sam壓縮包

㈠ 我用到的Samtools介紹

記錄一下我用到的samtools的用法。

samtools的說明文檔： http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml

bam文件優點：bam文件為二進制文件，佔用的磁碟空間比sam文本文件小；利用bam二進制文件的運算速度快。

首先需要意識到的是samtools是一個非常強大的工具，想要熟練的使用它，還需要不斷的摸索。

samtools的用法

（1）View

samtools view -bS abc.sam > abc.bam    #將sam文件轉換為bam文件

 參數：

-b bam 輸出bam

-S sam 輸入sam

-@ 線程

在比對完成的sam文件中，包含著mapped reads 和unmapped reads

$ samtools view -bF 4  abc.bam > abc.F.bam       #提取沒有比對到參考序列上的比對結果，步包含標簽

$ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam   #提取paired reads中兩條reads都比對到參考序列上的比對結果，只需要把兩個4+8的值12作為過濾參數即可

$ samtools view -bf 4 abc.bam > abc.f.bam    #提取沒有比對到參考序列上的比對結果，包含標簽

$ samtools view abc.bam scaffold1 > scaffold1.sam     #提取bam文件中比對到caffold1上的比對結果，並保存到sam文件格式

$ samtools view abc.bam scaffold1:30000-100000 $gt; scaffold1_30k-100k.sam    #提取scaffold1上能比對到30k到100k區域的比對結果

$ samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam    #根據fasta文件，將 header 加入到 sam 或 bam 文件中

samtools的view不就可以進行格式轉換，還可以進行數據的提取

例：提取1號染色體上1234~123456區域的以對read

samtools view SRR3589957_sorted.bam chr1:1234-123456| head

 samtools view SRR3589957_sorted.bam chr1:1234-123456 > sub.bam 

使FLAG更具可讀性

samtools view -X sample.sorted.bam | head -n 5

計算總的比對數量

samtools view sample.sorted.bam | wc -l

顯示標題，-H選項

samtools view -H sample.sorted.bam

將bam文件轉換為sam文件

samtools view -h abc.bam > abc.sam

（2）Sort

samtools sort對bam文件進行排序，不能對sam文件進行排序。

以leftmost coordinates的方式對比對結果進行排序，或者使用-n參數以read名稱進行排序。將會添加適當的@HD-SO排序順序標頭標簽或者如果有必要的話，將會更新現存的一個排序順序標頭標簽。sort命令的輸出默認是標准輸出寫入，或者使用-o參數時，指定bam文件輸出名。sort命令還會在內存不足時創建臨時文件tmpprefix.%d.bam。

也就是說：samtools的排序方式有兩種（常用）

默認方式，按照染色體的位置進行排序

samtools sort test.bam default

參數-n則是根據read名進行排序。

samtools sort -n test.bam sort_left

usage: samtools sort [-l level] [-m maxMem] [-o out.bam] [-O format] [-n] [-T tmpprefix] [-@ threads] [in.sam|in.bam|in.cram]

例如：samtools sort abc.bam abc.sort

samtools sort -O bam -@ 2 SRR1909070.bam -o SRR1909070.sorted.bam

RNA-seq 的數據比對結果 BAM 文件使用 samtools 進行 sort 之後文件壓縮比例變化會比DNA-seq 更甚。另外，samtools 對 BAM 文件進行排序之後那些沒有比對上的 reads 會被放在文件的末尾。

 參數：

-l INT 設置輸出文件壓縮等級。0-9，0是不壓縮，9是壓縮等級最高。不設置此參數時，使用默認壓縮等級；

-m INT 設置每個線程運行時的內存大小，可以使用K，M和G表示內存大小。

-n 設定排序方式按short reads的ID排序。默認下是按序列在fasta文件中的順序（即header）和序列從左往右的位點排序。

-o FILE 設置最終排序後的輸出文件名；

-O FORMAT 設置最終輸出的文件格式，可以是bam，sam或者cram，默認為bam；

-T PREFIX 設置臨時文件的前綴；

-@ INT 設置排序和壓縮是的線程數量，默認是單線程。

（3）index

samtools index 建立索引，在建立索引之前應該先對bam文件進行排序。必須對bam文件進行 默認情況下的排序後 ，才能進行index。否則會報錯。

建立索引後將產生後綴為.的文件，用於快速的隨機處理。很多情況下需要有文件的存在，特別是顯示序列比對情況下。比如samtool的tview命令就需要；gbrowse2顯示reads的比對圖形的時候也需要。

samtools index abc.sort.bam

如果想要建立索引的，具體可以看看比對的內部的演算法，鏈接具體是怎麼建立索引的

建立索引的目的應該是為了提高比對的效率

以下兩種命令結果一樣

$ samtools index abc.sort.bam

$ samtools index abc.sort.bam abc.sort.bam.

（4）flagstat

samtools flagstat  給出BAM文件的比對結果

samtools flagstat [options] <in.bam>

-@ 線程

-O FORMAT 設置最終輸出的文件格式，可以是txt，json或者tsv，默認為json，tsv；

samtools flagstat輸出結果解釋:

11945742 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads)

#總共的reads數

0 + 0 plicates

7536364 + 0 mapped (63.09%:-nan%)

#總體上reads的匹配率

11945742 + 0 paired in sequencing

#有多少reads是屬於paired reads

5972871 + 0 read1

#reads1中的reads數

5972871 + 0 read2

#reads2中的reads數

6412042 + 0 properly paired (53.68%:-nan%)

#完美匹配的reads數：比對到同一條參考序列，並且兩條reads之間的距離符合設置的閾值

6899708 + 0 with itself and mate mapped

#paired reads中兩條都比對到參考序列上的reads數

636656 + 0 singletons (5.33%:-nan%)

#單獨一條匹配到參考序列上的reads數，和上一個相加，則是總的匹配上的reads數。

469868 + 0 with mate mapped to a different chr

#paired reads中兩條分別比對到兩條不同的參考序列的reads數

243047 + 0 with mate mapped to a different chr (mapQ>=5)

#paired reads中兩條分別比對到兩條不同的參考序列的reads數,並且其中比對質量>=5的reads的數量

（5）depth

得到每個鹼基位點的測序深度,並輸出到標准輸出。

usage: samtools depth [options] in.bam [in.bam ...]

注意 ：做depth之前必須做samtools index；

示例：

samtools depth in.bam  >  out.depth.txt

注意： in.bam 必須經過了排序。

（6）samtools rmp

NGS上機測序前需要進行PCR一步，使一個模板擴增出一簇，從而在上機測序的時候表現出為1個點，即一個reads。若一個模板擴增出了多簇，結果得到了多個reads，這些reads的坐標(coordinates)是相近的。在進行了reads比對後需要將這些由PCRplicates獲得的reads去掉，並只保留最高比對質量的read。使用rmp命令即可完成.

Usage:

samtools rmp[-sS]

-s對single-end reads。默認情況下，只對paired-endreads

-S將Paired-endreads作為single-endreads處理。

$samtools rmp input.sorted.bam output.bam

（7）mpileup

samtools還有個非常重要的命令mpileup，以前為pileup。該命令用於生成bcf文件，再使用bcftools進行SNP和Indel的分析。bcftools是samtool中附帶的軟體，在samtools的安裝文件夾中可以找到。

最常用的參數有2個：

-f來輸入有索引文件的fasta參考序列；

-g輸出到bcf格式。用法和最簡單的例子如下

Usage:samtoolsmpileup[-EBug][-CcapQcoef][-rreg][-fin.fa][-llist][-McapMapQ][-QminBaseQ][-qminMapQ]in.bam[in2.bam[...]]

$samtoolsmpileup-fgenome.fastaabc.bam>abc.txt

$samtoolsmpileup-gSDfgenome.fastaabc.bam>abc.bcf

$samtoolsmpileup-guSDfgenome.fastaabc.bam|\bcftoolsview-cvNg->abc.vcf

mpileup不使用-u或-g參數時，則不生成二進制的bcf文件，而生成一個文本文件(輸出到標准輸出)。該文本文件統計了參考序列中每個鹼基位點的比對情況；該文件每一行代表了參考序列中某一個鹼基位點的比對結果。比如：

（8）faidx

對fasta文件建立索引，比如基因組的文件，生成的索引文件以.fai後綴結尾。該命令也能依據索引文件快速提取fasta文件中的某一條（子）序列

Usage: samtools faidx <in.bam> [ [...]]

對基因組文件建立索引

$ samtools faidx genome.fasta

生成了索引文件genome.fasta.fai,是一個文本文件，分成了5列。

第一列是子序列的名稱；

第二列是子序列的長度；

第三列是序列所在的位置，因為該數字從上往下逐漸變大，最後的數字是genome.fasta文件的大小；

第4和5列不知是啥意思。於是通過此文件，可以定

位子序列在fasta文件在磁碟上的存放位置，直接快速調出子序列。

由於有索引文件，可以使用以下命令很快從基因組中提取到fasta格式的子序列

$ samtools faidx genome.fasta scffold_10 > scaffold_10.fasta

拓展：bcftools軟體

bcftools和samtools類似，用於處理vcf(variant call format)文件和bcf(binary call format)文件。前者為文本文件，後者為其二進制文件。

bcftools使用簡單，最主要的命令是view命令，其次還有index和cat等命令。index和cat命令和samtools中類似。此處主講使用view命令來進行SNP和Indel calling。該命令的使用方法和例子為：

$ bcftools view -cvNg abc.bcf > snp_indel.vcf

生成的結果文件為vcf格式，有10列，分別是：1 參考序列名；2 varianti所在的left-most位置；3 variant的ID（默認未設置，用』.'表示)；4 參考序列的allele；5 variant的allele(有多個alleles，則用』,'分隔);6 variant/reference QUALity;7 FILTers applied;8 variant的信息，使用分號隔開；9 FORMAT of the genotype fields, separated by colon (optional)； 10 SAMPLE genotypes and per-sample information (optional)。

參考鏈接：

原文鏈接：https://blog.csdn.net/u013553061/article/details/53179945

https://www.cnblogs.com/emanlee/p/4316581.html

http://events.jianshu.io/p/794d82bccf6c

http://blog.sina.com.cn/s/blog_13de3725c0102v7rd.html

https://www.cnblogs.com/shuaihe/articles/6802246.html

㈡ 又來找你了 幫我破解下SAM 文件 3個我都有 謝了 我已經發你郵箱了 還有 怎嘛壓縮的

發給我[email protected]

㈢ sam說話都用什麼插件

門限，壓限，激勵，均衡，混音
1、下載壓縮包並解壓。

2、在控制台上插件欄點下旁邊的三角符號，在彈出來的菜單里選擇 VST/Directx/ReWire設置。。

3、點下右邊的文件夾圖標，選擇第二個「瀏覽VST文件夾。。」

4、選擇你剛剛下載解壓出來的那個目錄，選中，點確定

5、在點確定，等待掃描，掃描的時候SAM可能會出現假死幾秒。

㈣ 急求一個win8的無密碼或已知密碼的sam文件

前段時間電腦WIN8系統忘記開機密碼了，上網查了下很多破解方法都不能用，比如取下主板電池，按下Ctrl+Alt+Del鍵等，最後是用PE引導盤解決了這個問題。下面我就把這個過程說一下，方便大家採用。

工具/原料
U盤(4G)
方法/步驟
軟體下載
把U盤格式化，使用U盤製作工具和win8 -PE引導文件，可到網上下載下
製作引導盤
插入一個空的U盤，運行U盤製作工具，選擇ISO製作，保存路徑選擇剛解壓縮的win8 _PE ISO鏡像，點擊一鍵製作ISO文件,在彈出的對話框，點擊寫入文件，等待寫入完成。

3
密碼修改
將電腦設置為USB方式啟動，使用引導盤進入win8-PE,使用PE自帶的密碼破解工具破解密碼。
打開windows密碼修改器，選擇SAM文件位置，一般是C:\windows\system32\config\sam,打開文件之後選擇要修改密碼的用戶，選擇更改口令，填寫新的密碼，保存之後退出。
4
重啟電腦
重啟電腦，使用新的密碼登陸。
最方便的就是進入PE裡面用軟體破解密碼。

㈤ 把視頻文件加密以後 sam文件怎樣裝進u盤里用u盤打開視頻就可以了 那個高手能告訴我用哪個軟體能做的出

SAM文件壓縮後就可以移動到U盤了。

㈥ 誰給我發個台式機XP無密碼SAM文件

你好知友!

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