基因传pdf

❶ 免费下载pdf书的网站值得收藏的22个免费PDF电子书网站

⑴ 9个免费下载论文、教科书的网站推荐

开学了，又有很多懒得背大块头纸质书的懒汉，正在焦急地寻找电子版教材吧。 如果你了解BOOX，本期就分享几个可以免费下载电子版教科书的良心网站，解决你的燃眉之急。
如果你有一个BOOX阅读器，就拿着它，沉重的课本如果你不想带的话就不用带了。
可以将教科书中的电子文件复制到BOOX设备上，在课堂上直接在原始文档中写笔记、画重点，然后一键导出打印或在线共享。 也可以抄笔记。 可以做更多的工作学习自然的东西。
1、大学资源网
大学资源网主要学习资源有大学、中学、小学、管理课程、销售培训、资格考试、百家讲坛、职业技能培训等视频教程，分类清晰，资源十分丰富。 网站致力于为所有想提高自己能力的人提供学习平台，所以不仅可以找教材，想自学的童鞋也可以利用这些网站来提高自己。
2、全国图书馆参考咨询联盟
全国图书馆参考咨询联盟拥有230多万种电子图书、4000多万篇中文期刊论文、2600多万篇外文期刊论文以及大量学位论文、议论文等数字化资源，全国参与合作与加盟的三大系统图书馆达700多个，每日咨询
3、互联网
维普网是中文科技期刊资源一站式服务平台，上传发布各类学术和毕业论文陪蔽羡、各类范文、中小学课件、教学资料等各类作品，并在发布后为用户提供下载服务，同时提供2000
4、OpenStax CNX
OpenStax CNX是志愿者提供的教育内容的全球资源库，OpenStax教科书的内容也保存在CNX中。
OpenStax CNX每月为数百万用户提供教育内容，以改善学习成果。
成千上万的教科书式书籍可以在任何地方随时随地方便地访问，并且可以从大多数设备上下载。
5、项目专家
又称古腾堡计划，资源储备惊人，是目前最大的公益数字电子图书馆。芦拍
这个项目以自由电子化的形式提供着作权过期的书。
古腾堡项目的官方网站提供了59000本完全免费的电子书。
同样，不需要注册账户，只需搜索想要的电子书，就可以从Project Gutenberg官网下载获得丰富的电子书资源。
6、库基因
网站界面简洁易懂，输入想找的关键词或全名就可以搜索该领域的电子书。
请搜索一些科研电子书、教材，还有科研论文、小说、喜剧、行业标准、杂志等。
从这个网站上搜索可以找到书的很多版本。 大家根据自己的需求下载，真的有很多书。 教科书也可以在这里直接找到原件。 中文书籍也很丰富，我使用并很珍惜。
7、Academia
学院是一个专注于学术研究成果检索与共享的网站，主要业务是学术论文检索、科研成果跟踪等，但学院上面有很多包括国内外在内的经典教科书。
特别是国内本科基础学科教科书，如同济大学版高等数学、线性代数等教材的电子版，收录在Academia中。
8、开放访问库
OALib提供了4362064多篇开源论文，涵盖了包括科学、科技、医学、人文社科在内的所有领域。
所有文章都可以免费下载。
OALibJournal是同行评审学术杂志，发表在OALibJournal上的所有文章都保存在OALib上。
9、杂志lib
不要以为网站的首页都是不知道名字的杂志。 其实里面没有洞。
外刊下载巨强，全站免费，更新及时，搜索全高清PDF，如the economist，即并笑可获得最新经济学杂志。 关键是点击图片找到下载按钮就可以直接下载了。
找不到的教材也请来这里看看。 特别是外语教材。
想提高英语水平，找英语杂志的同学，必须收藏这个宝网站。

自考/成考有疑问、不知道自考/成考考点内容、不清楚当地自考/成考政策，点击底部咨询官网老师，免费领取复习资料：https://www.87dh.com/xl/

⑵ 值得收藏的22个免费PDF电子书网站

http://www.pdf-search-engine.com/  

  http://www.pdfgeni.com/  

  http://search-pdf-books.com/  

http: //pdf.rapid4me.com/

  http://www.toodoc.com/  

http://openpdf.com/  

http://www.pdfqueen.com/

  http://www.data-sheet.net/  

http://pdfind.com/

http://www.ebook-search-engine.com/

http://www.pdfone.com/

http://live-pdf.com/

http://www.aeropdf.com/

http://www.ggiaro.com/

http://www.pdfsearchengine.in/

http://www.pdfeye.com/

http://pdftrace.com/

http://www.pdf-searcher.com/

http://pdflost.com/

http://www.pdfsearchengine.org/

http://www.filedigg.com/

http://pdfdatabase.com/

⑶ 9个免费下载电子书的网站，白嫖全网99%的电子书

此前 ZLibrary 因版权问题被关停，以下为zlibrary最新可以打开的方法，不需要任何魔法，直接点击链接就可以
zhelper 秒传生成工具 | z-library 秒传工具node1.v5.zhelper.net/
在收索框输入自己想看的书名（以月亮与六便士为例）
支持多种格式下载
再来给大家分享几个自己常用的9个书籍资源网站，让你年纪轻轻实现图书自由~
文末还给大家码了pdf格式电子书做批注、笔记的方法，有需要的小伙伴记得去拿

ps:如果对你有用的话，记得顺手给我点个赞哦，白嫖可不是个好行为

一、鸠摩搜书

网址：

这是一个免费且强大的书籍收索引擎，网站的风格也很简洁，没有啥花里胡哨的东西，里面各个类型的书籍都有，操作也很简单，只要在搜索框里输入想要电子书名字，就能获取下载链接
支持pdf epub txt azw等多种格式下载，最要的是不需要注册登录，下载次数也没有限制，超赞！
二、SoBooks

网址：

SoBooks是一个非常专业的社科文学类的图书下载网站，图书主要包括历史传记、人文社科、经济管理、学习教育、励志成功等，而且下载的免费资源都是官方提供的，超级专业，适合喜欢历史以及专业人士使用
操作也很简单，在书籍详情里就有网盘链接和提取码，点进去就可以直接下载
三、苦瓜书盘

网址：

苦瓜书盘算是国内比较早的一个免费电子书网站了，同样不需要登录就可以下载，仔樱巧图书种类也很丰富，包括古典文学、人文社科、自然科学、期刊杂志、外国文学工具书等，书籍介绍详情也都很详细，书籍更新也很快
不需要登录注册可以直接下载
四、Lorefree

网址：

这是一个去中心化中心共享社区，网站设计也很简洁大方，拥有7万多册图片资源，想要找的书直接在收索栏里输入书名就好了
打开的速度会有一点点慢，同样是下载不需要注册登录，在书籍详情里就可以直接下载，有很多不同用户上传的有多种版本可以选择，一些冷门小众的书也可以搜索到
五、PDPFrive
网址：
这是一个拥有大量英文原版书籍资源的网站，提供了8000万册PDP电子书下载，不过这个网站是全英文的，只支持英文搜索，比较适合需要英文书籍的铁铁
同样是不需要登录注册就可以直接下载
六、首都图书馆

网址：

里面有130+电子书资源，主要包括中文图书、报刊资料、视听资料、北京文献、外文图书等等，网站页面设计的也很大气
而且图书全是国家出品的，完全可以放心使用，拥有了这个网站，就等于在家拥有了一座图书馆
七、书格
网址：
这是一个自由开放的古典书籍图书馆，里面有超级多高质量的古典书籍，网站一整个风格也是古风古韵
同样是不需要登录和注册就可以下载，下载的格式大多是Pdf格式，提供直链，网盘等下载方式
八、熊猫搜书
网址：#/
熊猫搜书是一个功能非常强大的电子书导航网站，聚合了20多个高质量电子书网站，并且每个网站的质量都非常高，界面也非常简洁清晰，点击左侧的工具栏可以切换网站
输入想要找的书名，就能get不同收索引擎下的结果
同样是不需要登录注册就可以下载，超方便
九、图灵社区
网址：
这是一个偏科技技术类的的读书网站，里面的图书主要分为：计算机、科普、设计念键、经营管理、专业数学、个人技颂枝能、心理学、电子通信，整体风格专业性比较强
直接点击右侧的随书下载就可以下载
十、PDF电子书批注工具——迅捷PDF编辑器
之前有很多很多小伙伴私信问我，PDF格式的电子书的不知道怎么做标注、笔记，这里一起码一下
其实这个问题很简单，随便一个pdf编辑工具就能轻松搞定，就拿我常用的迅捷PDF编辑器软件给大家简单演示一下8！
首先选择工具栏里面的PDF批注的功能，然后选择自己正在看的pdf电子书
就可以对文件进行标注、亮黄了，（线条、字号、颜色统统都可以自己选择)真的超级简单

自考/成考有疑问、不知道自考/成考考点内容、不清楚当地自考/成考政策，点击底部咨询官网老师，免费领取复习资料：https://www.87dh.com/xl/

❷ ATAC-seq专题---生信分析流程

ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分：数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析，下面将对各部分内容进行展开讲解。

下机数据经过过滤去除接头含量过高或低质量的reads，得到clean reads用于后续分析。常见的trim软件有Trimmomatic、Skewer、fastp等。fastp是一款比较新的软件，使用时可以用--adapter_sequence/--adapter_sequence_r2参数传入接头序列，也可以不填这两个参数，软件会自动识别接头并进行剪切。如：

fastp \

--in1 A1_1.fq.gz \ # read1原始fq文件

--out1 A1_clean_1.fq.gz \ # read1过滤后输出的fq文件

--in2 A1_2.fq.gz  \ # read2原始fq文件

--out2 A1_clean_2.fq.gz \ # read2过滤后输出的fq文件

--cut_tail  \ #从3’端向5’端滑窗，如果窗口内碱基的平均质量值小于设定阈值，则剪切

--cut_tail_window_size=1 \ #窗口大小

--cut_tail_mean_quality=30 \ #cut_tail参数对应的平均质量阈值

--average_qual=30 \ #如果一条read的碱基平均质量值小于该值即会被舍弃

--length_required=20  \ #经过剪切后的reads长度如果小于该值会被舍弃

fastp软件的详细使用方法可参考：https://github.com/OpenGene/fastp。fastp软件对于trim结果会生成网页版的报告，可参考官网示例http://opengene.org/fastp/fastp.html和http://opengene.org/fastp/fastp.json，也可以用FastQC软件对trim前后的数据质量进行评估，FastQC软件会对单端的数据给出结果，如果是PE测序需要分别运行两次来评估read1和read2的数据质量。

如：

fastqc A1_1.fq.gz

fastqc A1_2.fq.gz

FastQC会对reads从碱基质量、接头含量、N含量、高重复序列等多个方面对reads质量进行评估，生成详细的网页版报告，可参考官网示例：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/good_sequence_short_fastqc.html

经过trim得到的reads可以使用BWA、bowtie2等软件进行比对。首先需要确定参考基因组fa文件，对fa文件建立索引。不同的软件有各自建立索引的命令，BWA软件可以参考如下方式建立索引：

bwa index genome.fa

建立好索引后即可开始比对，ATAC-seq推荐使用mem算法，输出文件经samtools排序输出bam：

bwa mem genome.fa  A1_clean_1.fq.gz A1_clean_2.fq.gz

| samtools sort -O bam -T A1 > A1.bam

值得注意的是，在实验过程中质体并不能完全去除，因此会有部分reads比对到质体序列上，需要去除比对到质体上的序列，去除质体序列可以通过samtools提取，具体方法如下：首先将不含质体的染色体名称写到一个chrlist文件中，一条染色体的名称写成一行，然后执行如下命令即可得到去除质体的bam

samtools view -b A1.bam $chrlist > A1.del_MT_PT.bam

用于后续分析的reads需要时唯一比对且去重复的，bwa比对结果可以通过MAPQ值来提取唯一比对reads，可以用picard、sambamba等软件去除p，最终得到唯一比对且去重复的bam文件。

比对后得到的bam文件可以转化为bigWig（bw）格式，通过可视化软件进行展示。deeptools软件可以实现bw格式转化和可视化展示。首先需要在linux环境中安装deeptools软件，可以用以下命令实现bam向bw格式的转换：

bamCoverage -b A1.bam -o A1.bw

此外，可以使用deeptools软件展示reads在特定区域的分布，如：

computeMatrix reference-point   \ # reference-pioint表示计算一个参照点附近的reads分布，与之相对的是scale-regions，计算一个区域附近的reads分布

--referencePoint TSS   \#以输入的bed文件的起始位置作为参照点

-S  A1.bw \ #可以是一个或多个bw文件

-R  gene.bed \ #基因组位置文件

-b 3000   \ #计算边界为参考点上游3000bp

-a 3000   \ #计算边界为参考点下游3000bp，与-b合起来就是绘制参考点上下游3000bp以内的reads分布

-o  A1.matrix.mat.gz \ #输出作图数据名称

#图形绘制

plotHeatmap \

-m  new_A1.matrix.mat.gz \ #上一步生成的作图数据

-out A1.pdf \ # 输出图片名称

绘图结果展示：

MACS2能够检测DNA片断的富集区域，是ATAC-seq数据call peak的主流软件。峰检出的原理如下：首先将所有的reads都向3'方向延伸插入片段长度，然后将基因组进行滑窗，计算该窗口的dynamic λ，λ的计算公式为：λlocal = λBG（λBG是指背景区域上的reads数目），然后利用泊松分布模型的公式计算该窗口的显着性P值，最后对每一个窗口的显着性P值进行FDR校正。默认校正后的P值（即qvalue）小于或者等于0.05的区域为peak区域。需要现在linux环境中安装macs2软件，然后执行以下命令：

macs2 callpeak \

-t A1.uni.dep.bam \ #bam文件

-n A1 \ # 输出文件前缀名

--shift -100 \ #extsize的一半乘以-1

--extsize 200 \ #一般是核小体大小

--call-summits #检测峰顶信息

注：以上参数参考文献（Jie Wang，et.al.2018.“ATAC-Seq analysis reveals a widespread decrease of chromatin accessibility in age-related macular degeneration.”Nature Communications）

ATAC分析得到的peak是染色质上的开放区域，这些染色质开放区域常常预示着转录因子的结合，因此对peak区域进行motif分析很有意义。常见的motif分析软件有homer和MEME。以homer软件为例，首先在linux环境中安装homer，然后用以下命令进行motif分析：

findMotifsGenome.pl \

A1_peaks.bed \ #用于进行motif分析的bed文件

genome.fa  \ #参考基因组fa文件

A1  \ #输出文件前缀

-size  given \ #使用给定的bed区域位置进行分析，如果填-size -100,50则是用给定bed中间位置的上游100bp到下游50bp的区域进行分析

homer分析motif的原理及结果参见：http://homer.ucsd.e/homer/motif/index.html

根据motif与已知转录因子的富集情况可以绘制气泡图，从而可以看到样本与已知转录因子的富集显着性。

差异peak代表着比较组合染色质开放性有差异的位点，ChIP-seq和ATAC-seq都可以用DiffBind进行差异分析。DiffBind通过可以通过bam文件和peak的bed文件计算出peak区域标准化的readcount，可以选择edgeR、DESeq2等模型进行差异分析。

在科研分析中我们往往需要将peak区域与基因联系起来，也就是通过对peak进行注释找到peak相关基因。常见的peak注释软件有ChIPseeker、homer、PeakAnnotator等。以ChIPseeker为例，需要在R中安装ChIPseeker包和GenomicFeatures包，然后就可以进行分析了。

library(ChIPseeker)

library(GenomicFeatures)

txdb<- makeTxDbFromGFF(‘gene.gtf’)#生成txdb对象，如果研究物种没有已知的TxDb,可以用GenomicFeatures中的函数生成

peakfile <-readPeakFile(‘A1_peaks.narrowPeak’)#导入需要注释的peak文件

peakAnno <- annotatePeak(peakfile,tssRegion=c(-2000, 2000), TxDb=txdb)

# 用peak文件和txdb进行peak注释，这里可以通过tssRegion定义TSS区域的区间

对于peak注释的结果，也可以进行可视化展示，如：

p <- plotAnnoPie(peakAnno)

通过注释得到的peak相关基因可以使用goseq、topGO等R包进行GO富集分析，用kobas进行kegg富集分析，也可以使用DAVID在线工具来完成富集分析。可以通过挑选感兴趣的GO term或pathway进一步筛选候选基因。

❸ 人教版生物八年级下复习资料

《人教版初中生物八年级下册课本.pdf》网络网盘资源免费下载

链接: https://pan..com/s/1xl0_y1sAmKUz6yv1aDx7Zw

?pwd=ywvy 提取码: ywvy