A. nginx 只讓php入口文件訪問，其他php文件禁止直接訪問
你用的系統是微擎嗎？
正常來說，除了這兩個php文件，和回調用的介面外，其它php都是不能直接訪問的，文件頭有常量判斷，未定義就退出了。
所以你的系統有上傳漏洞，應該檢查是哪裡出了問題，並去修復一下。可以從以下幾點著手：
上傳許可權僅提供給已登錄會員，在上傳介面中判斷未登錄狀態的，直接返回錯誤信息
上傳文件類型限制，如果需要的是圖片，嚴格限制圖片類型，並做圖片規格檢測（gd庫就可以處理），不符合的不保存文件
文件名處理，不要使用客戶端上傳的文件名保存，而是根據規則 生成一個隨機的名字保存
上傳頻率限制（根據會員限制），比如，一個小時內限制上傳5張，一天限制100張，可以有效防止黑客利用上傳介面填充垃圾文件到你的伺服器
如果可行，對上傳文件做一個臨時機制，如上傳的文件先放到臨時文件夾，資料保存的時候，把文件處理一下，移動到正常的附件目錄。這樣就可以定期清理臨時文件夾，防止上傳後沒使用的文件過多佔用伺服器空間。
不過這個功能改起來會復雜一點，要處理所有使用到上傳功能的介面。
以上幾點處理好，被上傳可執行文件的問題基本上可以杜絕了
而你的解決方案，是只治標不治本的方案