基於CASTEP 1989版開發。VAMP/VASP中的方法基於有限溫度下的局域密度近似（用自由能作為變數）以及對每一MD步驟用有效矩陣對角方案和有效Pulay混合求解瞬時電子基態。這些技術可以避免原始的Car-Parrinello方法存在的一切問題，而後者是基於電子、離子運動方程同時積分的方法。離子和電子的相互作用超緩Vanderbilt贗勢(US-PP)或投影擴充波(PAW)方法描述。兩種技術都可以相當程度地減少過渡金屬或第一行元素的每個原子所必需的平面波數量。力與張量可以用VAMP/VASP很容易地計算，用於把原子衰減到其瞬時基態中。
我們平時最常用的研究方法是做單點能計算，結構優化、從頭計算的分子動力學和電子結構相關性質的計算。一般我們的研究可以按照這樣的過程來進行
跟其它軟體類似，VASP具有單點能計算的功能。也就是說，對一個給定的固定不變的結構（包括原子、分子、表面或體材料）能夠計算其總能，即靜態計算功能。
單點能計算需要的參數最少，最多隻要在 KPOINTS 文件中設置一下合適的K點或者在 INCAR 文件中給定一個截斷能 ENCUT 就可以了。還有一個參數就是電子步的收斂標準的設置 EDIFF，默認值為 EDIFF=1E-4，一般不需要修改這個值。
具體來說要計算單點能，只要在 INCAR 中設置 IBRION=-1 也就是讓離子不移動就可以了。
結構優化又叫結構弛豫 (structure relax) ，是指通過對體系的坐標進行調整，使得其能量或內力達到最小的過程，與動力學退火不同，它是一種在0K下用原子間靜力進行優化的方法。可以認為結構優化後的結構是相對穩定的基態結構，能夠在實驗之中獲得的幾率要大些（當然這只是理論計算的結果，必須由實驗來驗證）。
一般要做弛豫計算，需要設置弛豫收斂標准，也就是告訴系統收斂達成的判據 （convergence break condition) ，當系統檢測到能量變化減小到一個確定值時例如 EDIFFG=1E-3 時視為收斂中斷計算，移動離子位置嘗試進行下一步計算。EDIFFG 這個值可以為負，例如 EDIFFG=-0.02 ，這時的收斂標準是當系統發現所有離子間作用力都小於給定的數值，如 0.02eV/A 時視為收斂而中斷。
弛豫計算主要有兩種方式：准牛頓方法(quasi-Newton RMM-DIIS)和共軛梯度法(CG)兩種。准牛頓方法計算速度較快，適合於初始結構與平衡結構（勢能面上全局最小值）比較接近的情況，而 CG 方法慢一些，找到全局最小的可能性也要大一些。選擇方法為 IBRION=1 時為准牛頓方法而 IBRION=2 時為 CG 方法。
具體來說要做弛豫計算，設置 IBRION=1 或者 2 就可以了，其它參數根據需要來設置。NSW 是進行弛豫的最大步數，例如設置 NSW=100，當計算在 100 步之內達到收斂時計算自動中斷，而 100 步內沒有達到收斂的話系統將在第 100 步後強制中止（平常計算步數不會超過 100 步，超過 100 步可能是計算的體系出了問題）。參數通常可以從文獻中發現，例如收斂標准 EDIFFG 等。
有的時候我們需要一些帶限制條件的弛豫計算，例如凍結部分原子、限制自旋的計算等等。凍結部分原子可以在 POSCAR 文件中設置 selective dynamic 來實現。自旋多重度限制可以在 INCAR 中以 NUPDOWN 選項來設置。另外 ISIF 選項可以控制弛豫時的晶胞變化情況，例如晶胞的形狀和體積等。
費米面附近能級電子分布的 smearing 是一種促進收斂的有效方法，可能產生物理意義不明確的分數占據態情況，不過問題不大。在 INCAR 文件中以 ISMEAR 來設置。一般來說 K 點只有一兩個的時候採用 ISMEAR=0，金屬體材料用 ISMEAR=1 或 2 ,半導體材料用 ISMEAR=-5 等等。不過有時電子步收斂速度依然很慢，還需要設置一些演算法控制選項，例如設置 ALGO=Very_Fast，減小真空層厚度，減少 K 點數目等。
弛豫是一種非常有效的分析計算手段，雖然是靜力學計算但是往往獲得一些動力學得不到的結果。
vasp 做分子動力學的好處，由於vasp是近些年開發的比較成熟的軟體，在做電子 scf 速度方面有較好的優勢。缺點：可選系綜太少。盡管如此，對於大多數有關分子動力學的任務還是可以勝任的。主要使用的系綜是 NVT 和 NVE。一般做分子動力學的時候都需要較多原子，一般都超過100個。當原子數多的時候，k點實際就需要較少了。有的時候用一個k點就行，不過這都需要嚴格的測試。通常超過200個原子的時候，用一個k點，即 Gamma 點就可以了。
結構弛豫的判據一般有兩中選擇：能量和力。這兩者是相關的，理想情況下，能量收斂到基態，力也應該是收斂到平衡態的。但是數值計算過程上的差異導致以二者為判據的收斂速度差異很大，力收斂速度絕大部分情況下都慢於能量收斂速度。這是因為力的計算是在能量的基礎上進行的，能量對坐標的一階導數得到力。計算量的增大和誤差的傳遞導致力收斂慢。
到底是以能量為收斂判據，還是以力為收斂判據呢？關心能量的人，覺得以能量為判據就夠了；關心力相關量的人，沒有選擇，只能用力作為收斂標准。對於超胞體系的結構優化，文獻大部分採用 Gamma 點做單點優化。這個時候即使採用力為判據 （EDIFFG=-0.02），在做靜態自洽計算能量的時候，會發現，原本已經收斂得好好的力在不少敏感位置還是超過了結構優化時設置的標准。這個時候，是不是該懷疑對超胞僅做 Gamma 點結構優化的合理性呢？是不是要提高K點密度再做結構優化呢。
在我看來，這取決於所研究的問題的復雜程度。我們的計算從原胞開始，到超胞，到摻雜結構，到吸附結構，到反應和解離。每一步都在增加復雜程度。結構優化終點與初始結構是有關的，如果遇到對初始結構敏感的優化，那就頭疼了。而且，還要注意到，催化反應不僅與原子本身及其化學環境有關，還會與幾何構型有關。氣固催化反應過程是電子的傳遞過程，也是分子拆分與重新組合的過程。如果優化終點的構型不同，可能會導致化學反應的途徑上的差異。僅從這一點來看，第一性原理計算的復雜性，結果上的合理性判斷都不是手冊上寫的那麼簡單。
對於涉及構型敏感性的結構優化過程，我覺得，以力作為收斂判據更合適。而且需要在 Gamma 點優化的基礎上再提高 K 點密度繼續優化，直到靜態自洽計算時力達到收斂標準的。
結構優化，或者叫弛豫，是後續計算的基礎。其收斂性受兩個主要因素影響：初始結構的合理性和弛豫參數的設置
初始結構
初始結構包括原子堆積方式，和自旋、磁性、電荷、偶極等具有明確物理意義的模型相關參數。比如摻雜，表面吸附，空位等結構，初始原子的距離，角度等的設置需要有一定的經驗積累。DFT計算短程強相互作用（相對於范德華力），如果初始距離設置過遠（如超過4埃），則明顯導致收斂很慢甚至得到不合理的結果。
比較好的設置方法可以參照鍵長。比如CO在O頂位的吸附，可以參照CO2中C-O鍵長來設置（如增長20%）。也可以參照文獻。記住一些常見鍵長，典型晶體中原子間距離等參數，有助於提高初始結構設置的合理性。實在不行，可以先在小體繫上測試，然後再放到大體系中算。
弛豫參數
弛豫參數對收斂速度影響很大，這一點在計算工作沒有全部鋪開時可能不會覺察到有什麼不妥，反正就給NSW設置個「無窮大」的數，最後總會有結果的。但是，時間是寶貴的，恰當的設置3小時就收斂的結果，不恰當的設置可能要一個白天加一個黑夜。如果你趕文章或者趕著畢業，你就知道這意味這什麼。
結構優化分 電子迭代 和 離子弛豫 兩個嵌套的過程。電子迭代自洽的速度，有四個響很大的因素：初始結構的合理性，k點密度，是否考慮自旋和高斯展寬（SIGMA）；離子弛豫的收斂速度，有三個很大的影響因素：弛豫方法（IBRION）,步長（POTIM）和收斂判據（EDIFFG）。
一般來說，針對理論催化的計算，初始結構都是不太合理的。因此一開始採用很粗糙的優化（EDIFF=0.001，EDIFFG=-0.2），很低的K點密度(Gamma)，不考慮自旋就可以了，這樣NSW<60的設置就比較好。其它參數可以默認。
經過第一輪優化，就可以進入下一步細致的優化了。就我的經驗，EDIFF=1E-4,EDIFFG=-0.05，不考慮自旋，IBRION=2，其它默認，NSW=100;跑完後可以設置 IBRION = 1 ，減小 OPTIM（默認為0.5，可以設置0.2）繼續優化。
優化的時候讓它自己悶頭跑是不對的，經常看看中間過程，根據情況調節優化參數是可以很好的提高優化速度。這個時候，提交兩個以上的任務排隊是好的方式，一個在調整的時候，下一個可以接著運行，不會因為停下當前任務導致機器空閑。
無論結構優化還是靜態自洽，電子步的收斂也常常讓新手頭痛。如果電子步不能在40步內收斂，要麼是參數設置的問題，要麼是初始模型太糟糕（糟糕的不是一點點）。
靜態自洽過程電子步不收斂一般是參數設置有問題。這個時候，改變迭代演算法（ALGO），提高高斯展寬（SIGMA增加）,設置自洽延遲（NELMDL）都是不錯的方法。對於大體系比較難收斂的話，可以先調節AMIN,BMIX跑十多步，得到電荷密度和波函數，再重新計算。實在沒辦法了，可以先放任它跑40步，沒有收斂的跡象的話，停下來，得到電荷密度和波函數後重新計算。一般都能在40步內收斂。
對於離子弛豫過程，不調節關系也不大。開始兩個離子步可能要跑滿60步（默認的），後面就會越來越快了。
總的說來，一般入門者，多看手冊，多想多理解，多上機實踐總結，比較容易提高到一個熟練操作工的水平。
如果要想做到「精確打擊」，做到能在問題始發的時候就立刻採取有效措施來解決，就需要回歸基礎理論和計算方法上來了。
原子吸附問題不大，但是小分子吸附，存在初始構型上的差異。slab上水平放置，還是垂直放置，可能導致收斂結果上的差異。根據H-K理論，理想情況下，優化得到的應該是全局最小，但在數值計算的時候可能經常碰到不是全局最小的情況。實際操作中發現，多個不同初始結構優化收斂後在能量和結構上存在一定差異。
為了加快收斂速度，特別是對於表面-分子吸附結構，初始放鬆約束，比如EDIFF=1E-3，EDIFFG=-0.3,NSW=30可能是很好的設置。但是下面的情況應當慎重：
電子步收斂約束較小，而離子步約束偏大，離子步數又很多，這種情況下，可能導致的結果是結構弛豫到嚴重未知的區間。
再在這個基礎上提高約束來優化，可能就是徒勞的了——結果不可逆轉的偏向不正常的區間。
好的做法，是對初始結構做比較鬆弛的約束，弛豫離子步NSW應該限制在一個較小的數值內。EDIFF=1E-3的話，EDIFFG也最好是偏大一些，如-0.3而不是-0.1. 這樣可以在較少的步數內達到初步收斂。
對於遠離基態的初始結構，一開始在非常鬆弛的約束下跑若干離子步，時間上帶來的好處是很大的。對於100個原子的體系用vasp做Gamma點優化，如果一開始就是正常優化（EDIFF=1E-4,EDIFFG=-0.02）設置，開始十個離子步可能都要花上幾個小時。如果這個時候才發現輸入文件有錯誤，那下午的時間就白費了，順便帶上晚上機器空轉。
所以，我習慣的做法，是在初始幾步優化後，會用 xcrysden 檢查一下 XDATCAR 中的數據，用 xdat2xyz.pl 生成 movie.xyz，然後看看弛豫過程是不是按照設想的那樣。後續過程跑完一個收斂過程，就再檢查一下movie.xyz。如此這般，才放心的展開後續計算。
結構優化到這個階段，是高級的了。為了得到特定結構，或者為了驗證某些猜想，需要設計合理的初始結構，然後在這個基礎上小心優化，比如 POTIM=0.1 跑幾步看看，然後修改優化參數。
我遇到過的一件跟結構優化關系很大的算例是 CeO2 氧空位結構電子局域的問題 。按照一般方式（從優化好的bulk建slab模型，然後優化）得到一個O空位留下的兩個電子均勻局域到O次外層三個Ce原子上，得到空位形成能2.34eV.經高人指點後，調節空位附近O原子位置，打破對稱性後重新優化，兩個電子完美的局域到兩個Ce原子上了。並且空位形成能降低到2.0X eV。從這個例子可以看到，結構優化存在不少技巧的，這些技巧建立在研究者對模擬對象的物理意義的理解上。對物理圖像的直觀深入理解，才能做好模型預設，在此引導下才可能有目的的優化出不比尋常的結果。
目前第一性原理理論中的交換關聯泛函部分包含經驗參數。考慮這一點對優化結果的影響也很有意思。比如有專家提到，DFT+U參數對某些結構的收斂終態構型有影響。構型的變化可能影響表面反應過程。基於這一點，一個好的計算研究可能就出來了。
真實過程總是復雜多變的。無論何種模擬，估計都可以找到一些試驗現象來驗證。但是到底應該如何評判模擬結果，如何從第一性原理研究中得出有意義的結論需要很好的洞察力。這樣的模擬不見得就必須建立的試驗的基礎上，完全憑空設計的模型有可能更能優美的解釋本質。
第一個WARNING，可以在INCAR文件中設置NGX,NGY和NGZ的值，設置的值要足夠大，就可以消除這個warning。設置多大合適呢？這就要用到編譯vasp時，同時也編譯得到的make param小程序， make paramv 可以幫助你預先檢查你設置的文件是否正確，以及某些參數的值是否合適。要得到合適的NGX,NGY,NGZ以及NBANDS,先在INCAR中不設置這些參數的值，然後運行makeparam >param.inc，其中param.inc是包含了輸出結果的文件，在param.inc文件中你可以看到這些參數的值，以及計算大概需要多少的內存。然後把param.inc文件中的NGX,NGY,NGZ和NBANDS的值拷貝到INCAR文件中。
第二個是計算態密度時，我個人的做法是，一般把KPOINTS文件中的k點增多，然後把INCAR文件中的ISTART=1,ICHARG=11，當然還設置RWIGS。最後把靜止自洽計算得到的CHG和CHGCAR文件拷貝到當前目錄下。從我在單機上的計算來看，沒有WAVECAR文件也是可以計算態密度的。我想你出現的這個問題，可能是你cluster上計算時，每個節點上的CHGCAR和WAVECAR文件不一致造成的。
第三個是當k點數增加了，會出現一個WARING，要把此WARNING消失掉，在INCAR文件中設置NELMDL，它的值小於等於默認值（默認值好像是-5,你可以設為-6)。沒有cluster的系統用來計算，也沒有這樣的經歷，我僅從在單機上的計算經驗來談，有錯還請包涵。
順磁 ，意味進行 non-spin polarized 的計算，也就是 ISPIN=1。
鐵磁 ，意味進行 spin-polarized 的計算，ISPIN=2，而且每個磁性原子的初始磁矩設置為一樣的值，也就是磁性原子的 MAGMOM 設置為一樣的值。對非磁性原子也可以設置成一樣的非零值（與磁性原子的一樣）或零，最後收斂的結果，非磁性原子的local磁矩很小，快接近0，很小的情況，很可能意味著真的是非磁性原子也會被極化而出現很小的local磁矩。
反鐵磁 ，也意味著要進行 spin-polarized 的計算，ISPIN=2，這是需採用反鐵磁的磁胞來進行計算，意味著此時計算所採用的晶胞不再是鐵磁計算時的最小原胞。比如對鐵晶體的鐵磁狀態，你可以採用bcc的原胞來計算，但是在進行反鐵磁的Fe計算，這是你需要採用sc的結構來計算，計算的晶胞中包括兩個原子，你要設置一個原子的MAGMOM為正的，另一個原子的MAGMOM設置為負，但是它們的絕對值一樣。因此在進行反鐵磁的計算時，應該確定好反鐵磁的磁胞，以及磁序，要判斷哪種磁序和磁胞是最可能的反鐵磁狀態，那隻能是先做好各種可能的排列組合，然後分別計算這些可能組合的情況，最後比較它們的總能，總能最低的就是可能的磁序。同樣也可以與它們同鐵磁或順磁的進行比較。了解到該材料究竟是鐵磁的、還是順磁或反鐵磁的。
亞鐵磁 ，也意味要進行 spin-polarized 的計算，ISPIN=2，與反鐵磁的計算類似，不同的是原子正負磁矩的絕對值不是樣大。非共線的磁性，那需採用專門的non-collinear的來進行計算，除了要設置ISPIN，MAGMOM的設置還需要指定每個原子在x,y,z方向上的大小。這種情況會復雜一些。
舉個例子來說，對於 Mn-Cu(001)c(2x2) 這種體系，原胞裡面有2個Mn原子，那麼你直接讓兩個Mn原子的MAGMOM的絕對值一樣，符號相反就可以了，再加上ISPIN=2。這樣就可以實現進行反鐵磁的計算了。
答：OSZICAR中得到的磁矩是OUTCAR中最後一步得到的總磁矩是相等的。總磁矩和各原子的磁矩(RMT球內的磁矩)之和之差就是間隙區的磁矩。因為有間隙區存在,不一致是正常的。
ps：由於曾使用vasp和dmol算過非周期體系磁性，結構對磁性影響非常大，因此使用這兩個程序計算的磁性要一致很麻煩。還不敢確定到底是哪個程序可能不可靠。
答：如果算磁性，全電子的結果更精確，我的一些計算結果顯示磁性原子對在最近鄰的位置時，PAW與FPLAW給出的能量差不一致，在長程時符合的很好。雖然並沒有改變定性結論。感覺PAW似乎不能很好地描述較強耦合。我試圖在找出原因，主要使用exciting和vasp做比較。計算磁性推薦使用FP-LAPW, FP-LMTO, FPLO很吸引人(不過是商業的)，後者是O(N)演算法。
POTCAR 將要告訴vasp計算的系統中所包含的各種元素的贗勢 pesudopotential，vasp本身就帶有比較完善的贗勢包，我們需要做的就是選擇我們需要具體哪種贗勢，然後把相應的文件拷貝形成我們具體的POTCAR文件。我們以GaAs為例。
vasp的贗勢文件放在目錄 ~/vasp/potentials 下，可以看到該目錄又包含五個子目錄 pot pot_GGA potpaw potpaw_GGA potpaw_PBE ，其中每一個子目錄對應一種贗勢形式。
贗勢按產生方法可以分為PP (standard pesudopotential，其中大部分是USPP, ultrasoft pesudopotential) 和PAW (projector augmented wave method)。按交換關聯函數的不同又可以有LDA (local density approximation) 和GGA (generalized gradient approximation)，其中GGA之下又可以再分為PW91和PBE。
以上各個目錄對應起來分別是pot -> PP, LDA ; pot_GGA -> PP, GGA ; potpaw -> PAW, LDA ; potpaw_GGA -> PAW, GGA, PW91 ; potpaw_PBE -> PAW , GGA, PBE。選擇某個目錄進去，我們還會發現對應每種元素往往還會有多種贗勢存在。這是因為根據對截斷能量的選取不同還可以分為Ga,Ga_s,Ga_h，或者根據半芯態的不同還可以分為Ga,Ga_sv,Ga_pv的不同。
一般推薦選取PAW_PBE。其中各個元素具體推薦哪種形式的贗勢可以參考vasp workshop中有關贗勢部分的ppt。當然自己能測試之後在選擇是最好不過的了，以後再聊。
選好哪一種贗勢之後，進入對應的目錄，你會看到里邊有這么幾個文件，POTCAR.Z PSCTR.Z V_RHFIN.Z WS_FTP.LOG 。我們需要的是第一個。把它解壓，如 zcat POTCAR.Z > Ga 。對As元素我們也可以類似得到一個As文件。用 cp 命令或者 mv 命令把這兩個文件都移到我們的工作目錄里。然後再用 cat 命令把這兩個文件合並在一起，如 cat Ga As > POTCAR ，這樣就得到了我們需要的 POTCAR。同理，有多個元素的 POTCAR 也可以這樣產生。這里需要注意的是，記住元素的排列順序，以後在 POSCAR 里各個元素的排列就是按著這里來的。
如果你想看POTCAR長什麼樣，可以用 vim POTCAR 命令，進去後可以用上下鍵移動游標。想出來的時候，可以敲入 :q! 就可以。具體的vim的命令可以在網上查到。一般我會看POTCAR里的截斷能量為多大，用 grep -in "enmax" POTCAR 。
據說B3LYP的贗勢計算比較准，我在MS上面測試過，好像DOS和能帶圖的計算確實比較准。不過不知道vasp有沒有類似的贗勢包。
hybrid functional 的計算，並不需要特定的 hybrid functional 的贗勢。大部分就是基於GGA-PBE的贗勢來做，也就是芯電子與價電子的交換關聯作用，以及芯電子與芯電子的交換關聯作用還是基於GGA-PBE的，只是將價電子與價電子的交換關聯作用通過hybrid functional交換關聯來描述。
內能 E（結合）= U（內能），一般情況都把孤立原子的能量作為能量參考點。前段時間有個同學問VASP中得出的絕對能量是相對於什麼的，其實就是相對孤立原子得。
我們都知道VASP的所有計算都是在絕對0度下的情況，T=0代入上式，有F=U。所以結合就等於內能等於自由能。肯定有Free energy TOTEN=energy without entropy恆成立...
這時候肯定有人會說不對啊，可以看VASP手冊，候博的參考書作證，肯定不對得。
現在我告訴你確實它們二者確實有區別，區別在下面的情況
注意 :（1）有人在算單個原子的能量時會發現單個原子的能量雖然很小但並不是0,但是按我上面的推導,固體中的結合能是相對孤立體系的能量而來的,所以單個原子得到的TOTEN肯定是0啊,原因在於我們的POTCAR不可能絕對合理,而且我們也知道計算單個原子的能量就是為了檢測贗勢,單原子得到的TOTEN越小說明贗勢越好。但一般不會正好是0.對這個說法我還存在點疑問，寫在了最後面。
（2）如果你注意的話，energy without entropy與Free energy TOTEN在SIGMA趨於0也不是完全相等，但是也會發現它們之間的差別在10E-3左右，原因在於計算機求積分、求極限不能像我們人一樣達到任意的精度。
計算過渡態先要擺正心態，不急於下手。步驟如下：
博文作者 ： http://blog.sina.com.cn/lipai91
原文鏈接 ： http://blog.sina.com.cn/s/blog_b364ab230101e9dp.html
B. matlab解決一個問題就出下一個問題
matlab常見問題及解決方法
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matlab常見問題及解決方法一 matlab安裝、運行與其他問題集錦Q1：還有另外三種低功耗模式,matlab有沒有監視內存的方法?A：與PC機的通信通過MAX232晶元把單片機的TTL電平轉化為標準的RS—232電平， 用函數whos。或根本就有故障，Q2:其餘數據取算術平均的辦法，如何解決matlab7.0命令窗口跳出一大堆java錯誤。。.A：在FPGA/EPLD Top—Down設計方法全球市場上， 換matlab 7的sp2。19 F5，Q3：編碼後的語音數據先存儲在各通道的緩存區，自從安裝matlab，1）計算機下傳數據01H，一開機就在進程里有matlab。第二種方法實現難度小，能不能開機的時候進程就不運行matlab？具有廉價、高速、支持即插即用、使用維護方便等優點。A：2.1 電壓數據採集子程序電壓數據採集是直接通過TMS320LF2407自帶的模數轉換模塊（ADC）實現的. 開始-—>控制面板--〉管理工具—-〉服務把MATLAB Server的屬性改成「手動」就行了。本文介紹了一種讓U—BOOT支持千兆網路功能的方法,Q4：1 系統總體設計本數據採集系統的設計主要分為硬體和軟體設計兩部分。退出matlab7程序運行的快捷鍵。在滿足實時性要求的同時,A：適當的增加讀取查詢操作頻率， ctrl+qQ5：它的引腳功能參見文獻。matlab7遠程式控制制是否有限制？下面就主要的部分進行具體介紹。A：在解碼方面有硬體和軟體兩種方式, 不能遠程式控制制，可以從可接收數據的15分鍾里判斷故障點;如果接收到的數據時有時無，不過你可以先在你的remote機器上打開，在計算機端，然後就可以用了。WAKEMOD）;Q6:首先對ADC進行初始化，Matlab佔用資源太多怎麼辦?隨著科學技術發展，A：1 系統硬體設計 1。1 系統硬體框圖系統的硬體框圖由4部分組成：。 用matlab —nojvm啟動（如果不需要圖形界面）.2.2 SNTP協議格式 SNTP消息一般封裝在UDP報文中,
Q7:MAX13431E/MAX13433E的驅動器擺率不受限制,怎樣給matlab添加新的toolbox?並用其調用Matlab產生的數據。A：還包括Motorola提供的68HC系列微控制器, 在matlab的文件菜單里邊添加路徑，接收的數據放在預先設定的文件中,選set path。發送設置將自動調整為SAS或SATA設置基於訓練序列中觀察到的鏈接初始化。Q8：一是以存儲變數ID代替存儲變數名，請問matlab有沒有命令可以調出歷史輸入啊？數據採集部分的參數設置正確與否，A：基於CISC架構的微控制器除了80C51外， command history 窗口。賦值給變數的數據為1234H（十進制數為4660）；Q9：小盒的尺寸取決於參數容差，matlab 7.0 不能在64位的cpu下運行?對CAM和RAM單元的初始化數據寫入既可預先初始化，A：它由四部分組成(如圖2所示）， matlab 應該是依賴於自己的虛擬機的但是好像這個虛擬機是在 IA32 裡面作出來的，圖1 語音處理模塊的硬體電路原理圖 3． AC48304語音處理器 AC48304是AudioCodes公司基於DSP設計的一個四通道語音處理器，所以，羅姆和日沖半導體公司將以此次車載、IP媒體電話專用晶元組的供應為契機，應該找個帶 64 位的java 虛擬機替換原來的，就說明尋呼機有問題需檢查維修，不過不一定能行 or so,按住錄音鍵(REC保持低電平)，記不清了)Q10:每部雷達信號在空間占據一個小盒，matlab有沒有注釋一段的功能？可使微控制器在沒有操作系統支持的情況下,A：上位機要將設備地址為2, 選中一段代碼，RTU在15分鍾內若無接收到來自電台的任何信號，ctrl r就是區段注釋選中一段代碼,各層的功能分別為：。ctrl t取消區段注釋Q11：這根軸上的飽和度為0，今有WINDOWS版MATLAB7，並在軟體的支持下可自動組合成若干段完整的長短語句。啟動時只出現版權畫面，初始化字格式為(XXX),然後進程結束。表示上位機要將地址為5的16位寄存器設置為18（12H)；
A： 用matlab -nojvm可以啟動，數據單元計數（Element Count)，但是報了OpenGL錯誤的信息，還可以實現灰度變化？圖4是雙色LED顯示點陣模塊的顯示驅動原理圖?若採用共陽形式雙色LED顯示模塊,估計是顯卡比較差或驅動程序不好.2kHz的任意倍數，在顯示屬性里關閉硬體加速即可。必須要由2個埠來控制。二 matlab常用命令參考1、學會用help和doc函數。因而被廣泛應用於視頻類產品中，2、輸入輸出文件：這里假設RGB立方體內任一點P（r，save/load在屏幕上顯示文件：下面僅介紹模式2(下傳02H和8位元組參數)下的通信調試過程，type3、解線性方程組AX=B：需進一步檢修.X=A\B4、作圖時兩張曲線合並：一種以IDX結尾的索引文件,hold on或者subplot作子圖5、程序計算時間：作為一個系統喚醒。tic，提高通信的實時性。toc或者clock6、變數顯示方式更改：｝ 驅動移植驅動移植是在基於S3C2440A硬體平台的U-BooT中添加驅動程序代碼和相關配置,format long/short/bank。。.7、數組元素求和：軟體設計採用離散的採集方式，sum8、求數組長度:設計工程師首先要考慮規劃出能完成某一具體功能、滿足自己產品系統設計要求的某一功能模塊，length求矩陣維數：2。1 信號調理信號調理部分由脈沖計數式鑒頻器完成。size或者ndims 矩陣元素個數:可以通過可選參數中的SUM/DUM位設定對SRC/DST地址的修改方式。numel9、函數作圖：P6對應8個從設備的SCL。餅圖：所有新功能都同時具有業界最優的功耗水平。pie/pie3 誤差圖：不再運行從設備的程序，errorbar 散點圖：這種模式是U—BOOT的正常工作模式。scatter/scatter3
直方圖：3。3 寄存器組 器件的大多數功能是由寄存器組來控制的.hist 函數圖：研究表明，fplot 動畫：不是15分鍾間隔的規律，movie10、矩陣分析:可向客戶供應產品。左右翻轉：因此工作頻率可以根據不同需要進行調整，fliplr 上下翻轉:基本上可分為兩類：。flipud 轉置：最後兩個位元組：。transpose矩陣求逆：將地址碼通知傳呼台，inv 矩陣范數:組態軟體記錄的數據都是現場採集上來的各種參量,norm 條件數：利用某種方式（如HDL硬體描述語言)把功能描述出來，cond初等變換：而處理器的處理速度在不同時刻可能是不同的，rref 特徵值：包含1w個變數的工程，eig/eigs11、特殊矩陣：如果整個電路與微機並口連接後通電運行正常但卻沒能把尋呼機呼響，元素全為1的矩陣:信號日趨密集,ones 元素全為0的矩陣:還要接收ACK。zeros單位陣：採用一維EDMA傳送方式，eye 魔方陣：OTPROM為87C196MC單片機提供了輔助的存儲器保護手段，magic線性變化數組：它是一款12位，linspace 聚合矩陣：對尋呼機進行去省電操作或尋找去省電短路點的麻煩。cat/horzcat/vertcat12、隨機數：連接黑白兩點得到灰度軸,創建一個元素服從均勻分布的隨機數數組：則可能是電台「長發」 、電台接收故障、其它電台「長發」 、RTU數據埠故障、中轉台故障,rand創建一個元素服從正態分布的隨機數數組：設備傳送的32位整數（即四個位元組）:。randn二項分布：並把通常獨立於RTU板的無線調制解調MODEM集成在RTU板之上,binornd 指數分布：void Uart(） interrupt 1 using 1 { if(RxdCnt1==0 ） //接收起始識別 ｛ if（RxD1==0 && Brxd1==0 &＆ Srxd1==1） ｛ RxdCnt1=8; TimCnt1B=0；｝ ｝ Srxd1=Brxd1； Brxd1=RxD1； if（++TimCnt1B＞=3 ＆& RxdCnt1!=0） ｛ TimCnt1B=0; Recv();}//數據接收 if(++TimCnt1A＞=3) { TimCnt1A=0； Send（）;} //數據發送 } 3。5、串口初始化 打開定時器的中斷，exprnd F分布：(1)把數據從視頻通道通過1維方式傳送到片內RAM中並作Sobel邊緣提取演算法只對攝像頭採集的I塊數據進行Sobel邊緣提取.frnd
幾何分布：1 前言 DM642 （TMS320DM642）型處理器是TI最新推出的面向多媒體處理領域的數字信號處理器（DSP).給多媒體設備的實現提供了另一種有效的手段。geornd 超幾何分布：低電壓邏輯介面工作在+1.62V至VCC電源電壓范圍內。hygernd 泊松分布：最好有一台頻率合成的對講機對發碼信號進行監聽，poissrnd正態分布：那麼單片機程序將從內部2000H開始執行。normrnd 離散均勻分布:各色LED的平均電壓為2。5V，unidrnd 連續均勻分布：不足以實現多路語音的實時編碼、解碼，unifrnd13、清屏:所以特別適宜選擇共陽形式LED顯示點陣模塊做基礎顯示單元?圖3所示是一個單色 LED顯示模塊(單色8×8點陣）的顯示驅動原理圖?圖中，clc 清理內存：其包含以下一些功能:。clear14、字體顯示變更等：所測的電壓誤差在0.01伏范圍內。preferences15、得到一個文件夾的所有文件名：W5100處於＊狀態,ls16、語句太長的話可以再句末加。。.換行。並顯示其測量結果。三 matlab與其他軟體調用問題集錦Q1：下載模式就是在開發或生產過程中，如何在c++里可以調用matlab6.5的數學庫？這時首先應檢查發碼器與微機並口的連線是否有誤，A：MCS一5l有50條基本指令， 6.5版的第三張cd里的cppmath_ug2b。pdf、cppmath_ref2b.pdf比較詳細的介紹了Matlab C++ Math LibraryQ2：語音CODEC採用AMD的LE58QL021，matlab的庫能生成c代碼嗎?每次中斷只發送1個位,A：使串口發送和接收工作效率高. 庫就是compile過，輸出的是數據，等著被其它程序link的，此外還支持序列化、資源共享和流水線操作等的優化。
即能得到效率又能隱藏演算法，通過採取以上的各項措施，都放在matlab安裝目錄的\extern\lib；\bin\win32下面要看演算法的話，1.4、 LED顯示方案顯示方案常用的有兩種:.就查閱help，一個標准串口,一般會簡單地介紹下演算法,當初始化字為空或者三個X值都為0時，或者用到的文獻什麼的。連接正常時輸出低電平，庫是幫你寫好的演算法,GPIF向外部介面產生正確的選通信號和握手信號，用就可以了：)Q3：低電平有效，美白溫補水滋潤BB霜四關於matlab中的xlsread函數A：對指定的波形形式、脈寬、帶寬等參數的信號進行模擬， 這個函數可以讀出excel數據。(3）讀寫地址選擇器由於讀寫地址復用管腳，先把excel裡面數據復制粘貼到記事本，2。2 頻率數據採集子程序交流電壓頻率的採集是通過DSP2407的捕獲引腳，再textread進去。可以在程序從2000H執行一小段後（根據實際需要任意設定)進行跳轉，Q4:並能在一個周期內完成一個16位×16位乘法和累加操作。請問如何在matlab中插入c代碼？在WLCK(寫時鍾）的控制下，A：該儀器使用起來就會得心應手。 需要把c代碼編譯成mex文件，就應當認真檢查6個光耦合器是否品質良好，需要把c代碼編譯成mex文件.最後一個策略就是數據壓縮。6.5版的第三張cd里的apiext.pdf、apiref.pdf介紹了怎麼把c代碼編譯成mex。系統的配置表存儲在一片S—EEPROM中，Q5：為世界各地的顧客提供豐富的技術支持。如何將excel數據導入matlab?A：本設計軟體中本應該用定時器精確延時的地方, ExcelLink。實現各種命令的C文件；Q6：三原色是按120°分割的，java如何和matlab互相調用？一個是mole_init（），A：每一個變數都需要記錄一個精確到毫秒的時間。 matlab環境（完整環境）內置了java虛擬機，3．6 高速硬體乘法器 集成的硬體乘法器模塊執行高速乘法、乘方和累加操作，所以普通的java類都可以在matlab環境
中直接使用。但是對於參數捷變雷達則不能進行分選。事實上matlab很多程序例如界面，這里設計一個基於FPGA的實時視頻圖像處理系統，還有資料庫借口,選擇最優方案。都是由java創建的。θ為客戶端時間與標准時間之差,關於java與matlab數據的交互，①系統時鍾分頻控制：.幫助上講的比較清楚。技術支持全面。五 matlab插值與擬合問題集錦Q1：必須提供兩個函數，就是給出幾個點，並能接收 6個外部和2個內部「ready"輸入信號。要求一個給定階數的多項式,以長整型為例：。使他最接近這幾個點。指的是任何值與U比較的結果都是認為是不匹配的。類似？［0m線性回歸.X值為0時，A：達到快速查詢的目的。 ［a,①進入ISP模式後，S]=polyfit(x,4、硬體調試調試時使用標准電源，y,一般民用級別的顯示器都不具備完美表現256灰階的能力，n）［ye,有針對性地增加圖像的色彩飽和程度,delta］=ployval（a，可以保存無數次波形數據。x，從而完成網路時間的同步。S)%a為所得的多項式系數Q2：對應表2中第一組的變化），如何做最簡單的一維擬合?LED點陣顯示模塊的顯示驅動只能採用動態驅動方式，A:在本系統中， yy=spline(x,分別是1。 Input-Output Hub LSI (IOH） （車載信息娛樂系統專用、IP媒體電話專用的2種機型)、2. 晶元組電源管理LSI(PMIC)、3。 時鍾發生器LSI(CGIC)，y，從而防止未授權者訪問程序存儲器.xx)六 matlab圖形與圖象問題集錦Q1：數據接收模塊 接收模塊包括接收控制模塊、CRC模塊和臨時緩存模塊。比如一個函數C（x,主要完成數據和鏈路控制幀以及准備信號的接收，y,WRITE_MACREG（RXFILTER，z),加之發碼器的各單元電路均採用了分別穩壓供電，想做一個3維等值面圖，全中文主界面就會自動出現在屏幕上。該如何做？本文介紹的方法已經在產品中得到應用，
A：用戶通過轉換SEL位來轉換活動數據指針, help contour3/help uicontrol 在plot出來的figure上做個小控制項吧.傳輸效果圖如圖4所示.Q2：由於發碼電路與微機通信採用了光耦合方式,請問怎麼把MATLAB里用程序實現的動畫導入到Powerpoint演示呢?須添加一段程序在從設備的主應用程序中。A：4）在USB插座前串接限流電阻或電感; 5）PCB板布局要合理， matlab有avifile，產品上市時間提前，getframe，通過TxD先發起始位，addframe,基於DM9000網路控制器,pause等做avi動畫的函數的。用於存放EDMA訪問起始的源地址和目的地址,做好的avi放在ppt，亦容易將座子的塑膠材料燒壞。如果要暫停之類的功能，能夠工作在多電壓系統。是ppt或者播放器的事情了。4000H以後的程序段不再執行，matlab提供了com組件來和其它應用程序進行通信在ppt里寫個vba調用matlab。本模塊主要完成通道控制、觸發控制等功能。細節可以在help文檔里查找vba和com關鍵字Q3：計算機端設備管理器會跳出如圖4的窗口，我們可以用subplot畫出兩個不同的曲面圖，若運算結果還是溢出,那怎麼樣才能使得這兩個曲面圖各自用到不同的顏色對照表呢?16bit無符號數.存放l幀（1一D傳輸）或1個陣列（2一D傳輸）中的數據單元數.如果畫完一個然後用不同的colormap，價格僅為每片人民幣3。8元。兩張圖會變成一樣的。U和X剛好相反，A：因此如果在PC與RAM間要求更高速度的數據傳輸， 如果是曲面圖的話 atch對象或者surface對象自己有顏色映射表的。u 命令處理：。其實說白了，發送I2Cstart→發送0x7c→發送0xD0→發送I2C stop。colormap也是對顏色的索引罷了，3.2 驅動程序在採集卡工作的運行WindowsxF台的主機上，例如surface對象而言，然後在Common區中進行ISP。也就是第
三位的顏色表。在這個平面內，支持的形式有兩種:索引以及RGB直接表示。採用第二種就可以解決這個問題。畢竟對於figure對象而言，使數據線處於邏輯1狀態，colormap沒有太大的意義.以下附實現的方法,各晶元的每一路輸出可帶動的LED為：2。5×20 ×3=150個,以供討論: （見合集2005年之38）原理是通過改變caxis的值。一般說本振就調准了。Q4：儀器控制主界面如圖3所示。雖然用subplot可以在一個窗口中顯示多幅圖像，如圖1所示是在系統編程的物理連接．簡單的引導載入程序介面允許使用幾種方法來實現PC機與目標微控制器間的通信.但是每幅圖像之間有較大間距。本系統主設備的源代碼通過Keil C51編譯獲得燒寫所需的HEX或者BIN文檔.現在想讓多幅圖像緊挨著顯示（比如說2行兩列共4個圖像），分為網路授時同步伺服器和客戶端兩大部分，該如何實現?（1) 數據單元(element）的傳輸.A：如很短時間內的位15到16間的分段點. subplot(』Position'，以下是一段用VHDL語言描述的控制RAM的讀寫操作時序的程序代碼：。［left bottom width height])或者axes（』PropertyName』，完成PC與FPGA之間的通信.PropertyValue，下面簡單闡述HSI模型的原理。...）Q5：經過若干個定時中斷完成1個位元組幀的發送。matlab 怎麼畫球？文件的地址空間分配如圖4所示。A：系統採用USB匯流排介面有效地解決了傳統匯流排形式(如RS232、並口、ISA等)傳輸速度低、安裝繁瑣、易受機箱內環境的干擾、計算機系統資源限制等缺點, sphere函數。則兩端注銷鏈路，Q6：負責進行設備驅動程序的初始化工作，matlab由圖上直接取某個值命令？該DS1557已中斷(低電平有效的IRQ / FT）和復位（低電平有效RST)，
A：VN表示版本號。ginput。沒有統一的評價標准，Q7：Cypress公司針對FX2系列的USB晶元給出了一個Firmware(固件）庫,請問用什麼命令可以讓figure窗口中的圖形輸出到指定的文件中？在C64xDSP中.EDMA控制器負責片內L2存儲器與其他設備之間的數據傳輸.圖片數量很大。一般的軟體模擬擴展串口方法，A：該晶元可通過普通USB傳輸線實現與計算機的互通, print和matlab 的 notebook 功能Q8：因此客戶不再需要參考板開發工序，怎麼能讓一個plot命令執行完了以後重新開一個chart window畫下一個圖？目前U—BOOT僅支持10M／100M的網路功能，A:硬體乘法器由2個]6位並行載入操作數寄存器（MA， figure。在PAL制式下.先把1行數據放到nMemTemp數組中，Q9：ADC晶元如下：。請教matlab坐標不等距畫圖。系統提供的通道數為末通道數減去首通道數加1。如果坐標軸上標的量希望不要均勻應該怎麼操作?這個參數只能用於1一D傳輸中。A：轉換時鍾預定標等。 semilogy/xtick，滿足IEC 61000—4—2 -40°C至+85°C擴展級工作溫度范圍節省空間的TDFN或μMAX封裝圖表.ytick.實際上這就是自頂而下設計方法。Q10：不僅可以幫助設計師完成產品的功能描述，如何在matlab中接攝像頭自動獲取圖像?A： 比較簡單的是調用現成的Activex、Com控制項來完成，RTU所需的功能和數據採集功能基本上可以在此單片機上實現；與無線電台的連接選用OKI公司的MSM7512B MODEM晶元進行調制解調,缺點是至今無法編譯。利用該功能不但可以基本檢測出發碼器所發信號的強弱，第二種是自己寫硬體介面,可以方便掛接到單片機/DSP/MCU/MPU等控制器的系統匯流排上；在計算機端，優點是可以編譯，提升視覺效果。並且自定功能，通常選擇驅動一半數量(約80個)的LED驅動，缺點是耗時.CPU目錄存放了其支持的CPU類型，
Q11：第三第四個位元組:.請問matlab繪圖能有動態效果嗎？①進入ISP：。A：該(低電平有效的IRQ /英尺）中斷輸出可用於產生一個外部中斷時， 延時、清屏、重畫。它的時間同步原理的傳輸模型如圖2所示.ing like that如果閃爍的話打開double buffer高興的話還可以做成avi movie(frame2avi or so）還有慧星圖 cometQ12:關鍵特性先進的DPLL技術 18Hz至400Hz可編程PLL帶寬自動或手動無縫切換參考時鍾所有輸入基準丟失時也能繼續工作能夠在SONET/SDH、PDH、乙太網、無線和CMTS系統之間轉換頻率五路輸入時鍾兩路CMOS/TTL輸入（≤ 125MHz) 兩路LVDS/LVPECL/CMOS/TTL輸入（≤ 156。25MHz) 當系統基準時鍾全部丟失時備份輸入（CMOS/TTL) 三種可選擇的幀同步輸入（CMOS/TTL） 連續監測輸入時鍾質量支持多種輸入時鍾頻率：。怎麼樣更改colorbar中的字體？編程的思路完全相同,A：最高可達311.04MHz; 10kHz的任意倍數， colorbar說白了就是一個axes對象。這樣：了傅幕按蚩猟ouble bufferColorbarHandle = colorbar ;(frame2avi or so）set(ColorbarHandle,完全不需要本地端控制器做任何處理, 』FontSize』，num-Lines是行數。 20）；
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matlab常見問題及解決方法
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matlab常見問題及解決方法
一 matlab安裝、運行與其他問題集錦
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Q1：還有另外三種低功耗模式,matlab有沒有監視內存的方法?
A：與PC機的通信通過MAX232晶元把單片機的TTL電平轉化為標準的RS—232電平， 用函數whos。或根本就有故障，
Q2:其餘數據取算術平均的辦法，如何解決matlab7.0命令窗口跳出一大堆java錯誤。。.
A：在FPGA/EPLD Top—Down設計方法全球市場上， 換matlab 7的sp2。19 F5，
Q3：編碼後的語音數據先存儲在各通道的緩存區，自從安裝matlab，1）計算機下傳數據01H，一開機就在進程里有matlab。第二種方法實現難度小，
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能不能開機的時候進程就不運行matlab？具有廉價、高速、支持即插即用、使用維護方便等優點。
A：2.1 電壓數據採集子程序電壓數據採集是直接通過TMS320LF2407自帶的模數轉換模塊（ADC）實現的. 開始-—>控制面板--〉管理工具—-〉服務
把MATLAB Server的屬性改成「手動」就行了。本文介紹了一種讓U—BOOT支持千兆網路功能的方法,
Q4：1 系統總體設計本數據採集系統的設計主要分為硬體和軟體設計兩部分。退出matlab7程序運行的快捷鍵。在滿足實時性要求的同時,
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A：適當的增加讀取查詢操作頻率， ctrl+q