seq命令

‘壹’ AIX下无法使用seq这个命令

seq是个外部命令,如果你的aix没有预安装的话是无法找到的,如果你需要用此命令,则需要安装进去放可使用..

‘贰’ 高手请进：word 2003编制论文，章节下还有多级编号，其中的一级编号如何实现自动重新开始编号

您这个用个最最简单的SEQ域命令,不建议用自动编号,总容易错,特别还有个位置的问题

只要捎耐心学下,以后所以编号问题都迎刃而解

在123的位置不要写数字

在1的位置

插入-域-类别选"编号"下面选SEQ,确定就可以,

格式如下:{seq随便起名字},同一名字的序列自己排队

23....之后就是复制这个域粘贴即可

以后就是修改了也自动更新,

但前提是需要一定复制这个域!

更新F9

----

复杂的章节段的SEQ命令如下:

这个比较复杂~一般"项目符号和编号"对大不头的论文编辑用处不大,因为为您不是连续输入,而是,标题间会有很多大段的内容,而且级别很多~

比较实用的是SEQ域命令编排如图

一1A(1)任何形式都可以选的,

要点:

1.启用SEQ域:插入-域-编目,或者快捷键CTRL+F9

2.SEQ后面要空格加上名称,如SEQa,a就是名字,统一名字的SEQ排序!,名字可以随便命名,主要便于识别不同序列

3.SEQa只是从1开始,等差为1自动排序,结果就是123456,如果想显示其他数字，如5.10.15,那么只能使用数学公式计算,如{=5*{SEQA}}

4.大括号不是键盘上的手工输入

5.域需要更新,不更新不会显示新数字,F9为更新,切换数字和域命令是ALT=F9

6.2个快关C与上一个最近的序列号,如前面排到了4,那么加一个C,显示的还是4,0是最近的差额:)

,是在已经有的序列中重新按r给的数字排序,如 5,那么后面就从5之后6开始

注意一定是而不是/

7.命令之外的还是照常排序,如命名为a的序列排序-

{seqa}--1

{seqa}2

{seqa}3

{seqac}还是3,

{seqa}这个就是4了,把带c的排除,上面是3,所以接下来就是4

{seqa 7}7,因为给了R命令从7开始

{seqa}这个显示8,虽然还是{seqa},但因为之前重新给了序列7,所以从7开始

8.这个命令只针对数字,如第一章,两边汉字要自己输入,1.1,中间的点也要自己输入1-1,都是如此

写论文插入章节,就复制就可以,最后F9刷新,不用自己修改的~

‘叁’ linux 怎么用seq把第一行和第二行换位置

linux下文档替换操作命令是 sed
可以把文件的第二行输出到新文件，然后删除原文件的第二行，再输出到新文件

如：
源文件 abc.txt
第二行输出到1.txt
sed -n '2p' abc.txt > 1.txt
删除第二行，追加到1.txt
sed -e '2d' abc.txt >> 1.txt

‘肆’ oracle的自增seq.nextval能否+1 一插数据序号就+2了，怎么才能+1

定义序列的时候，increment参数为1，那么新调用一次就是+1的，具体定义+1序列的命令如下
CREATE SEQUENCE SEQ INCREMENT BY 1 START WITH 1 MAXVALUE 9999 NOCACHE;

‘伍’ 解释seq(1,10,2)这串代码的输出结果，并解释其含义

{x..y[..i]} 这种形式是bash内部的一种表达式，会生成一个空格分隔的数字序列字符串
$(cmd) 或 `cmd` 是bash的另一种表达式，表示把cmd的输出作为一个字符串
因此可见， 使用$(seq x y)的方式系统会启动一个新的进程运行cmd命令，相对于{x..y}的方式，速度上会有劣势，同时内存占用也会更多，此外还依赖/bin/seq命令的存在。

‘陆’ #!/user/bin/perl -w use Bio::Seq; No command 'use' found 我初学perl，这个use命令找不到怎么搞

这个use是perl里的关键字，不是系统命令。perl是一种解释性语言，要使用这个语言，你的系统里必须安装perl软件包。
因为你只写了标题，代码在同一行，不知你实际情况如何。假设你的程序是有换行的，根据你写的问题，可能你是在linux系统下运行，因为linux缺省是有安装perl的，那问题很可能是因为开头的第一行，#/usr/bin/perl，而不是#/user/bin/perl。

‘柒’ blast+命令求助

Blast的运行方式是先用目标序列建数据库（这种数据库称为database，里面的每一条序列称为subject），然后用待查序列（query）在database中搜索，每一条query与database中的每一条subject都要进行双序列比对，从而得出全部比对结果。

Blast是一个继承的程序包，通过调用不同的比对模块，blast实现了物种可能的序列比对方式：

blastp：蛋白序列与蛋白库做比对。

blastx：核酸序列对蛋白库的比对，先将核酸序列翻译成蛋白序列（根据相位可以翻译成6种可能的蛋白序列），然后再与蛋白库作比对。

blastn：核酸序列对核算库的比对。

tblastn：蛋白序列对核算库的比对，将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，然后进行比对。

tblastx：核酸序列对核算库在蛋白级别的比对，将库和待查序列都翻译成蛋白序列，然后对蛋白序列进行比对。

Blast提供了核酸和蛋白序列之间所有可能的比对方式，同时具有较快的比对速度和较高的比对精度，因此在常规双序列比对分析中应用最为广泛，可以毫不夸张的说，blast是做比对基因组学乃至整个生物信息学研究所必须掌握的一种比对工具。

使用：

blast的运行分为两个步骤：第一，建立目标序列的数据库；第二，做blast比对。

1、运行建库程序formatdb:

建库的工程是建立目标序列的索引文件，所以程序是formatdb。程序允许的输入格式是FASTA或者ASN.1格式，通常我们使用的FASTA格式的序列作为输入。用于建库的FAST序列是db.seq, formatdb的基本命令是：

formatdb –i db.seq [-options]

常用参数：

-p (T/F): -p参数的意义是选择建库的类型，“T”表示蛋白库，“F”表示核算库，缺省值为“T”

-o(T/F): -o参数的意义是判断是否分析序列名并建立序列名索引。“T”表示建立序列名索引，“F”表示不建立序列索引。缺省值为“F”。

程序输出：

如果建立的是核算库，输出为db.seq.nhr、db.seq.nin、db.seq.nsq，三个文件，如果选择了“-o T”，还会同时输出db.seq.nsd、db.seq.nsi、db.seq.nni、db.seq.nnd四个文件，一共七个。

蛋白库和核算库的输出类似，相应的输出文件为：db.seq.nhr、db.seq.nin、db.seq.nsq和db.seq.nsd、db.seq.nsi、db.seq.nni、db.seq.nnd七个文件。

除了这个结果，程序还会输出LOG文件（默认为formatdb.log），里面记录了运行时间、版本号、序列数量等信息。

几点需要注意的问题：

1）、建库以后，做blast比对的输入文件就是建库所得的文件db.seq.n**或者db.seq.p**，而不是原始的FASTA序列，也就是说，建库以后，原始序列文件是可以删除的。

2）、如果命令行中选择了“-o T”，并且目标序列中好友gi号重复的序列名时，程序会停止建库并报错。

就是说库文件中不能出现重复的序列（标志是序列号，跟具体的序列没有关系）。

3）、如果输入序列不符合FASTA格式或者ASN.1格式，程序会自动退出，并报错。

[formatdb] ERROR: Could not open db.

4）、核酸序列可以用于建核算库和蛋白库，但是蛋白序列不能用于建核算库，这个是显然的，密码子的问题哦！

其他参数介绍：

-l : “-l 文件名”用来改变LOG文件的命名

-n : “-n 文件名”可以自定义生成的库文件命名

-a : 输入文件为ASN.1格式

2、运行比对程序blastall:

Blast的主程序是blastall。程序的输入文件是query序列（- i参数）而和库文件（-d 参数），比对类型的选择（- p参数）和输出文件（- o 参数）由用户指定。其中“-p”参数有5中取值：

-p blastp：蛋白序列与蛋白库做比对。

-p blastx：核酸序列对蛋白库的比对。

-p blastn：核酸序列对核酸库的比对。

-p tblastn：蛋白序列对核酸库的比对。

-p tblastx：核酸序列对核酸库在蛋白级别的比对。

这些元素就构成了 blast 的基本运行命令（以 blastn 为例）：

blastall -i query.fa -d database -o blast.out -p blastn

其中如果"-o"参数缺省，则结果输出方式为屏幕输出。

参数：

仅仅运行blast的基本运行命令，得到的结果往往不能清晰准确的表示出有用的信息。最大的问题就是有太多的冗余，很多很短的比对都会出现在输出结果中，导致结果杂乱无章。为了处理杂乱无章的比对结果，满足各种比对需求，blast设置了很多参数来限制比对的范围和输出的形式。一下多数结果以blastn距离，如不做特殊说明，这些参数适合于所有比对方式。

-e 参数

-e（value）参数是用来过滤比对较差的结果的，用“-e”参数指定一个实数，blast会过滤掉期望值大于这个数的比对结果（就是说这个值越小比对结果就越好）。

blastall -i query.fa -d database -o blast.out -p blastn -e 1e-10

通常情况下，对于不同物种之间的比对，期望值设在1e-5左右即可；而对于同源性较高的物种或者同种的比对，可以适度将期望值调的更小来过滤垃圾结果。比对同一物种cDNA和染色体的比对，参数可用1e-10或更高。

-F 参数

-F（T/F）参数是用来屏蔽简单重复和低复杂度序列的。如果选“T”，程序在比对过程中会屏蔽掉query中的简单重复和低复杂度序列；选“F”则不会屏蔽。缺省值为“T”。

比较两个结果，我们看出使用缺省参数的比对结果损失了一部分信息，得到的统计结果也

出现失真，期望值和 identity 都没有反映出真实情况。有时较长的重复序列甚至会导致比对终止。加了"-F F"就保证了比对结果的完整性。通常在大规模、低精度的比对中，往往用缺省参数，这样能避免程序把过多的时间浪费在无意义的简单重复上，提高运行速度；而在小规模、高精度的比对中，需要加上参数"-F F"，保证比对的精确度和完整性。

-m 参数：

“-e”参数能够做到筛选适当的比对结果，但是即使如此，blast的输出结果仍然非常庞大并且难以处理。为了精简输出、节省存储空间、实现更多功能并使结果易于处理，blast 提供了参数“-m (integer)”来设定输出格式，可供选择的值为 0～11 之间的整数，缺省为 0。下面就通过实例逐个解析“-m”参数能够实现的输出功能。

-m 8 : 列表格式的比对结果。从做导游割裂的意义一次是：query名/subject名/identify/比对长度/错配数/空位数/query比对起始坐标/query比对终止坐标/subject比对起始坐标/subject比对终止坐标/期望值/比对得分

在 m8 格式中通过 subject 的比对起止位置可以判断出序列的比对方向。判断方法就是：query和subject的起始和终止坐标是否一致增减。

‘捌’ 英语seq翻译成汉语

sequence
英 ['siːkw(ə)ns]
美 ['sikwəns]

n. [数][计] 序列；顺序；续发事件
vt. 按顺序排好

‘玖’ linux seq命令帮助怎么查看

man seq

或者：

seq --help

‘拾’ oracle nextval 语法

oracle?
createtablebenchmarksql.history(
hist_idintegernotnulldefaulthist_id_seq.nextval()primarykey,
h_c_idnumber,
h_c_d_idinteger,
h_c_w_idinteger,
h_d_idinteger,
h_w_idinteger,
h_datetimestamp,
h_amountdecimal(6,2),
h_datavarchar(24)
);