1. 生物软件,会用这个就够了!
Geneious是一款全面的生物信息学软件,专为处理和分析生物信息学数据设计。它集成了序列对比与系统学分析、引物设计、克隆和限制性分析等功能,且支持NCBI和EMBL数据库的访问与使用。
用户可以通过下载Geneious.com提供的安装包来获取适用于Windows, Mac, 和Linux的操作系统版本,需要预先安装Java程序。
在Geneious的主界面,用户可以操作四个主要窗口:来源面板、文件列表、文件视图和帮助面板。
来源面板展示了存储的文件及提供的服务,用户可以访问NCBI和EMBL数据库,分享或查看同事的数据库(需先安装)。
文件列表显示文件夹中的各种文件类型,用户点击文件可查看其内容,支持多选文件同时查看,双击可直接阅读文件详情。文件列表允许用户对文件进行任意排序、调整。
文件视图提供序列、比对、树、3D结构、文章摘要等多样化视图。
用户可以使用帮助窗口获取实时帮助,工具条包含了丰富功能,右键菜单可自定义选项。
文件栏提供新建、重命名、改变颜色、移动、删除、恢复、备份、输出、导入、打印等功能。
编辑栏支持撤销、恢复、剪切、复制、粘贴、移除注释、粘贴反向互补序列、删除、全选、标注已读文件、查找等功能。
视图栏提供后退、前进、历史、搜索、代理、显示选项等功能,便于用户浏览和查找文件。
工具栏集合了比对、拼接、建树、引物、克隆、BLAST、数据库管理、物种分类、序列分析等专业工具。
序列栏提供了新建序列、提取区域、翻译、环形视图、自由gap比对、转换序列类型、设定reads用于拼接、设定read方向、按照ID切割序列文件等功能。
注释、预测栏支持低质量序列修整、数据库注释、ORF查找、模体搜索、SNP查找、低/高覆盖区域计算、表达量比较等功能。
帮助栏提供在线资源、检测更新、购买等服务。
Geneious支持从硬盘导入序列,导入格式涵盖几乎所有类型,包括FASTA、GenBank、SAM/BAM等。
用户可从NCBI和UniProt等公共数据库导入数据,输出格式多样,如FASTA、GenBank XML、PDF等。
软件管理本地文件,包括序列、引物、酶、染色体、contig、蛋白序列、发育树、3D结构、序列比对、文章、PDF等。
用户可以搜索、过滤文件,创建、查看和编辑序列,软件提供丰富的序列视图和基因组视图。
侧控制栏提供多种显示模式,放大、缩小、移动功能及可视化效果调整,显示碱基、GC含量、注释等信息。
实时统计所选区域的碱基、氨基酸、密码子使用情况,支持保存和载入自定义设置。
抬头栏提供序列视图、注释、点阵图、文本总结、信息等选项,左右操作支持序列提取、反向互补、翻译等功能。
软件支持DNA、RNA、蛋白质结构查看,利用注释功能进行查看、个性化风格设置、导出表格、编辑注释。
序列比对功能包含双序列、多序列、基因组对比,翻译成蛋白质对比,点阵图显示比对结果。
拼接与mapping功能支持从头拼接、映射到参考序列,序列质量过滤,查看与编辑contig,分析拼接与比对查找多态位点、SNP等。
建树功能允许用户美化树状图,引物设计、克隆等遗传分析功能,BLAST设定参数并查看结果。