在Linux系統里常用於文本查看、操作、統計的命令：
通過多敲鍵盤，形成手感 肌肉記憶 ，熟練掌握這些命令，在以後生信分析中游刃有餘。以下是每個命令的詳細的介紹（主要是跟著 生信技能樹小郭老師 學習做的筆記）
接下來通過示例把10個命令的常用參數和用法展示出來：
參數的用法介紹：
注意事項：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 編輯文本 ，編輯文本要加 > 符號，退出時，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看壓縮的文本文件，tac逆向查看
結合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 後 n 行，默認 10 行 （在R語言里head和tail默認是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比較少
3.1 less命令
less [參數] 文件名
less命令重要的補充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q鍵
less命令重要的補充用法2 ：
參數用法：
less命令 不加參數 查看文件：
less命令加 -N參數 查看文件：顯示行號
less命令加 -S參數 查看文件：單行顯示，非常規整
對比：less和cat命令顯示文本行號的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐頁查看，按空格翻頁，按回車換行 ，more命令一般很少用，熟練掌握less命令就好
查看壓縮文件
wc 統計字元是也把換行符統計進去，但是別的命令不一定會把換行符算進去，。
常見參數:
切記：用less命令，按q退出
cut命令是按關鍵詞來切的
常見參數:
排列前：
排列後：
解釋：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一個表格結構時，因為製表符對齊的原因，出現一個錯位的現象。還有 字典排序 可能和我們平時的認知不一樣，所以 加上-n參數 ， 讓數值有數學意義上的大小來排序 。
uniq命令去重，只有兩行出現重復，而且是相鄰的兩行，如果不相鄰，即使出現兩行一模一樣，不會去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
換其它文件試試
總之，uniq命令使用時經常和sort一起
常見參數:
常見用法1：
paste file1 file2
-s :按行合並 演示
常見用法2 : paste - -
常見參數:
要養成一個好習慣，原始數據不要輕易修改，修改的東西另外保存，文本保存用> (重定向)或是 >>(追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然後管道符傳遞給 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的內容
3. 在第2步的基礎上截取分號分割的第1列
4. 在第3步的基礎上排序、去重復並統計
5. 在第4步的基礎上，將空格替換成製表符
補充小知識 ：
清屏 ：control L
查看歷史（輸入過的）命令 ：history
② 利用Linux命令行進行文本按行去重並按重復次數排序
利用linux命令行進行文本按行去重並按重復次數排序linux命令行提供了非常強大的文本處理功能，組合利用linux命令能實現好多強大的功能。本文這里舉例說明如何利用linux命令行進行文本按行去重並按重復次數排序。主要用到的命令有sort，uniq和cut。其中，sort主要功能是排序，uniq主要功能是實現相鄰文本行的去重，cut可以從文本行中提取相應的文本列(簡單地說，就是按列操作文本行)。用於演示的測試文件內容如下：[plain]Hello
World.
Apple
and
Nokia.
Hello
World.
I
wanna
buy
an
Apple
device.
The
Iphone
of
Apple
company.
Hello
World.
The
Iphone
of
Apple
company.
My
name
is
Friendfish.
Hello
World.
Apple
and
Nokia.
實現命令及過程如下：[plain]1、文本行去重
(1)排序
由於uniq命令只能對相鄰行進行去重復操作，所以在進行去重前，先要對文本行進行排序，使重復行集中到一起。
$
sort
test.txt
Apple
and
Nokia.
Apple
and
Nokia.
Hello
World.
Hello
World.
Hello
World.
Hello
World.
I
wanna
buy
an
Apple
device.
My
name
is
Friendfish.
The
Iphone
of
Apple
company.
The
Iphone
of
Apple
company.
(2)去掉相鄰的重復行
$
sort
test.txt
|
uniq
Apple
and
Nokia.
Hello
World.
I
wanna
buy
an
Apple
device.
My
name
is
Friendfish.
The
Iphone
of
Apple
company.
2、文本行去重並按重復次數排序
(1)首先，對文本行進行去重並統計重復次數(uniq命令加-c選項可以實現對重復次數進行統計。)。
$
sort
test.txt
|
uniq
-c
2
Apple
and
Nokia.
4
Hello
World.
1
I
wanna
buy
an
Apple
device.
1
My
name
is
Friendfish.
2
The
Iphone
of
Apple
company.
(2)對文本行按重復次數進行排序。
sort
-n可以識別每行開頭的數字，並按其大小對文本行進行排序。默認是按升序排列，如果想要按降序要加-r選項(sort
-rn)。
$
sort
test.txt
|
uniq
-c
|
sort
-rn
4
Hello
World.
2
The
Iphone
of
Apple
company.
2
Apple
and
Nokia.
1
My
name
is
Friendfish.
1
I
wanna
buy
an
Apple
device.
(3)每行前面的刪除重復次數。
cut命令可以按列操作文本行。可以看出前面的重復次數佔8個字元，因此，可以用命令cut
-c
9-
取出每行第9個及其以後的字元。
$
sort
test.txt
|
uniq
-c
|
sort
-rn
|
cut
-c
9-
Hello
World.
The
Iphone
of
Apple
company.
Apple
and
Nokia.
My
name
is
Friendfish.
I
wanna
buy
an
Apple
device.
下面附帶說一下cut命令的使用，用法如下：[plain]cut
-b
list
[-n]
[file
...]
cut
-c
list
[file
...]
cut
-f
list
[-d
delim][-s][file
...]
上面的-b、-c、-f分別表示位元組、字元、欄位（即byte、character、field）；
list表示-b、-c、-f操作范圍，-n常常表示具體數字；
file表示的自然是要操作的文本文件的名稱；
delim（英文全寫：delimiter）表示分隔符，默認情況下為TAB；
-s表示不包括那些不含分隔符的行（這樣有利於去掉注釋和標題）
三種方式中，表示從指定的范圍中提取位元組（-b）、或字元（-c）、或欄位（-f）。
范圍的表示方法：
n
只有第n項
n-
從第n項一直到行尾
n-m
從第n項到第m項(包括m)
-m
從一行的開始到第m項(包括m)
-
從一行的開始到結束的所有項
在寫這篇文章的時候，用到了vim的大小寫轉化的快捷鍵：gu變小寫，gU變大寫。結合ctrl+v能夠將一片文字中的字元進行大小寫轉換，非常好用。
③ linux命令grep
grep搜索成功，則返回0，如果搜索不成功，則返回1，如果搜索的文件不存在，則返回2。
-n 列印行號
grep -n ".*" h.txt 所有列印行號
grep -n "root" h.txt 匹配的內容顯示行號
-v 不包括
-E 表示過濾 多個參數
grep -Ev "sshd|network|crond|sysstat|"
-o:僅列印你需要的東西，默認列印正行
grep -o "hello" h.txt
-i:忽略大小寫
grep -i "hello" h.txt
-c: 用於統計文中出現的次數
--color=auto 過濾欄位添加顏色
\b：作為邊界符，邊界只包含特定字元的行
grep "\boldboy\b" /etc/passwd -->只過濾包含oldboy的行
從多個文件中查找關鍵詞
grep "omc" /etc/passwd /etc/shadow
數據去重：cat log | sort | uniq
④ linux sort 命令整理
無論是工作中使用還是應付各種面試，linux sort 都是必須要掌握的 linux 基本命令之一。尤其是 linux sort -k 命令，經常會被搞暈，索性好好研究一下 sort 命令
語法：
選項：
參數就不一一介紹了，直接上例子，首先先看下原始的排序數據
cat sort.log
1、列印從哪列開始是亂序
sort -c sort.log; echo $?
sort -C sort.log; echo $?
其中，返回結果 1，表示文件不是已經排序好的文件
2、默認排序( 整行進行ASCII字元升序)
sort sort.log
3、高能來了，讓人迷糊的 k 語法，首先看下 k 的語法格式
這個語法格式可以被其中的逗號（」,」）分為兩大部分，Start部分和End部分
Start和End部分都由三部分組成，其中的Modifier部分就是類似n和r的選項部分，可省略
FStart、Fend，表示使用的域，而CStart則表示在FStart域中從第幾個字元開始算"排序首字元",同理,CEnd表示結尾的第幾個字元是排序末尾字元,.CStart、.CEnd是可以省略的，分別表示從本域的開頭部分開始、到本域的域尾結束,CEnd設定為0,也是表示結尾到域尾。口說無憑，上幾個例子吧
3.1 對第三列進行排序，如果不加n，按照 ASCII字元排序
sort -t $' ' -k 3 sort.log
3.2 加n後，按照數值排序
sort -t $' ' -k 3n sort.log
3.3 不指定 FEnd 時，多個 -k 從前往後排序可以，從後往前不行
從後往前，多個 -k，數據符合預期
sort -t $' ' -k 3n -k 1 sort.log
從後往前，多個 -k ，第三列相同時，按照第一列降序排列，數據符合預期
sort -t $' ' -k 3n -k 1r sort.log
更換成從前往後
sort -t $' ' -k 1 -k 3n sort.log
sort -t $' ' -k 1 -k 3nr sort.log
通過 sort -t $' ' -k 1 -k 3n sort.log 和 sort -t $' ' -k 1 -k 3nr sort.log 返回的結果發現，在第一列相等時，無論其三列是正序排列，還是逆序排列，結果都一樣，說明後邊的 -k 未生效
當指定 FEend 後
sort -t $' ' -k 1,1 -k 3nr sort.log
3.4 作用域
緊跟在欄位後的選項(如"-k3n"的"n"和"-k2nr"的"n"，"r")稱為私有選項，使用短橫線寫在欄位外的選項(如"-n"、"-r")為全局選項。當沒有為欄位分配私有選項時，該排序欄位將繼承全局選項，所有選項包括但不限於"bfnrhM"
除了"b"選項外，其餘選項無論是指定在FStart還是FEnd中都是等價的，對於"b"選項，指定在FStart則作用於FStart，指定在FEnd則作用於FEnd
sort -t $' ' -k1r,2 sort.log ，可以看出一、二列都是倒敘排列
3.5 注意
指定n選項按數值排序時, 由於"n"選項只能識別數字和負號"-"，當排序時遇到無法識別字元時，將導致該key的排序立即結束，n選項絕對不會跨域進行比較
默認情況下，sort會進行一次 "最後的排序" ，按照默認規則對整行進行一次排序，這次排序稱為"最後的排序"
sort -t $' ' -k3n sort.log ，在第三列相等時，整行會按照 ASCII 進行最後的升序排列
sort -t $' ' -k3,4n -s sort.log ，加了 -s 後，不會進行最後的排序(1000相同時，e在b的前邊了)，而是保留原排序
3.6 按照某個域中的第n個字元進行排序
sort -t $' ' -k2.3,2.3 sort.log ，按第二列第三個字元進行排序
4、 -h 使用易讀性數字(例如:2K、1G)
sort -t $' ' -k5h sort.log
sort -t $' ' -k2,2 sort.log|uniq
sort -t $' ' -k2,2 -u sort.log 會對第二列進行去重，而 sort -t $' ' -k2,2 sort.log|uniq 會對整行進行去重(當然uniq也可以按照第二列進行去重)
sort整理完了，歡迎大牛指教
⑤ linux去重命令
linux重啟命令是：
1、在命令行中輸入： shutdown -r now : 表示現在重啟計算機，按下回車便會進行重啟。
2、另一種重啟方式就是輸入： reboot 也表示重啟，一樣會進行重啟。
Linux是一套免費使用和自由傳播的類Unix操作系統，是一個基於POSIX和Unix的多用戶、多任務、支持多線程和多CPU的操作系統。它能運行主要的Unix工具軟體、應用程序和網路協議。它支持32位和64位硬體。Linux繼承了Unix以網路為核心的設計思想，是一個性能穩定的多用戶網路操作系統。