㈠ R可视化——Mantel test分析及可视化
在探讨数据科学与生物信息学的交汇点时，我们经常需要评估两个不同维度数据集间的关联程度。其中，Mantel test分析是一种统计方法，用于衡量两个矩阵间的一致性，这在生态学、微生物学等领域尤为重要。接下来，我们将利用R语言来展示如何进行Mantel test分析与可视化过程，旨在深入了解两个矩阵间的关联性。
首先，准备工作包括设置工作目录与加载R包。在R环境中，使用`setwd()`函数设置工作目录，确保后续文件操作的准确性。随后，通过`install.packages()`和`library()`函数安装并加载相关R包，如`vegan`，这是进行Mantel test分析的强大工具。
在加载数据后，我们进入Mantel test分析的核心部分。第一步是计算OTU（Operational Taxonomic Unit）与环境因子之间的Mantel test r值与p值，这有助于我们了解OTU的多样性和环境因素间是否存在显着关联。通过`mantel()`函数执行分析，它将输出r值和p值，帮助我们判断关联程度是否具有统计学意义。
为便于理解分析结果，我们进行绘图操作。使用`vegan`包提供的绘图函数，将Mantel test的统计结果以直观的图表形式展示，从而更直观地展示两个矩阵间的相关性。
### 参考资源：
1. [知乎专栏文章](https://zhuanlan.hu.com/p/50...)
2. [知乎专栏文章](https://zhuanlan.hu.com/p/11...)
### 数据获取：
如果您希望获取源代码及用于作图的数据，欢迎在公众号后台回复“mantel test”，获取详细资料。