原來生信處理一直用perl,之前雖然也寫過python,但是linux下縮進4個空格實在有點煩
最近又想重新拾取python,就編輯了一下vimrc,利用tab鍵解決縮進問題
原理就是把tab設置成4個空格,並且只試別.py格式,首先vi ~/.vimrc
B. LINUX下社PYTHON編程!
python一般是默認安裝的
終端輸入python2或者python
應該會彈出python的版本信息,然後是命令提示符
$
python2
Python
2.7
(r27:82500,
Oct
6
2010,
12:18:19)
[GCC
4.5.1]
on
linux2
Type
"help",
"right",
"credits"
or
"license"
for
more
information.
>>>
若提示命令不存在,就是沒安裝..
安裝python很簡單,可以下載python源碼自己編譯,或者去官方網站找對應的.rpm或者tar.xz或者.deb的二進制包.
推薦網路安裝,使用yum
,apt-get
,pacman等類似的工具安裝python2
如果需要帶GUI的IDE,像VC哪種的.可以再安裝eric
運行python腳本,python2
yoursript.py
即可。
PS:
比如你寫了一個python的程序,存成.py形式的腳本。
然後在終端里直接用python2
script.py就可以執行了
這個是腳本語言,不需要編譯,直接執行。
C. Linux:Python編寫Linux自定義命令工具
摘要: Linux , Python
工作中需要頻繁使用到一個字元串的md5,因此編寫一個md5命令工具,輸入字元串直接得到輸出,並且命令支持參數設置,比如是否事先格式化,指定不同參數可以支持多功能輸出,操作步驟如下
直接vim一個腳本,腳本名md5不需要.py後綴,這樣更像一個命令,注意在腳本第一行引入python解釋器,並設置utf-8編碼
其中-f支持先格式化再得到md5,-l支持傳入多個字元串用空格分開
賦予可執行許可權
測試是否符合要求
直接放置到 /usr/local/bin 目錄下(需要root許可權)
也可以使用軟連接的方式,推薦使用絕對路徑
之後就可以在環境變數中直接使用到md5命令
shebang :中文翻譯「釋伴」,由 #! 開頭的字元串,出現在文本文件的 第一行 。類UNIX操作系統的程序載入器會分析shebang後的內容,將這些內容作為解釋命令,並調用該指令,並將載有 shebang的文件路徑作為該解釋器 的參數
比如 #!/bin/bash 就是使用/bin/bash作為解釋器運行腳本,如果以Python作為解釋器運行腳本先找到Python解釋器的路徑,一般在Linux自帶的 /usr/bin/python 是Python2版本,也可以指定其他Python版本 #!/opt/anaconda3/bin/python ,第二行為 # coding=utf-8 用來指定編碼格式,否則Python2輸出中文亂碼
對於自定義腳本,推薦放置在 /usr/local/bin 目錄,有多個可執行文件目錄在環境變數中,區別如下:
/bin : 包含二進制可執行文件,為系統最基本的命令,如ls等
/sbin : 與/bin 類似,不同之處是其為root許可權命令文件
/usr/bin : 系統預裝可執行文件,會隨著系統升級而改變
/usr/sbin : 同上,不同之處是其為root許可權運用
/usr/local/bin : 三級目錄,用戶自己的可執行文件,系統不管理
/usr/local/sbin : root許可權用戶程序
D. Python腳本在Linux上怎麼運行
一、首先下載安裝python,建議安裝2.7版本以上,3.0版本以下,由於3.0版本以上不向下兼容,體驗較差。
E. python用什麼編輯器比較好
第一:Sublime TextSublime
Text輕量級的代碼編輯器,跨平台,支持幾十種編程語言,包括Python、Java、C、C++等,小巧靈活、運行輕快,支持代碼高亮、自動補全、語法提示,插件擴展豐富,是一個非常不錯的代碼編輯器,配置相關文件後,可直接運行Python程序。Sublime
Text是開發者中最流行的編輯器之一,多功能、支持多種語言,深受開發者的喜歡。
第二、VS Code
VS Code是微軟開發的一個跨平台的代碼編輯器,支持常見的編程語言開發,插件拓展豐富,不僅智能補全、語法檢查、代碼高亮,還支持git功能,運行流暢,是一款非常受歡迎的代碼編輯器,安裝相關插件之後,也可以直接運行Python程序。
第三、Atom
Atom是github專門為程序員開發的一個代碼編輯器,也是跨平台的,界面簡潔直觀,使用起來非常方便,自動補全、代碼高亮、語法提示、啟動運行速度較快,對於初學者來說,使用起來非常簡單。
第四、PyCharm
PyCharm是一個專門用於Python開發的IDE,常見的功能有:代碼補全、智能提示、語法檢查,這個軟體都支持。除此之外,還集成了版本控制、單元測試、git功能,可以快速創建Django、Flask等Python Web框架,使用起來非常不錯,在開發大型項目中經常會用到,唯一的缺點是,啟動起來比較卡,還不是免費的,不過可以下載社區免費版的。
第五:Vim
Vim可以說是Python最好的IDE。Vim是高級文本編輯器,旨在提供實際的Unix編輯器,Vi功能,支持更多更完善的特性集。Vim不需要花費太多的學習時間,一旦你需要一個無縫的編輯體驗,那麼就會把Vim集成到你的工作流中。
第六:Eclipse with PyDev
Eclipse with PyDev是非常流行的IDE,而且已經有很久的歷史了。Eclipse with PyDev允許開發者創建有用和互動式的Web應用。PyDev是Eclipse開發Python的IDE,支持Python、Jython和lronPython的開發。
第七:Emacs
GNU Emacs是可擴展,自動以的文本編輯器,甚至有更多的功能。Emacs的核心是Emacs Lisp解析器,但是支持文本編輯。如果你已經使用過Vim,可以嘗試一下Emacs。
第八:Komodo Edit
Komodo Edit是一款非常干凈而且專業的Python IDE。
第九:Wing
Wing的PythonIDE兼容Python2.x和3.x,可以結合Django、matplotlib、Zope、Plone、APP Engine、PyQt和其他Python框架使用。Wing支持測試驅動開發,集成了單元測試,nose和Django框架的執行和調試功能。Wing IDE啟動和運行的速度都非常快,支持Windows、Linux、OS X和Python versi。
第十:PyScripter
PyScripter是一款免費、開源的Python集成開發環境。
第十一:The Eric Python IDE
Eric是全功能的Python和Ruby編輯器和IDE,是使用Python編寫的。Eric基於跨平台的GUI工具包QT,集成了高度靈活的Scintilla編輯器控制項,Eric包括一個插件系統,允許簡單的對IDE進行功能性擴展。
第十二:IEP
IEP是跨平台的Python IDE,旨在提供簡單高效的Python開發環境,包括兩個重要的組件:編輯器和shell,並且提供插件工具集從各個方面來提高開發人員的效率。
F. Linux裡面什麼python編輯器比較好
這三個都行
scite 免費簡約可配置易用跨平台--不失強大
sublime_text 是一個非常強大且性感的跨平台編輯工具
vim是編輯器之神
emacs是神的編輯器
G. linux下怎麼編譯python
1. 下載python2.7.5,保存到 /data/qtongmon/software
http://www.python.org/ftp/python/
2. 解壓文件
tar xvf Python-2.7.5.tar.bz2
3. 創建安裝目錄
mkdir /usr/local/python27
4. 安裝python
./configure --prefix=/usr/local/python27
make
make install
5. 修改老版本的ln指向(注意:這里修改後,可能會影響yum的使用)
mv /usr/bin/python /usr/bin/python2.4.3
ln -s /usr/local/python27/bin/python /usr/bin/python
H. Linux系統python的IDE(編輯器)在哪裡啊
Linux下沒有IDE,不過可以使用linux系統自帶的vi命令編輯*.py文件後運行。
在此基礎上,推薦使用Emacs或者Vim。
如果是UBUNTU等帶界面的LINUX系統,可以使用PYCHARM
I. Linux 下Python 腳本編寫的"奇技淫巧"
「 生命完美的答案,無非走過沒有遺憾 ---《天藍》」
「如何能夠解析腳本運行命令行選項(位於 sys.argv 中)」
argparse 模塊可被用來解析命令行選項
常用來定義一個腳本的說明文檔,一般我們寫python腳本會通過 if..else 的方式來提供一個腳本說明文檔,python不支持switch。所以很麻煩,其實,我們可以通過 argparse 來編寫說明文檔。
我們來看看怎麼執行一個python腳本
對於熟悉Linux的小夥伴下面的文檔在熟悉不過了,這個一個標准Linxu軟體包的說明文檔,文檔中定義是軟體包的說明
來看看這個腳本是如何編寫的
為了解析命令行選項, 首先要創建一個 ArgumentParser 實例, 使用 add_argument() 方法聲明你想要支持的選項。在每個 add-argument() 調用中:
dest 參數指定解析結果被指派給屬性的名字。 metavar 參數被用來生成幫助信息。
action 參數 指定跟屬性對應的處理邏輯,通常的 值為 store , 被用來存儲 某個值 或將 多個參數值收集到一個列表中 。
nargs 參數收集 所有剩餘的命令行參數到一個列表中。在本例中它被用來構造一個文件名列表
action='store_true' 根據參數是否存在來設置一個位置 Boolean 標志:
action='store' 參數接受一個單獨值並將其存儲為一個字元串
如果一個都沒有,會提示缺少參數 -p/--pat
choices={'slow', 'fast'}, 參數說明接受一個值,但是會將其和可能的選擇值做比較,以檢測其合法性:
一旦參數選項被指定,你就可以執行 parser.parse() 方法了。它會處理 sys.argv 的值並返回一個結果實例。每個參數值會被設置成該實例中 add_argument() 方法的 dest 參數指定的屬性值。
還很多種其他方法解析命令行選項。可以會手動地處理 sys.argv 或者使用 getopt 模塊 。但是,如果你採用本節的方式,將會減少很多冗餘代碼,底層細節 argparse 模塊 已經幫你處理好了。你可能還會碰到使用 optparse 庫解析選項的代碼。盡管 optparse 和 argparse 很像 ,但是後者更先進,因此在新的程序中你應該使用它。
「你寫了個腳本,運行時需要一個密碼。此腳本是互動式的,因此不能將密碼在腳本中硬編碼,而是需要彈出一個密碼輸入提示,讓用戶自己輸入。」
Python 的 getpass 模塊 正是你所需要的。你可以讓你很輕松地彈出密碼輸入提示,並且不會在用戶終端顯示密碼。
代碼中 getpass.getuser() 不會彈出用戶名的輸入提示。它會根據該 用戶的 shell 環境 或者會依據 本地系統的密碼庫 (支持 pwd 模塊的平台)來使用 當前用戶的登錄名
在bash中編寫pytohn腳本接收外部數據的方式,一般情況下,對於一般變數,我們用命令行變數的方式比較多(手動的處理 sys.argv ),對於 文件內容或者bash命令輸出 直接通過腳本內部獲取需要的數據。
其實python 腳本也可以用其他方式來接收 傳遞給他的 文件數據或者bash命令輸出 ,包括將 命令行的輸出 通過 管道傳遞 給該腳本、 重定向文件到該腳本 ,或在 命令行中傳遞一個文件名 或 文件名列表 給該腳本。
這里通過 Python 內置的 fileinput 模塊 ,可以實現重 定向,管道,以文佳輸出 的方式傳遞數據到腳本內部
使用 fileinput.input() 方法可以獲取當前輸入腳本的數據,腳本裡面用一個 FileInput 迭代器接收
文件直接接收
重定向接收
管道方式接收
fileinput.input() 創建並返回一個 FileInput 類的實例,該實例可以被當做一個 上下文管理器 使用。因此,整合起來,如果我們要寫一個列印多個文件輸出的腳本,那麼我們需要在輸出中包含文件名和行號
「你想執行一個外部命令並以 Python 字元串的形式獲取執行結果。」
使用 subprocess.check_output() 函數。
執行下試試
如果被執行的命令以非零碼返回,就會拋出異常。下面的例子捕獲到錯誤並獲取返回碼:
默認情況下, check_output() 僅僅返回輸入到標准輸出的值。如果你需要 同時收集標准輸出和錯誤輸出 ,使用 stderr 參數:
如果你需要用一個超時機制來執行命令,使用 timeout 參數:
通常來講,命令的執行 不需要 使用到 底層 shell 環境(比如 sh、bash) 。一個字元串列表會被傳遞給一個 低級系統命令 ,比如 os.execve() 。
如果你想讓 命令被一個shell 執行 ,傳遞一個字元串參數,並設置參數 shell=True . 有時候你想要 Python 去執行一個復雜的 shell 命令 的時候這個就很有用了,比如管道流、I/O 重定向和其他特性。例如:
是在 shell 中執行命令會存在一定的安全風險,特別是當參數來自於用戶輸入時。這時候可以使用 shlex.quote() 函數 來將參數正確的用雙引用引起來。
使用 check_output() 函數 是執行 外部命令 並獲取其 返回值 的最簡單方式。但是,如果你需要對 子進程做更復雜的交互 ,比如給它發送輸入,你得採用另外一種方法。這時候可直接使用 subprocess.Popen 類。
關於子進程,簡單來看下
也可以進程列表同協程結合的方式。你既可以在子shell中 進行繁重的處理工作,同時也不會讓子shell的I/O受制於終端。
如果直接丟到後台會自動在終端輸出IO
subprocess 模塊對於依賴 TTY 的外部命令不合適用 。例如,你不能使用它來自動化一個用戶輸入密碼的任務(比如一個 ssh 會話)。這時候,你需要使用到第三方模塊了,比如基於著名的 expect 家族的工具(pexpect 或類似的)(pexpect可以理解為Linux下的expect的Python封裝、通過pexpect可以實現對ssh、ftp、passwd、telnet等命令行進行自動交互,而無需人工干涉來達到自動化的目的。比如我們可以模擬一個FTP登錄時所有交互,包括輸入主機地址、用戶名、密碼、上傳文件等,待出現異常還可以進行嘗試自動處理。)
「你想向標准錯誤列印一條消息並返回某個非零狀態碼來終止程序運行」
通過 python 的 raise SystemExit(3) 命令可以主動拋出一個錯誤,通過 sys.stderr.write 將命令寫到標準的輸出端
直接將消息作為參數傳給 SystemExit() ,那麼你可以省略其他步驟
拋出一個 SystemExit 異常,使用錯誤消息作為參數,它會將消息在 sys.stderr 中列印,然後程序以狀態碼 1 退出
「你需要知道當前終端的大小以便正確的格式化輸出。」
使用 os.get terminal size() 函數 來做到這一點。
「復制或移動文件和目錄,但是又不想調用 shell 命令。」
shutil 模塊 有很多便捷的函數可以復制文件和目錄。使用起來非常簡單
這里不多講,熟悉Linux的小夥伴應該不陌生。
默認情況下,對於 符號鏈接 這些命令處理的是它指向的東西文件。例如,如果 源文件 是一個 符號鏈接 ,那麼目標文件將會是 符號鏈接 指向的文件。如果你只想 復制符號鏈接本身 ,那麼需要指定 關鍵字 參數 follow_symlinks
tree() 可以讓你在復制過程中選擇性的忽略某些文件或目錄。你可以提供一個忽略函數,接受一個目錄名和文件名列表作為輸入,返回一個忽略的名稱列表。例如:
對於文件元數據信息, 2() 這樣的函數只能盡自己最大能力來保留它。 訪問時間、創建時間和許可權 這些基本信息會被保留,但是 對於所有者、ACLs、資源 fork 和其他更深層次的文件元信息就說不準了
通常不會去使用 shutil.tree() 函數 來執行 系統備份 。當處理文件名的時候,最好使用 os.path 中的函數來確保最大的可移植性
使用 tree() 復制文件夾的一個棘手的問題是對於錯誤的處理,可以使用異常塊處理,或者通過 參數 ignore dangling symlinks=True 忽略掉無效符號鏈接。
「創建或解壓常見格式的歸檔文件(比如.tar, .tgz 或.zip)」
shutil 模塊擁有兩個函數—— make archive() 和 unpack archive() 可派上用場,
make archive() 的第二個參數是期望的輸出格式。可以使用 get archive formats() 獲取所有支持的歸檔格式列表。
「你需要寫一個涉及到文件查找操作的腳本,比如對日誌歸檔文件的重命名工具,你不想在 Python 腳本中調用 shell,或者你要實現一些 shell 不能做的功能。」
查找文件,可使用 os.walk() 函數 ,傳一個頂級目錄名給它
os.walk() 方法 為我們 遍歷目錄樹 ,每次進入一個目錄,它會返回一個 三元組 ,包含 相對於查找目錄的相對路徑,一個該目錄下的目錄名列表,以及那個目錄下面的文件名列表。
對於每個元組,只需檢測一下目標文件名是否在文件列表中。如果是就使用 os.path.join() 合並路徑。為了避免奇怪的路徑名比如 ././foo//bar ,使用了另外兩個函數來修正結果
os.walk(start) 還有跨平台的優勢。並且,還能很輕松的加入其他的功能。我們再演示一個例子,下面的函數列印所有最近被修改過的文件:
列印10分鍾之前被修改的數據
「怎樣讀取普通.ini 格式的配置文件?」
configparser 模塊 能被用來讀取配置文件
編寫配置文件
如果有需要,你還能修改配置並使用 cfg.write() 方法將其寫回到文件中
「你希望在腳本和程序中將診斷信息寫入日誌文件。」
python 腳本列印日誌最簡單方式是使用 logging 模塊
五個日誌調用( critical(), error(), warning(), info(), debug() )以降序方式表示不同的嚴重級別。 basicConfig() 的 level 參數是一個 過濾器 。所有級別低於此級別的日誌消息都會被忽略掉。每個 logging 操作的參數是一個消息字元串,後面再跟一個或多個參數。構造最終的日誌消息的時候我們使用了 % 操作符來格式化消息字元串。
如果你想使用配置文件,可以像下面這樣修改 basicConfig() 調用:
logconfig.ini
在調用日誌操作前先執行下 basicConfig() 函數方法 ,可以找標准輸出或者文件中輸出
basicConfig() 在程序中只能被執行一次。如果你稍後想改變日誌配置,就需要先獲取 root logger ,然後直接修改它。
更多見日誌模塊文檔https://docs.python.org/3/howto/logging-cookbook.html
「你想給某個函數庫增加日誌功能,但是又不能影響到那些不使用日誌功能的程序。」
對於想要執行日誌操作的函數庫,你應該創建一個專屬的 logger 對象,並且像下面這樣初始化配置:
使用這個配置,默認情況下不會列印日誌,只有配置過日誌系統,那麼日誌消息列印就開始生效
通常來講,不應該在函數庫代碼中 自己配置日誌系統 ,或者是已經有個已經存在的日誌配置了。調用 getLogger( name ) 創建一個和調用模塊同名的 logger 模塊 。由於 模塊 都是唯一的,因此創建的 logger 也將是唯一 的。所以當前進程中只有一個logging會生效。
log.addHandler(logging.NullHandler()) 操作將一個 空處理器 綁定到剛剛已經創建好的 logger 對象 上。一個空處理器默認會忽略調用所有的日誌消息。因此,如果使用該函數庫的時候還沒有配置日誌,那麼將不會有消息或警告出現。
在這里,根日誌被配置成僅僅 輸出 ERROR 或更高級別的消息 。不過, somelib 的日誌級別被單獨配置成可以輸出 debug 級別的消息, 它的優先順序比全局配置高。像這樣更改單獨模塊的日誌配置對於調試來講是很方便的,因為你無需去更改任何的全局日誌配置——只需要修改你想要更多輸出的模塊的日誌等級。(這個還有待研究)
「你想記錄程序執行多個任務所花費的時間」
time 模塊 包含很多函數來執行跟時間有關的函數。盡管如此,通常我們會在此基礎之上構造一個更高級的介面來模擬一個計時器。
這個類定義了一個可以被用戶根據需要啟動、停止和重置的計時器。它會在elapsed 屬性中記錄整個消耗時間。下面是一個例子來演示怎樣使用它:
這里通過 __enter__,__exit__ ,使用 with 語句 以及上下文管理器協議可以省略計時器打開和關閉操作。(關於上下文管理協議,即with語句,為了讓一個對象兼容with語句,必須在這個對象的類中聲明 __enter__和__exit__方法, , __enter__ 在出現with語句被調用, __exit__ 在代碼執行完畢被調用,可以參考open()方法)
在計時中要考慮一個 底層的時間函數問題 。 一般來說, 使用 time.time() 或 time.clock() 計算的時間精度因操作系統的不同會有所不同。而使用 time.perf_counter() 函數可以確保使用系統上面 最精確的計時器 。
「你想對在 Unix 系統上面運行的程序設置內存或 CPU 的使用限制。」
resource 模塊 能同時執行這兩個任務。例如,要限制 CPU 時間,下面的代碼在windows平台執行不了,但是Linux是可以的。
程序運行時, SIGXCPU 信號 在時間過期時被生成,然後執行清理並退出。
這暫時沒有好的Demo...
程序運行到沒有多餘內存時會拋出 MemoryError 異常。
setrlimit() 函數 被用來設置特定資源上面的 軟限制和硬限制 。
setrlimit() 函數 還能被用來設置 子進程數量、打開文件數以及類似系統資源的限制(cgroup) 。
「通過腳本啟動瀏覽器並打開指定的 URL 網頁」
webbrowser 模塊 能被用來啟動一個瀏覽器,並且與平台無關
新窗口打卡網站
當前窗口打開一個tab頁
指定瀏覽器類型,可以使用 webbrowser.get() 函數
J. linux如何編寫python腳本
在Linux環境下編寫python腳本
相關推薦:《Python教程》
1、首先定位到一個文件夾,然後使用vim編輯器:vim test.py 就創建了python腳本文件,並且進入編輯狀態。
2、編輯好之後按Esc鍵切換到命令模式,然後輸入:wq,按回車鍵就自動保存完成了,然後輸入python test.py,即可運行程序(前提是linux環境裝好python)。