① linux R語言運行腳本,提示載入程輯包,運行不成功
「載入需要的程輯包:」這種提示沒什麼大不了的,實在覺得煩就在腳本里導致出現這些東西的命令外面套一層suppressMessages()函數,比如suppressMessages(library(foreach))。
關鍵是後面提示的錯誤要解決。
② 跪求!!Linux下用R語言畫圖的高手(Error in X11,unable to open connection to X11 display )
樓主圖形界面是必須在X模式下顯示的,就算你需要瀏覽一張圖片也需要X。
除非你這個圖片單純由printf colour組成的。
if [ -n "$(pgrep -x X) ]; then
sudo killall X
fi
xinit &> /dev/null &
export DISPLAY=:0.0
你可以去問下你們老師,他絕對不敢說,比如說我打開office不需要啟動X
③ linux伺服器怎麼運行r語言
我有點不太理解是什麼意思……Linux系統都有對應的R軟體版本,可以從R的官網下載,安裝了之後直接打開R運行就好了吧。
④ linux伺服器安裝R語言及Rstudio server
在linux伺服器上使用R語言及Rstudio server
cat /etc/redhat-release: 查看伺服器系統版本
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.e.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.6.1.tar.gz
checking for rl_callback_read_char in -lreadline... no
configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available
configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages
6.安裝
make
make install
安裝成功!
R #在命令行直接輸入「R」即可進入R 編輯。
q() ##退出R編輯
7.安裝R-studio-server
wget https://download2.rstudio.org/server/centos6/x86_64/rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm
yum install rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm
8.R-studio-server的一些命令
rstudio-server start ##啟動 rstudio
rstudio-server stop ## 關閉rstudio
rstudio-server status ## 查看rstudio 運行狀態
運行rstudio-server status出現 「Active: active (running) 」 表示rstudio 已啟動
rstudio-server verify-installation ## 查看rstudio 安裝錯誤
rstudio-server restart ##重啟
ifconfig ##查看伺服器ip地址。
查看運行中R進程
rstudio-server active-sessions
指定PID,停止運行中的R進程
rstudio-server suspend-session <pid>
停止所有運行中的R進程
rstudio-server suspend-all
強制停止運行中的R進程,優先順序最高,立刻執行
rstudio-server force-suspend-session <pid>
rstudio-server force-suspend-all
RStudio Server臨時下線,不允許web訪問,並給用戶友好提示
rstudio-server offline
RStudio Server臨時上線
rstudio-server online
8.rstudio-server系統設置
主要有兩個配置文件,默認文件不存在(非必要,可不做修改)
/etc/rstudio/rserver.conf
/etc/rstudio/rsession.conf
vi /etc/rstudio/rserver.conf
www-port=8080#監聽埠,默認是8787,可以不做修改
www-address=127.0.0.0#允許訪問的IP地址,默認0.0.0.0
rstudio-server restart
vi /etc/rstudio/rsession.conf
session-timeout-minutes=30#會話超時時間
r-cran-repos= http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN #CRAN資源庫
rsession-which-r=/usr/local/bin/R ## 如果非root安裝,更改R所在目錄。
9.通過瀏覽器連接Rstudio-server
直接打開瀏覽器,輸入http://<伺服器ip>:8787 ## 如果修改過rserver.conf文件,後面的8787埠改為相應的埠即可。
這里需要我們輸入用戶名和密碼。關於用戶名有2點注意事項:
(1).不允許使用system 用戶登陸,即用戶ids小於100的用戶。只能用普通用戶登錄
(2).用戶的認證可以使用RSA。
如果沒有普通用戶,可以添加:
useradd newname # 添加一個名為newname的用戶
passwd newname ###給新用戶newname 設置密碼,密碼需是復雜密碼,否則可能通不過。
usermod -G happy newname ####將新用戶newname添加到happy 用戶組中,
在用useradd添加用戶之後,在默認的情況下,該賬號是暫時被封鎖的, 也就是說,該賬號是無法登錄,須要用passwd命令來給新創建的用戶設置密碼之後才可以使用。
10可能存在的問題
10.1如果你的rstudio-server沒有啟動 很大程度是安裝有誤,這里我將我遇到的錯誤分享出來
rstudio-server verify-installation
There is a libR.so in /usr/lib/R/lib, but (weirdly) ls -l reveals that
it dates from the my previous install of R-3.5.1 for which I did not
configure with --enable-R-shlib.
這里就提到無法找到libR.so文件,原因是配置R語言文件時,沒有加參數--enable-R-shlib.
這就必須要重新安裝R語言。使用make uninstall 刪除之前的安裝,最好也刪除R-3.6.1所在的文件夾,用「rm -r -f R-3.6.1".
使用rm 命令 -r 參數表示全部刪除, -f 參數表示強制刪除,不會提醒。 同時使用這兩個參數要小心。
10.2 普通用戶無法啟動rstudio-server
sudo rstudio-server start## 以管理員方式執行命令
這時會需要輸入密碼並提示
xxx is not in the sudoers file.This incident will be reported.
如果不想出現上面的提示,就是給該用戶提高許可權,添加用戶使用sudo的權利。
su root ###切換到root用戶,如果有root許可權的話。
chmod u+w /etc/sudoers ###添加sudo文件的寫許可權
vi /etc/sudoers ###編輯sudoers文件,添加許可權。
找到這行 root ALL=(ALL) ALL,在他下面添加xxx ALL=(ALL) ALL (這里的xxx是你的用戶名)
youuser ALL=(ALL) ALL
%youuser ALL=(ALL) ALL
youuser ALL=(ALL) NOPASSWD: ALL
%youuser ALL=(ALL) NOPASSWD: ALL
chmod u-w /etc/sudoers ##撤銷sudoers文件寫許可權
⑤ 如何在linux下用R語言通過odbc訪問oracle
一、下載安裝包
http //www unixodbc.org/
下載文件:unixODBC-2.3.4.tar.gz
Oracle ODBC Driver
http //www oracle.com/technetwork/topics/linuxx86-64soft-092277.html
(根據系統需求進oracle官網下載相應版本)
下載文件:
oracle-instantclient12.1-basic-12.1.0.2.0-1.x86_64.rpm
oracle-instantclient12.1-devel-12.1.0.2.0-1.x86_64.rpm
oracle-instantclient12.1-odbc-12.1.0.2.0-1.x86_64.rpm
oracle-instantclient12.1-sqlplus-12.1.0.2.0-1.x86_64.rpm
二、 安裝
1、 安裝unixODBC
以root的身份運行:
tar –zxvf unixODBC-2.3.4.tar.gz
cd unixODBC-2.3.4
./configure --prefix=/usr/local/unixODBC-2.3.4 --includedir=/usr/include --libdir=/usr/lib --bindir=/usr/bin --sysconfdir=/etc
make
make install
安裝成功後,unixODBC所需的頭文件都被安裝到了/usr/inlucde下,編譯好的庫文件安裝到了/usr/lib下,與unixODBC相關的可執行文件安裝到了/usr/bin下,配置文件放到了/etc下。
2、 安裝資料庫ODBC驅動
在ubuntu下用alien,在centos下用rpm安裝oracle的四個包。
進入oracle的安裝目錄(/usr/lib/x64/oracle/)
chmod 775 odbc_update_ini.sh
./odbc_update_ini.sh /etc(沒有提示表示安裝成功)
其中,odbc_update_ini.sh參數說明:
參數1:unixODBC安裝路徑。
參數2:驅動安裝的絕對路徑(可選)。
默認為運行腳本的路徑。
參數3:驅動名(可選),默認為Oracle 11g ODBC driver。
參數4:數據源名稱(可選)。
運行完成後將添加一個DNS條目到$HOME/.odbc.ini ,/etc/odbcinst.ini,名稱為:OracleODBC-11g
三、 設置環境變數
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib/x64/oracle/instantclient_11_2:/usr/local/lib
PATH=$PATH:/usr/local/bin
TNS_ADMIN(如果安裝有oracle軟體那麼對應的就是$ORACLE_HOME/network/admin/目錄,如果沒有安裝相應oracle軟體,需要指定tnsnames.ora所在的目錄,可選)
NLS_LANG(設定合適的字元集,可選)
LANG(系統字元編碼,可選)
/etc/profile (注意前面的英文句號,點號後面有空格) 將環境變數注冊.
一般來說,在centos裡面你可以通過在/etc/ld.so.conf.d/目錄下建一個新文件來實現
文件的名字是xxxx.conf,比如oracleinstantclient.conf
裡面的內容就是目錄:比如/usr/local/lib,可參考其他文件
建好後,運行ldconfig,就可以把ld新配置裝載進系統了
四、 配置本地服務名(tnsnames.ora)
按環境變數中TNS_ADMIN的設置目錄,添加本地服務名:$TNS_ADMIN/tnsnames.ora或$ORACLE_HOME/network/admin/tnsnames.ora
例如:TEST = (DESCRIPTION = (ADDRESS_LIST = (ADDRESS = (PROTOCOL = TCP)(HOST = xx.xx.xx.xx)(PORT = 1521)) ) (CONNECT_DATA = (SERVICE_NAME = test) ) )
註:此處HOST為所連接的ip地址,PORT為埠號
五、 檢查驅動配置
vi /etc/odbcinst.ini 在其中添加oracle驅動,如
[Oracle 11g ODBC driver]
Description = Oracle ODBC driver for Oracle 11g
Driver = /root/instantclient_11_2/libsqora.so.10.1
Setup =File
Usage =
CPTimeout =
CPReuse =
六、 添加oracle odbc配置(oracle用戶)
vi ~/.odbc.ini
[OracleODBC-10g]
Application Attributes = T
Attributes = W
BatchAutocommitMode = IfAllSuccessful
BindAsFLOAT = F
CloseCursor = F
DisableDPM = F
DisableMTS = T
Driver = Oracle 11g ODBC driver #對應/usr/local/etc/odbcinst.ini中的驅動配置名稱
DSN = OracleODBC-11g
EXECSchemaOpt =
EXECSyntax = T
Failover = T
FailoverDelay = 10
FailoverRetryCount = 10
FetchBufferSize = 64000
ForceWCHAR = F
Lobs = T
Longs = T
MetadataId
Default = F
QueryTimeout = T
ResultSets = T
ServerName =TEST #對應tnsnames.ora中配置的本地服務名SQLGetData extensions = F
Translation DLL =
Translation ption = 0
DisableRULEHint = T
UserID =
七、 測試
用命令:isql<數據源名稱> <用戶名> <密碼> -v
[root@dwj~]$ isql OracleODBC-11g system oracle -v+---------------------------------------+|Connected! || ||sql-statement || help[tablename] ||quit || |+---------------------------------------+
⑥ r語言中怎麼使用linux語句
1、下載
wget http://mirror.bjtu.e.cn/cran/src/base/R-3/R-3.0.1.tar.gz
2、解壓:
tar -zxvf
R-3.0.1.tar.gz
cd R-3.0.1
3、安裝 (當然也可以跳過)
yum
install readline-devel
yum install libXt-devel
./configure
4、 配置環境並編譯安裝
#
如果使用rJava需要加上 --enable-R-shlib
(這個我不需要,所以加入到後面)
# 如果3沒安裝, 那麼後面加上: --with-readline=no
--with-x=no
./configure --prefix=/usr/R-3.0.1
make $$ make install
5、配置環境變數並生效
vi
⑦ 在linux(ubuntu)中使用網頁版的rstudio
RStudio是R語言集成開發環境並做的應用軟體,RStudio Server是一個基於絕返衡web訪問的RStudio雲端開發環境,需要安裝在伺服器上,支持多用戶遠程訪問使用。可以在網頁端打開,而且界面與windows版本的相同。
安裝就先不說了,挺簡單世遲的。安裝完成後輸入rstudio-server可以看到相應的指令。
為了激活,我們輸入rstudio-server start,就已經激活了。但要在網頁端打開,我們還要知道ip是多少。
輸入ifconfig,我們可以看到ip
⑧ linux r語言寫的包怎麼使用
1、通過選擇菜單:程序包->安裝程序包->在彈出的對話框中,選擇你要安裝的包,然後確定。2、使用命令install.packages(package_name,dir)package_name:是指定要安裝的包名,請注意大小寫。dir:包安裝的路徑。默認情況下是安裝在..\library 文件...
⑨ 如何在linux下用R語言通過odbc訪問oracle
1:Obtain a package called 「RODBC」 in order to connect with the database.Download it here: http://cran.r-project.org/web/packages/RODBC/index.html
2:Start R, switch to the location which contains the RODBC package and an enter the following R code:
install.packages(packagename.tar.gz)
3:After the package installation you can create a channel:
ch=odbcConnect("ORACLE2")
4:Check the channel with odbcGetInfo(ch)
5:If the connection was successful, the console shows something like this:
odbcGetInfo(ch)
DBMS_Name DBMS_Ver Driver_ODBC_Ver
"Oracle" "10.02.0010" "03.52"
Data_Source_Name Driver_Name Driver_Ver
"ORACLE2" "SQORA32.DLL" "11.02.0001"
ODBC_Ver Server_Name
"03.52" "143.93.91.33:1521/xe"
⑩ 如何在linux下用R語言通過odbc訪問oracle
1. 要安裝 oracle client 光碟, 用ONCA 配置好ORACLE本地的NET服中羨姿務 2. 開始 -> 運行 -> odbcad32 -> 用戶DSN -> 添加 -> 選 "oracle in orahome' ->派掘 輸入 TNS名, 用戶 -> 點"測試連接" -> 輸入密碼 -> 提示連接賣絕成功.