㈠ 从0到1教你如何在linux系统部署VASP,亲测有效
VASP全称为Vienna Ab-initio Simulation Package,是Hafner小组在维也纳大学开发的电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。VASP是当前主流的第一性原理计算软件,以赝势和平面波基函数为基础,适用于计算周期性结构材料的结构参数、力学性质、电子结构、光学磁学性质等,也可进行从头算分子动力学模拟等计算。近年来,引用量高达800+。
多数科研机构与学校通过购买线上超算资源使用VASP进行计算,但对于常使用Windows系统的初学者,部署和使用软件可能不太友好。本指南将详细阐述在Linux系统中部署VASP的基本方法。后续计划持续发布计算软件相关教程以及Linux系统下使用科学计算软件的常见实践,欢迎对此感兴趣的读者关注公众号《集群计算技术》以获取最新内容。
首先,安装编译环境Intel oneAPI。访问intel.cn官网,下载安装包含Base Toolkit和HPC Toolkit的工具包。选择对应系统版本后,执行安装脚本。推荐先安装Base Toolkit,再安装HPC Toolkit,如无需自定义配置,则遵循默认选项。安装后,路径默认在/opt/intel/oneapi/xxx。
接着,检查必要的编译环境。
安装部署VASP。加载编译依赖环境,解压VASP源码包,进入主目录。准备makefile.include文件(根据系统和编译需求调整对应的编译配置文件),并修改编译选项。使用intel-oneAPI编译器+MKL数学库+intelmpi实现MPI+openmp支持多线程,特别注意注释部分的内容。并行编译gam、std、ncl三个版本。对于非Intel平台,可优化和注意以下事项。完成编译后,生成的可执行文件位于特定目录。
参考以下资源:
1. vasp.at/wiki/index.php/...
2. intel.cn/content/www/cn...
㈡ vasp需要什么系统
vasp一般用的都是linux,另外也会有windows,当然你也可以用北鲲云超算来运行,不需要安装到本地,软件都是预装好直接可用,为了加快计算效率,大部分人都会选择云超算来跑作业,可以节省大量计算时间。