『壹』 為什麼用linux中的vi命令打開pbs文件，只顯示文件的後幾行，前幾行不顯
使用 gg 命令跳轉到第一行試試。
『貳』 怎麼用pbs排隊系統向集群提交作業
qstat linux命令命令用於PBS公源代碼作業管理系統
qstat 命令—用於查詢作業狀態信息
命令格式：qatat [-f][-a][-i] [-n][-s] [-R] [-Q][-q][-B][-u]
參數說明：
-f jobid 列指定作業信息
-a 列系統所作業
-i 列運行作業
-n 列配給作業結點
-s 列隊列管理員與scheler 所提供建議
-R 列磁碟預留信息
-Q 操作符destination id指明請求隊列狀態
-q 列隊列狀態並alternative 形式顯示
-au userid 列指定用戶所作業
-B 列PBS Server 信息
-r 列所運行作業
-Qf queue 列指定隊列信息
-u 若操作符作業號則列其狀態
若操作符destination id則列運行其屬於user_list 用戶作業狀態
例：# qstat -f 211 查詢作業號211 作業具體信息
『叄』 在linux系統里qstat是什麼意思
qstat 不是linux命令，此命令用於PBS公開源代碼的作業管理系統。
qstat 命令—用於查詢作業狀態信息
命令格式：qatat [-f][-a][-i] [-n][-s] [-R] [-Q][-q][-B][-u]
參數說明：
-f jobid 列出指定作業的信息
-a 列出系統所有作業
-i 列出不在運行的作業
-n 列出分配給此作業的結點
-s 列出隊列管理員與scheler 所提供的建議
-R 列出磁碟預留信息
-Q 操作符是destination id，指明請求的是隊列狀態
-q 列出隊列狀態，並以alternative 形式顯示
-au userid 列出指定用戶的所有作業
-B 列出PBS Server 信息
-r 列出所有正在運行的作業
-Qf queue 列出指定隊列的信息
-u 若操作符為作業號，則列出其狀態。
若操作符為destination id，則列出運行在其上的屬於user_list 中用戶的作業狀態。
例：# qstat -f 211 查詢作業號為211 的作業的具體信息。
『肆』 請問如何查詢linux伺服器的batch system是不是PBS,伺服器是不是user-defined
大多數都不知道，回應一聲以免樓主以為在玩單機游戲。
『伍』 linux怎麼編輯.pbs的文件
如何在linux下編輯和修改文件：_網路經驗：
https://jingyan..com/article/0a52e3f41bea0fbf62ed720e.html
『陸』 linux gaussian怎麼安裝linda
一、 背景介紹
Gaussian是目前計算化學領域內最流行、應用范圍最廣的商業化量子化學計算程序包。它最早是由美國卡內基梅隆大學的約翰·波普（John A Pople, 1998年諾貝爾化學獎）在60年度末、70年代初主導開發的。其名稱來自於該軟體中所使用的高斯型基組。最初，Gaussian的著作權屬於約翰·波普供職的卡內基梅隆大學；1986年，約翰·波普進入美國西北大學後，其版權由Gaussian,Inc.公司所持有。Gaussian軟體的出現降低了量子化學計算的門檻，使得從頭計算方法可以廣泛使用，從而極大地推動了其在方法學上的進展。
到目前為止，Gaussian已經推出了12個版本，包括Gaussian70、Gaussian76、Gaussian80、Gaussian82、Gaussian86、Gaussian88、Gaussian90、Gaussian92、Gaussian92/DFT、Gaussian94、Gaussian98、Gaussian03等，其版本數字也是該版本發布的年份。其中，每個版本發布後，還陸續發布了一些這些版本的修訂版。目前最新的版本是Gaussian03 Revision D.01/D.02。
Gaussian程序是用FORTRAN語言編寫的，它從量子力學的基本原理出發，可計算能量、分子結構、分子體系的振動頻率以及大量從這些基本計算方法中導出的分子性質。它能用於研究不同條件下的分子和反應，包括穩定的粒子和實驗上難以觀測的化合物，例如瞬時的反應中間物和過渡結構。
Gaussian的並行模式是採用OpenMP來實現的。OPENMP的並行實現是針對共享內存的機器的，實現方法簡單。因此Gaussian在共享內存的機器上，能獲得很好的性能。對於跨節點的計算，Gaussian使用TCP Linda軟體來實現。TCP Linda是一個虛擬共享內存的並行執行環境，它可以把一個通過網路連接的分布式內存的機群或工作站虛擬成共享內存環境，從而使像Gaussian這樣的用OPENMP實現並行的程序能夠在分布式內存的機器上運行。
二、 軟體的安裝設置
1、將壓縮包解開
# tar zxf OPT-900N.taz //g03 E01以上版本支持上海處理器 （可以查看文件日期在2007年以後的）
2、准備環境變數文件g03.sh
放入g03源代碼目錄，如/home/users/mjhe/g03/
#cat g03.sh
g03root="/home/users/mjhe"
GAUSS_SCRDIR="/scratch"
export g03root GAUSS_SCRDIR
. $g03root/g03/bsd/g03.profile
3、准備運行腳本
放入算例目錄，如g03test
> cat g03.pbs
###########################################################################
# Script for submitting parallel Gaussian 03 jobs to Dawning cluster.
# Lines that begin with #PBS are PBS directives (not comments).
# True comments begin with "# " (i,e., # followed by a space).
###########################################################################
#PBS -S /bin/bash
#PBS -N gaussian
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=1:ppn=8
##PBS -l walltime=860:00:00
#PBS -V
##PBS -q middle
#############################################################################
# -S: shell the job will run under
# -o: name of the queue error filename
# -j: merges stdout and stderr to the same file
# -l: resources required by the job: number of nodes and processors per node
# -l: resources required by the job: maximun job time length
#############################################################################
INFILE=$file
# Define variable "jobname".
jobname=`echo $INFILE | awk -F. '{printf $1}'`
username=`whoami`
# Define the location where Gaussian was installed and run a setup script, g03.profile.
g03root="/data/users/ceszhcy/"
GAUSS_SCRDIR="/state/partition1/tmp/"
export g03root GAUSS_SCRDIR
. $g03root/g03/bsd/g03.profile
# Make a directory in scr and .com and .g03 file to there.
GAUSS_RUNDIR=${GAUSS_SCRDIR}/${username}.${PBS_JOBID}
if [ ! -a $GAUSS_RUNDIR ]; then
echo "Scratch directory $GAUSS_RUNDIR created."
mkdir -p $GAUSS_RUNDIR
fi
cp $PBS_O_WORKDIR/${jobname}.* $GAUSS_RUNDIR
ORIG_PBS_O_WORKDIR=${PBS_O_WORKDIR}
cd $PBS_O_WORKDIR
# Setup for Gaussian 03:
# =======================
# Make a scratch directory if it doesn't already exist.
GAUSS_SCRDIR=${GAUSS_SCRDIR}/${username}.${PBS_JOBID}/${jobname}
if [ ! -a $GAUSS_SCRDIR ]; then
echo "Scratch directory $GAUSS_SCRDIR created."
mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
fi
export GAUSS_SCRDIR
echo "Using $GAUSS_SCRDIR for temporary Gaussian 03 files."
# Define node list
cat $PBS_NODEFILE|uniq > $GAUSS_SCRDIR/tsnet.nodes
NODE_NUM=`cat $PBS_NODEFILE|uniq |wc -l`
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
nodes=`cat $PBS_NODEFILE |uniq| awk '{printf("%s,",$1)}'`
sharecpu=`expr $NP / $NODE_NUM`
G03_NODEFILE="$GAUSS_SCRDIR/tsnet.nodes"
GAUSS_LFLAGS=" -mp 2 -nodefile $G03_NODEFILE"
export GAUSS_LFLAGS
echo pbs nodefile:
cat $G03_NODEFILE
#Run a Gaussian command file, water03.com, redirecting output to a file, water03.log
cd $GAUSS_RUNDIR
echo "%NProcShared=$sharecpu" > ${jobname}.Input.${PBS_JOBID}
if [ $NODE_NUM -ne 1 ];
then
echo "%LindaWorker=$nodes" >> ${jobname}.Input.${PBS_JOBID}
fi
grep -v nproc $INFILE |grep -v NProcShared |grep -v LindaWorker >>${jobname}.Input.${PBS_JOBID}
echo "Starting Gaussian run at" `date`
if [ $NODE_NUM -eq 1 ];
then
time g03 < ${jobname}.Input.${PBS_JOBID} > $GAUSS_RUNDIR/${jobname}.log
fi
else
time g03l < ${jobname}.Input.${PBS_JOBID} > $GAUSS_RUNDIR/${jobname}.log
fi
#time g03 < ${jobname}.Input.${PBS_JOBID} > ${jobname}.log
echo "Finished Gaussian run at" `date`
PBS_O_WORKDIR=${ORIG_PBS_O_WORKDIR}
echo $PBS_O_WORKDIR
mv $GAUSS_RUNDIR/${jobname}.* $PBS_O_WORKDIR
mv $GAUSS_SCRDIR/*.chk $PBS_O_WORKDIR
echo "$GAUSS_SCRDIR"
rm -Rf $GAUSS_SCRDIR
4、測試安裝是否成功
准備算例test397.com
在算例目錄下修改g03.pbs，然後執行qsub g03.pbs -v file=test397.com
cd ~/g03test
qsub g03.pbs -v file=test397.com
5、其他
三、 注意事項
1、本文命令、代碼和超鏈接採用斜體五號字表示
2、算例文件名必須有兩部分組成，前綴+後綴，中間用 . 隔開
3、需要修改一下兩個文件以適應linda並行時的配置情況：
#vi /data2/home/test/g03/linda7.2/opteron-linux-I8/bin/LindaLauncher
/mf/giovanni/static/g03/linda7.2/opteron-linux-I8/bin/cLindaLauncher
#vi /data2/home/test//g03/ntsnet
/mf/giovanni/static/g03/linda7.2/opteron-linux-I8/bin/true_ntsnet
4、在所以參與計算的節點根目錄上增加/scratch/，並設置開放的許可權
mkdir /scratch
chmod 777 /scratch
5、其他
四、 參考文獻
1 量子化學計算程序包GAUSSIAN 王濤 上海超級計算中心 上海 201203 [email protected]
『柒』 pbs的節點空閑但不接受任務是怎麼回事
因為你提交的只是簡單的任務，可能任務管理系統認為不需要利用空閑結點就可以分配計算。系統認為的空閑跟我們認為的空閑是兩個概念，可以使用——完全空閑。
『捌』 如何在linux下設置pbs提交MATLAB作業
我就是完全在linux工作的人,包括用matlab 我沒有出現樓主出現的情況,相反,我的matlab無論安裝,還是運行都要比win下快n多,在win下,硬碟一直閃的情況在linux下沒有出現! 我用的是matlab 2006b. 系統archlinux tips:我喜歡用這樣的方式打開matlab m...
『玖』 linux的lsf和pbs的區別
LSF abbr. 分布式異構計算機環境的負載管理系統（Load Sharing Facility） Today's popular queuing systems include some pay for procts such as: LSF and PBS Pro. 當今流行的隊列系統包括一些付費產品，比如 LSF 和 PBS Pro。