基因傳pdf

❶ 免費下載pdf書的網站值得收藏的22個免費PDF電子書網站

⑴ 9個免費下載論文、教科書的網站推薦

開學了，又有很多懶得背大塊頭紙質書的懶漢，正在焦急地尋找電子版教材吧。 如果你了解BOOX，本期就分享幾個可以免費下載電子版教科書的良心網站，解決你的燃眉之急。
如果你有一個BOOX閱讀器，就拿著它，沉重的課本如果你不想帶的話就不用帶了。
可以將教科書中的電子文件復制到BOOX設備上，在課堂上直接在原始文檔中寫筆記、畫重點，然後一鍵導出列印或在線共享。 也可以抄筆記。 可以做更多的工作學習自然的東西。
1、大學資源網
大學資源網主要學習資源有大學、中學、小學、管理課程、銷售培訓、資格考試、百家講壇、職業技能培訓等視頻教程，分類清晰，資源十分豐富。 網站致力於為所有想提高自己能力的人提供學習平台，所以不僅可以找教材，想自學的童鞋也可以利用這些網站來提高自己。
2、全國圖書館參考咨詢聯盟
全國圖書館參考咨詢聯盟擁有230多萬種電子圖書、4000多萬篇中文期刊論文、2600多萬篇外文期刊論文以及大量學位論文、議論文等數字化資源，全國參與合作與加盟的三大系統圖書館達700多個，每日咨詢
3、互聯網
維普網是中文科技期刊資源一站式服務平台，上傳發布各類學術和畢業論文陪蔽羨、各類範文、中小學課件、教學資料等各類作品，並在發布後為用戶提供下載服務，同時提供2000
4、OpenStax CNX
OpenStax CNX是志願者提供的教育內容的全球資源庫，OpenStax教科書的內容也保存在CNX中。
OpenStax CNX每月為數百萬用戶提供教育內容，以改善學習成果。
成千上萬的教科書式書籍可以在任何地方隨時隨地方便地訪問，並且可以從大多數設備上下載。
5、項目專家
又稱古騰堡計劃，資源儲備驚人，是目前最大的公益數字電子圖書館。蘆拍
這個項目以自由電子化的形式提供著作權過期的書。
古騰堡項目的官方網站提供了59000本完全免費的電子書。
同樣，不需要注冊賬戶，只需搜索想要的電子書，就可以從Project Gutenberg官網下載獲得豐富的電子書資源。
6、庫基因
網站界面簡潔易懂，輸入想找的關鍵詞或全名就可以搜索該領域的電子書。
請搜索一些科研電子書、教材，還有科研論文、小說、喜劇、行業標准、雜志等。
從這個網站上搜索可以找到書的很多版本。 大家根據自己的需求下載，真的有很多書。 教科書也可以在這里直接找到原件。 中文書籍也很豐富，我使用並很珍惜。
7、Academia
學院是一個專注於學術研究成果檢索與共享的網站，主要業務是學術論文檢索、科研成果跟蹤等，但學院上面有很多包括國內外在內的經典教科書。
特別是國內本科基礎學科教科書，如同濟大學版高等數學、線性代數等教材的電子版，收錄在Academia中。
8、開放訪問庫
OALib提供了4362064多篇開源論文，涵蓋了包括科學、科技、醫學、人文社科在內的所有領域。
所有文章都可以免費下載。
OALibJournal是同行評審學術雜志，發表在OALibJournal上的所有文章都保存在OALib上。
9、雜志lib
不要以為網站的首頁都是不知道名字的雜志。 其實裡面沒有洞。
外刊下載巨強，全站免費，更新及時，搜索全高清PDF，如the economist，即並笑可獲得最新經濟學雜志。 關鍵是點擊圖片找到下載按鈕就可以直接下載了。
找不到的教材也請來這里看看。 特別是外語教材。
想提高英語水平，找英語雜志的同學，必須收藏這個寶網站。

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⑵ 值得收藏的22個免費PDF電子書網站

http://www.pdf-search-engine.com/  

  http://www.pdfgeni.com/  

  http://search-pdf-books.com/  

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  http://www.toodoc.com/  

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⑶ 9個免費下載電子書的網站，白嫖全網99%的電子書

此前 ZLibrary 因版權問題被關停，以下為zlibrary最新可以打開的方法，不需要任何魔法，直接點擊鏈接就可以
zhelper 秒傳生成工具 | z-library 秒傳工具node1.v5.zhelper.net/
在收索框輸入自己想看的書名（以月亮與六便士為例）
支持多種格式下載
再來給大家分享幾個自己常用的9個書籍資源網站，讓你年紀輕輕實現圖書自由~
文末還給大家碼了pdf格式電子書做批註、筆記的方法，有需要的小夥伴記得去拿

ps:如果對你有用的話，記得順手給我點個贊哦，白嫖可不是個好行為

一、鳩摩搜書

網址：

這是一個免費且強大的書籍收索引擎，網站的風格也很簡潔，沒有啥花里胡哨的東西，裡面各個類型的書籍都有，操作也很簡單，只要在搜索框里輸入想要電子書名字，就能獲取下載鏈接
支持pdf epub txt azw等多種格式下載，最要的是不需要注冊登錄，下載次數也沒有限制，超贊！
二、SoBooks

網址：

SoBooks是一個非常專業的社科文學類的圖書下載網站，圖書主要包括歷史傳記、人文社科、經濟管理、學習教育、勵志成功等，而且下載的免費資源都是官方提供的，超級專業，適合喜歡歷史以及專業人士使用
操作也很簡單，在書籍詳情里就有網盤鏈接和提取碼，點進去就可以直接下載
三、苦瓜書盤

網址：

苦瓜書盤算是國內比較早的一個免費電子書網站了，同樣不需要登錄就可以下載，仔櫻巧圖書種類也很豐富，包括古典文學、人文社科、自然科學、期刊雜志、外國文學工具書等，書籍介紹詳情也都很詳細，書籍更新也很快
不需要登錄注冊可以直接下載
四、Lorefree

網址：

這是一個去中心化中心共享社區，網站設計也很簡潔大方，擁有7萬多冊圖片資源，想要找的書直接在收索欄里輸入書名就好了
打開的速度會有一點點慢，同樣是下載不需要注冊登錄，在書籍詳情里就可以直接下載，有很多不同用戶上傳的有多種版本可以選擇，一些冷門小眾的書也可以搜索到
五、PDPFrive
網址：
這是一個擁有大量英文原版書籍資源的網站，提供了8000萬冊PDP電子書下載，不過這個網站是全英文的，只支持英文搜索，比較適合需要英文書籍的鐵鐵
同樣是不需要登錄注冊就可以直接下載
六、首都圖書館

網址：

裡面有130+電子書資源，主要包括中文圖書、報刊資料、視聽資料、北京文獻、外文圖書等等，網站頁面設計的也很大氣
而且圖書全是國家出品的，完全可以放心使用，擁有了這個網站，就等於在家擁有了一座圖書館
七、書格
網址：
這是一個自由開放的古典書籍圖書館，裡面有超級多高質量的古典書籍，網站一整個風格也是古風古韻
同樣是不需要登錄和注冊就可以下載，下載的格式大多是Pdf格式，提供直鏈，網盤等下載方式
八、熊貓搜書
網址：#/
熊貓搜書是一個功能非常強大的電子書導航網站，聚合了20多個高質量電子書網站，並且每個網站的質量都非常高，界面也非常簡潔清晰，點擊左側的工具欄可以切換網站
輸入想要找的書名，就能get不同收索引擎下的結果
同樣是不需要登錄注冊就可以下載，超方便
九、圖靈社區
網址：
這是一個偏科技技術類的的讀書網站，裡面的圖書主要分為：計算機、科普、設計念鍵、經營管理、專業數學、個人技頌枝能、心理學、電子通信，整體風格專業性比較強
直接點擊右側的隨書下載就可以下載
十、PDF電子書批註工具——迅捷PDF編輯器
之前有很多很多小夥伴私信問我，PDF格式的電子書的不知道怎麼做標注、筆記，這里一起碼一下
其實這個問題很簡單，隨便一個pdf編輯工具就能輕松搞定，就拿我常用的迅捷PDF編輯器軟體給大家簡單演示一下8！
首先選擇工具欄裡面的PDF批註的功能，然後選擇自己正在看的pdf電子書
就可以對文件進行標注、亮黃了，（線條、字型大小、顏色統統都可以自己選擇)真的超級簡單

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❷ ATAC-seq專題---生信分析流程

ATAC-seq信息分析流程主要分為以下幾個部分：數據質控、序列比對、峰檢測、motif分析、峰注釋、富集分析，下面將對各部分內容進行展開講解。

下機數據經過過濾去除接頭含量過高或低質量的reads，得到clean reads用於後續分析。常見的trim軟體有Trimmomatic、Skewer、fastp等。fastp是一款比較新的軟體，使用時可以用--adapter_sequence/--adapter_sequence_r2參數傳入接頭序列，也可以不填這兩個參數，軟體會自動識別接頭並進行剪切。如：

fastp \

--in1 A1_1.fq.gz \ # read1原始fq文件

--out1 A1_clean_1.fq.gz \ # read1過濾後輸出的fq文件

--in2 A1_2.fq.gz  \ # read2原始fq文件

--out2 A1_clean_2.fq.gz \ # read2過濾後輸出的fq文件

--cut_tail  \ #從3』端向5』端滑窗，如果窗口內鹼基的平均質量值小於設定閾值，則剪切

--cut_tail_window_size=1 \ #窗口大小

--cut_tail_mean_quality=30 \ #cut_tail參數對應的平均質量閾值

--average_qual=30 \ #如果一條read的鹼基平均質量值小於該值即會被舍棄

--length_required=20  \ #經過剪切後的reads長度如果小於該值會被舍棄

fastp軟體的詳細使用方法可參考：https://github.com/OpenGene/fastp。fastp軟體對於trim結果會生成網頁版的報告，可參考官網示例http://opengene.org/fastp/fastp.html和http://opengene.org/fastp/fastp.json，也可以用FastQC軟體對trim前後的數據質量進行評估，FastQC軟體會對單端的數據給出結果，如果是PE測序需要分別運行兩次來評估read1和read2的數據質量。

如：

fastqc A1_1.fq.gz

fastqc A1_2.fq.gz

FastQC會對reads從鹼基質量、接頭含量、N含量、高重復序列等多個方面對reads質量進行評估，生成詳細的網頁版報告，可參考官網示例：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/good_sequence_short_fastqc.html

經過trim得到的reads可以使用BWA、bowtie2等軟體進行比對。首先需要確定參考基因組fa文件，對fa文件建立索引。不同的軟體有各自建立索引的命令，BWA軟體可以參考如下方式建立索引：

bwa index genome.fa

建立好索引後即可開始比對，ATAC-seq推薦使用mem演算法，輸出文件經samtools排序輸出bam：

bwa mem genome.fa  A1_clean_1.fq.gz A1_clean_2.fq.gz

| samtools sort -O bam -T A1 > A1.bam

值得注意的是，在實驗過程中質體並不能完全去除，因此會有部分reads比對到質體序列上，需要去除比對到質體上的序列，去除質體序列可以通過samtools提取，具體方法如下：首先將不含質體的染色體名稱寫到一個chrlist文件中，一條染色體的名稱寫成一行，然後執行如下命令即可得到去除質體的bam

samtools view -b A1.bam $chrlist > A1.del_MT_PT.bam

用於後續分析的reads需要時唯一比對且去重復的，bwa比對結果可以通過MAPQ值來提取唯一比對reads，可以用picard、sambamba等軟體去除p，最終得到唯一比對且去重復的bam文件。

比對後得到的bam文件可以轉化為bigWig（bw）格式，通過可視化軟體進行展示。deeptools軟體可以實現bw格式轉化和可視化展示。首先需要在linux環境中安裝deeptools軟體，可以用以下命令實現bam向bw格式的轉換：

bamCoverage -b A1.bam -o A1.bw

此外，可以使用deeptools軟體展示reads在特定區域的分布，如：

computeMatrix reference-point   \ # reference-pioint表示計算一個參照點附近的reads分布，與之相對的是scale-regions，計算一個區域附近的reads分布

--referencePoint TSS   \#以輸入的bed文件的起始位置作為參照點

-S  A1.bw \ #可以是一個或多個bw文件

-R  gene.bed \ #基因組位置文件

-b 3000   \ #計算邊界為參考點上游3000bp

-a 3000   \ #計算邊界為參考點下游3000bp，與-b合起來就是繪制參考點上下游3000bp以內的reads分布

-o  A1.matrix.mat.gz \ #輸出作圖數據名稱

#圖形繪制

plotHeatmap \

-m  new_A1.matrix.mat.gz \ #上一步生成的作圖數據

-out A1.pdf \ # 輸出圖片名稱

繪圖結果展示：

MACS2能夠檢測DNA片斷的富集區域，是ATAC-seq數據call peak的主流軟體。峰檢出的原理如下：首先將所有的reads都向3'方向延伸插入片段長度，然後將基因組進行滑窗，計算該窗口的dynamic λ，λ的計算公式為：λlocal = λBG（λBG是指背景區域上的reads數目），然後利用泊松分布模型的公式計算該窗口的顯著性P值，最後對每一個窗口的顯著性P值進行FDR校正。默認校正後的P值（即qvalue）小於或者等於0.05的區域為peak區域。需要現在linux環境中安裝macs2軟體，然後執行以下命令：

macs2 callpeak \

-t A1.uni.dep.bam \ #bam文件

-n A1 \ # 輸出文件前綴名

--shift -100 \ #extsize的一半乘以-1

--extsize 200 \ #一般是核小體大小

--call-summits #檢測峰頂信息

註：以上參數參考文獻（Jie Wang，et.al.2018.「ATAC-Seq analysis reveals a widespread decrease of chromatin accessibility in age-related macular degeneration.」Nature Communications）

ATAC分析得到的peak是染色質上的開放區域，這些染色質開放區域常常預示著轉錄因子的結合，因此對peak區域進行motif分析很有意義。常見的motif分析軟體有homer和MEME。以homer軟體為例，首先在linux環境中安裝homer，然後用以下命令進行motif分析：

findMotifsGenome.pl \

A1_peaks.bed \ #用於進行motif分析的bed文件

genome.fa  \ #參考基因組fa文件

A1  \ #輸出文件前綴

-size  given \ #使用給定的bed區域位置進行分析，如果填-size -100,50則是用給定bed中間位置的上游100bp到下游50bp的區域進行分析

homer分析motif的原理及結果參見：http://homer.ucsd.e/homer/motif/index.html

根據motif與已知轉錄因子的富集情況可以繪制氣泡圖，從而可以看到樣本與已知轉錄因子的富集顯著性。

差異peak代表著比較組合染色質開放性有差異的位點，ChIP-seq和ATAC-seq都可以用DiffBind進行差異分析。DiffBind通過可以通過bam文件和peak的bed文件計算出peak區域標准化的readcount，可以選擇edgeR、DESeq2等模型進行差異分析。

在科研分析中我們往往需要將peak區域與基因聯系起來，也就是通過對peak進行注釋找到peak相關基因。常見的peak注釋軟體有ChIPseeker、homer、PeakAnnotator等。以ChIPseeker為例，需要在R中安裝ChIPseeker包和GenomicFeatures包，然後就可以進行分析了。

library(ChIPseeker)

library(GenomicFeatures)

txdb<- makeTxDbFromGFF(『gene.gtf』)#生成txdb對象，如果研究物種沒有已知的TxDb,可以用GenomicFeatures中的函數生成

peakfile <-readPeakFile(『A1_peaks.narrowPeak』)#導入需要注釋的peak文件

peakAnno <- annotatePeak(peakfile,tssRegion=c(-2000, 2000), TxDb=txdb)

# 用peak文件和txdb進行peak注釋，這里可以通過tssRegion定義TSS區域的區間

對於peak注釋的結果，也可以進行可視化展示，如：

p <- plotAnnoPie(peakAnno)

通過注釋得到的peak相關基因可以使用goseq、topGO等R包進行GO富集分析，用kobas進行kegg富集分析，也可以使用DAVID在線工具來完成富集分析。可以通過挑選感興趣的GO term或pathway進一步篩選候選基因。

❸ 人教版生物八年級下復習資料

《人教版初中生物八年級下冊課本.pdf》網路網盤資源免費下載

鏈接: https://pan..com/s/1xl0_y1sAmKUz6yv1aDx7Zw

?pwd=ywvy 提取碼: ywvy