python安裝cmaps包

『壹』 如何用python繪制Circos圖

用Python實現Circos圖的繪制在線繪制的Circos有一定局限性，如對數據的要求、個性化的局限和處理速度等的問題，但如果你是一個Pythoneer或者喜歡用更加Pythonic的方式來個性化地繪制Circos圖，那麼今天就跟隨我一起用代碼實現這一目標吧！

安裝Circos包

首先，登錄Python的包索引網站PythonPackageIndex（PyPI，正確讀音是：PiePeeAi），找到Circos包的下載頁：

https://pypi.python.org/pypi/Circos/1.3.5

該包/模塊的作者是我的好友EricMa。你可以選擇下載wheeler文件，然後本地安裝。也可以在shell下直接通過pip進行安裝：

pipinstallcircos

注意，所支持的Python版本必須是3.x，對2不支持。

選擇數據

當安裝了circos包後，我們就可以直接應用這個包來寫代碼了。為了演示方便，我需要應用一些數據。作為內科醫師，就讓我來展示一下老本行：處理葯物與肝酶細胞色素P450的相互關系的可視化。由於是為了拋磚引玉，所以繪制出的Circos圖相對簡單。

我們先從美國FDA官網下載不同細胞色素相關的各種口服葯物表。共202種常用的口服葯物，涵蓋內科學、腫瘤學、神經科和心理學等學科。數據文件如下：

可以看到這個數據的結構：是按肝細胞色素酶進行分類，共分8個列。這8個細胞色素酶分別是：CYP1A2,CYP2B6,CYP2C8,CYP2C9,CYP2C19,CYP2D6,CYP2E1和CYP3A4。我們將要建立各個口服葯與這些肝酶之間關系的Circos圖，從而了解通過相同肝酶代謝或轉化的葯物之間是否存在相互作用。

導入各個模塊和讀入數據

導入各個模塊：

fromcircosimportCircosPlot

importxlrd

importpandasaspd

importnumpyasnp

讀入文件：

filename='.\MedicationInteraction.xlsx'

book=xlrd.open_workbook(filename)

print('Fileloaded!')

提取數據：

nrows=book.sheet_by_name('Sheet1').nrows

header=book.sheet_by_name('Sheet1').row_values(0)

data=[book.sheet_by_name('Sheet1').row_values(i)foriinrange(1,nrows)]

df=pd.DataFrame(data,columns=header)

df[df=='']=np.nan

讀取後，葯物和酶的數據為pandas的DataFrame數據結構，細胞色素P450酶的名字為columns的名字。我們可以檢查一下數據：

修數據，尤其是處理NA數據

df_dict={}

foriinrange(len(df.columns)):

df_dict[df.icol(i).name]=list(df.icol(i).dropna())

節點和連線

創建節點（nodes）數據，在我這個例子里就是各個葯物和肝酶：

nodes=[]

forkeyindf_dict.keys():

nodes.extend(df_dict[key])

nodes=list(nodes)

headers=list(df.columns)

enzymes=['0']*5

forheaderinheaders:

enzymes.append(header)

enzymes.extend(['0']*5)

nodes.extend(enzymes)

創建連線（edges）數據，我們應用tuple（元組）這個數據結構來表示葯物與特定肝酶之間的關系：

edges_origin=[]

forkeyindf_dict.keys():

forvalueindf_dict[key]:

edges_origin.append((key,value))

繪圖

繪制Circos圖：

c=CircosPlot(nodes,edges_origin,radius=10,

nodecolor="blue",

edgecolor="red",

)

c.draw()

得到了下面這張所有葯物與肝酶之間的圖：

左上方是8個肝臟細胞色素P450酶（CYP1A2、CYP2B6、CYP2C8、CYP2C9、CYP2C19、CYP2D6、CYP2E1和CYP3A4）。其它點即為202種口服葯物。每種葯物都與參與代謝和轉化它的P450酶相連。與相同酶連接的不同葯物，理論上應該都存在相互作用，但具體如何還要看與酶的作用機理。

個性化繪圖

如果我們打算分別可視化出不同肝酶的關系圖形，我們只需改變連線信息，即edges信息：

edges=[]

‍forvalueindf_dict['CYP2B6']:

edges.append(('CYP2B6',value))

c=CircosPlot(nodes,edges,radius=10,

nodecolor="orange",

edgecolor="orange",

)

c.draw()

從而我們得到了各種肝酶所代謝和轉化葯物的圖形

用PS將它們合並：

相同肝酶所代謝和轉化的葯物用相同顏色的edges表示。

顯示特定葯物

最後，我們可以挑選其中一些感興趣的葯物來進行觀察，例如，我從這202個葯物中指定幾個我感興趣的葯物：

propafenone（心律平）,acetaminophen（對乙醯氨基酚）,paclitaxel（紫杉醇）,ibuprofen（布洛芬）,losartan（洛沙坦）,omeprazole（奧美拉唑）,carvediolo（卡維地洛）,codeine（可待因）,theophylline（茶鹼）,quinidine（奎尼丁）,verapamil（異搏定）,lovastatin（洛伐他汀）,nitrendipine（尼群地平）

然後重新建立edges：

medications=['propafenone','acetaminophen','paclitaxel','ibuprofen','losartan','omeprazole','carvedilol','codeine','theophylline','quinidine','verapamil','lovastatin','nitrendipine']

edges_candidate=set()

formedicationinmedications:

foredgeinedges_origin:

ifmedication==edge[1]:

edges_candidate.add(edge)

edges_candidate=list(edges_candidate)

然後再繪圖：

c=CircosPlot(nodes,edges_candidate,radius=10,

nodecolor="black",

edgecolor="black",

)

c.draw()

從而得到這張圖。

『貳』 pip 安裝Python包時老是出現拒絕訪問的提示，除了直接下載包應該怎麼辦

使用yum試試，或者wget下載包

『叄』 如何在mac版本的python里安裝pip

mac裡面python自帶easy_install的，最快的應該就是在terminal裡面sudo easy_install pip了，網路好幾秒就ok。運行完可以用pip help測試一下是否安裝成功，成功安裝後，直接pip install numpy或者其他包就可以了。
ps：用sudo的時候需要輸入密碼，這個密碼是你自己電腦的密碼，輸入的時候採取了「保密措施」，你看不到自己輸入的字元，完整的輸入進去以後，回車就可以了。

『肆』 用pip安裝python第三方包的時候顯示錯誤

pip 不是在python解釋器中運行。而是在windows的命令行下運行，pip在PythonScripts目錄

下，cmd，cd到該目錄，然後輸入pip install googlemaps 。

『伍』 如何在win7下安裝Python及配置

1、首先，從網路搜索python官網下載適合自己電腦python版本。

『陸』 python中pip install怎樣安裝，求從下載到成功的具體步驟

1. Download the package(.whl file) from the website
2. Copy the .whl file into the C:\Python34\Scripts
3. run window command prompt and path is C:\Python34\Scripts
4. type"pip install XXXXX.whl"
PS: some high-level package need to install other packages before accordinglywhich would be seen in the command window

『柒』 python zip包怎麼安裝

雙擊安裝包，以管理員身份運行，點擊」Next「，
選擇安裝路徑，點擊」Next「，
點擊」Next「，
安裝過程如下
6
點擊」Finish「
7
配置系統環境變數，找到系統環境變數Path，在最後面追加python的路徑，
8
打開cmd命令，輸入python，看到如下界面，說明python已經安裝成功並正常運行。

『捌』 win XP的系統應該裝哪個python的安裝包

直接裝2.x系列和3.x系列的最新版本行了，不需要嚴格對應安裝那兩個版本。

Python 3.3.2
32位：http://www.python.org/ftp/python/3.3.2/python-3.3.2.msi
64位：http://www.python.org/ftp/python/3.3.2/python-3.3.2.amd64.msi

Python 2.7.5
32位：http://www.python.org/ftp/python/2.7.5/python-2.7.5.msi
64位：http://www.python.org/ftp/python/2.7.5/python-2.7.5.amd64.msi

如果你的是64位系統，那麼選擇32位或64位版本都可以，不過64位更佳。如果是32位系統，那隻能用32位版本。

『玖』 Python之安裝和環境配置

python的下載

1.可以去python官網下載，https://www.python.org/

2.下載完成後，安裝即可。

python的檢測

1.打開開始-運行-cmd（快捷鍵win+R）。 如果是mac，打開使用工具-終端。

2.在終端里輸入python，以下畫面就是進入python了，表示安裝成功。

相關推薦：《Python視頻教程》

python環境變數

這里是win10舉例

右鍵我的電腦-屬性-高級

2.選擇環境變數---在系統變數里找到Path---然後雙擊，進去之後新建，將python的路徑添加進去即可。

環境變數設置好之後cmd運行python就方便了許多。（不太明白的可以去網路搜，這些安裝改環境變數網上有很多，就不多說廢話了）

補充：如果安裝了多個python版本，在cmd里運行python，一般電腦默認優先運行先安裝的。

解決方法，可以給python重新命名，然後再設置環境變數，這樣在cmd里運行即可。例如：python2和python3運行cmd直接輸入python2或者python3即可。

3.變數名

可以由字母/數字/下劃線組成

ps：~數字不能開頭

~不能是關鍵字（and、as、assert、break、class、continue、def、del、elif、else、except、exec、finally、for、from、global、if、import等等）

~最好不要和python內置的東西重復

~變數名最好寫的有意義，一看名字就能看懂是什麼。 比如： user_name user_age user_id

『拾』 PyCharm怎麼安裝

python入門：環境配置和IDE安裝

首先是本人的PC系統環境：win 8,64位。

一、python環境配置

（1）官網下載python 2.7.10【如果是win 8系統,貌似裝3.5.0版本的會出錯0x80240017】

https://www.python.org/downloads/release/python-2710/

ok,到此就完成了python的入門學習，還是非常簡單。深知python只是一個易上手工具，後面的路還有很長，加油。

PS：修改界面的風格方式：File->Settings->Editor->Colors&Fonts在Scheme中選擇其他風格即可。至於為什麼都喜歡這個界面呢？可能是...大家都懂！