1. 生物軟體,會用這個就夠了!
Geneious是一款全面的生物信息學軟體,專為處理和分析生物信息學數據設計。它集成了序列對比與系統學分析、引物設計、克隆和限制性分析等功能,且支持NCBI和EMBL資料庫的訪問與使用。
用戶可以通過下載Geneious.com提供的安裝包來獲取適用於Windows, Mac, 和Linux的操作系統版本,需要預先安裝Java程序。
在Geneious的主界面,用戶可以操作四個主要窗口:來源面板、文件列表、文件視圖和幫助面板。
來源面板展示了存儲的文件及提供的服務,用戶可以訪問NCBI和EMBL資料庫,分享或查看同事的資料庫(需先安裝)。
文件列表顯示文件夾中的各種文件類型,用戶點擊文件可查看其內容,支持多選文件同時查看,雙擊可直接閱讀文件詳情。文件列表允許用戶對文件進行任意排序、調整。
文件視圖提供序列、比對、樹、3D結構、文章摘要等多樣化視圖。
用戶可以使用幫助窗口獲取實時幫助,工具條包含了豐富功能,右鍵菜單可自定義選項。
文件欄提供新建、重命名、改變顏色、移動、刪除、恢復、備份、輸出、導入、列印等功能。
編輯欄支持撤銷、恢復、剪切、復制、粘貼、移除注釋、粘貼反向互補序列、刪除、全選、標注已讀文件、查找等功能。
視圖欄提供後退、前進、歷史、搜索、代理、顯示選項等功能,便於用戶瀏覽和查找文件。
工具欄集合了比對、拼接、建樹、引物、克隆、BLAST、資料庫管理、物種分類、序列分析等專業工具。
序列欄提供了新建序列、提取區域、翻譯、環形視圖、自由gap比對、轉換序列類型、設定reads用於拼接、設定read方向、按照ID切割序列文件等功能。
注釋、預測欄支持低質量序列修整、資料庫注釋、ORF查找、模體搜索、SNP查找、低/高覆蓋區域計算、表達量比較等功能。
幫助欄提供在線資源、檢測更新、購買等服務。
Geneious支持從硬碟導入序列,導入格式涵蓋幾乎所有類型,包括FASTA、GenBank、SAM/BAM等。
用戶可從NCBI和UniProt等公共資料庫導入數據,輸出格式多樣,如FASTA、GenBank XML、PDF等。
軟體管理本地文件,包括序列、引物、酶、染色體、contig、蛋白序列、發育樹、3D結構、序列比對、文章、PDF等。
用戶可以搜索、過濾文件,創建、查看和編輯序列,軟體提供豐富的序列視圖和基因組視圖。
側控制欄提供多種顯示模式,放大、縮小、移動功能及可視化效果調整,顯示鹼基、GC含量、注釋等信息。
實時統計所選區域的鹼基、氨基酸、密碼子使用情況,支持保存和載入自定義設置。
抬頭欄提供序列視圖、注釋、點陣圖、文本總結、信息等選項,左右操作支持序列提取、反向互補、翻譯等功能。
軟體支持DNA、RNA、蛋白質結構查看,利用注釋功能進行查看、個性化風格設置、導出表格、編輯注釋。
序列比對功能包含雙序列、多序列、基因組對比,翻譯成蛋白質對比,點陣圖顯示比對結果。
拼接與mapping功能支持從頭拼接、映射到參考序列,序列質量過濾,查看與編輯contig,分析拼接與比對查找多態位點、SNP等。
建樹功能允許用戶美化樹狀圖,引物設計、克隆等遺傳分析功能,BLAST設定參數並查看結果。