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gromacs命令
發布時間：2024-01-02 20:31:00❶ 為什麼編譯出的 gromacs 多 GPU 加速效果不好
一個可能的原因是 boost 的版本較低。
改進辦法是執行如下命令：
# sudo apt-get install libboost-all-dev
然後按照文章步驟安裝就可以了，為了便於閱覽，我們把步驟也貼在這里：
機器操作系統為 Ubuntu14.04，安裝了 CUDA7.5。
在家目錄下建立 gromacs 目錄做為工作目錄下，拷貝了 4 個安裝包：
openmpi-1.6.5.tar.gz
fftw-3.3.3.tar.gz
cmake-2.8.9.tar
gromacs-5.0.4.tar.gz
1.安裝 openmpi
$cd ~/gromacs
$tar –xvf openmpi-1.6.5.tar.gz
$cd openmpi-1.6.5
$./configure --prefix=/opt/openmpi
$sudo make
$sudo make install
2.安裝 fftw
$cd ~/gromacs
$tar –xvf fftw-3.3.3.tar.gz
$cd fftw-3.3.3
$./configure --prefix=/opt/fftw –enable-float –enable-shared
$sudo make
$sudo make install
3.安裝 cmake
$cd ~/gromacs
$tar xvf cmake-2.8.9.tar
$cd cmake-2.8.9
$./bootstrap
$sudo make
$sudo make install
4.編譯 gromacs GPU 版本
$cd ~/gromacs
$mkdir build-gpu
$cd build-gpu
$sudo cmake .. -DFFTWF_LIBRARY=/opt/fftw/lib/libfftw3f.so -DFFTWF_INCLUDE_DIR=/opt/fftw/include -DGMX_MPI=ON –DGMX_GPU=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-5.0.4-gpu
$sudo make
$sudo make install
步驟 4 編譯 gromacs 時，cmake 步驟如果有如下提示信息的話，說明 boost 版本低：
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