❶ r语言包,如何修改里面的东西
可以试下ComplexHeatmap package在这里面可以修改
支持各种heatmap编辑方式,包括字体,标注,分类,多图比较,甚至可以交互选取部分样本进行比较。
YouTube 使用教程:
Plotting in R for Biologists -- Lesson 8: Heatmapswww.youtube.com/watch?v=gu9pTq9U2iU&t=211s
.
打开R语言,输入命令删除其他一切数据:rm(list=ls(all=TRUE)),并且输入命令CTRL和L,删除不必要的显示的信息。
2.
加法运算 加法运算的主体可以是数字,也可以是复杂的向量。 例如,输入2+5,可以马上得到结果!
3.
加法运算: 同加法运算很相似、如:要得到7-2的结果,直接在控制台中输入 7-2 回车可以得到结果5
4.
乘法运算 在R语言中,乘号用"*"代替。如计算2乘以4的结果在控制台中输入 2*4 回车后得到8
❷ 如何在rstudio中清洗对象集合
1、首先,打开RStudio并创建一个新的文件脚本,[File]—[NewScript]。
❸ r语言的下移命令
1.getwd()#查看当前工作目录
2.setwd('E:graation-design/OC/sctransform')#设置工作路径,引号内的内容是一个例子,注意路径最好不要有中文和特殊符号。
3.install.packages.('包')#下载包
4.library(包)#加载包
5.update.packages(包)# 可以更新已经安装的包。
6.help(package = "包") # 获取该R包的帮助文件
7.head(object) #查看对象的前6行
8.tail()#查看对象的后6行
9.[,1]#访问数据的第一列
10.rm(object) #删除对象
11.save.image("myfile") #保存工作空间到文件myfile中(默认值为.RData)
12.example("foo")#函数foo的使用示例(引号可以省略)
13.class(object) #显示某个对象的类或类型
14.c()#定义向量
15.print() #展示数据
16.mode() # 查看数据类型
17.na.rm = TRUE# 去除缺失值
18.is.na() #检查是否有缺失值
19.na.omit() # 删除包含缺失值的行
20.nchar() #统计字符串长度
21.substr(x = ,start = 1, stop = 3) # 提取字符串(首字母大写)
22.toupper()#将字符串都转化成大写
23.tolower() #将字符串都转化成小写
24.gsub("^(\\w)","\\U\\1",tolower(temp),perl = T) #首字母大写
25.gsub("^(\\w)","\\L\\1",upper(temp),perl = T) #首字母小写
26.Sys.Date() # 显示目前系统的时间
27.read.table("c:/路径",seq = "") # 读取excel
28.read.table(网址) #读取网站内容
29.read.table("clipboard")#读取剪切板中的文件
30.read.table(gzfile("文件")) #读取压缩文件
31.write(x,file = "x,txt") #输出文本
32.write.table(x,gzfile("文件名"))# 输出压缩文件
❹ 如何解决RStudio Server: R is taking longer to start than usual
Rstudio server 在运行的时候自己断掉了,重新登录提示:
RStudio Server: R is taking longer to start than usual
搜索之后仍然没有解决
RStudio Server: R is taking longer to start than usual
rstudio - Hosted R Studio hangs when trying to open - Stack Overflow
最后再nicker老师的帮助下成功解决:
(2条消息) rstudio-server dead服务器上一个用户的rstudio打不开 删不掉杀不死进程_邓飞----育种数据分析之放飞自我-CSDN博客 https://blog.csdn.net/yijiaobani/article/details/87858472
r - Fresh new session for rstudio-server - Stack Overflow https://stackoverflow.com/questions/15351405/fresh-new-session-for-rstudio-server
总结:删除session- 文件 + kill r
1、 rm -rf ~/.rstudio/sessions/active/session-
2、ps -u userid 查看自己账户下的运行程序,再去kill 掉rsession
问题就解决了
大神一句话,菜鸟十年功!哈哈
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R
❺ linux服务器安装R语言及Rstudio server
在linux服务器上使用R语言及Rstudio server
cat /etc/redhat-release: 查看服务器系统版本
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.e.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.6.1.tar.gz
checking for rl_callback_read_char in -lreadline... no
configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available
configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages
6.安装
make
make install
安装成功!
R #在命令行直接输入“R”即可进入R 编辑。
q() ##退出R编辑
7.安装R-studio-server
wget https://download2.rstudio.org/server/centos6/x86_64/rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm
yum install rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm
8.R-studio-server的一些命令
rstudio-server start ##启动 rstudio
rstudio-server stop ## 关闭rstudio
rstudio-server status ## 查看rstudio 运行状态
运行rstudio-server status出现 “Active: active (running) ” 表示rstudio 已启动
rstudio-server verify-installation ## 查看rstudio 安装错误
rstudio-server restart ##重启
ifconfig ##查看服务器ip地址。
查看运行中R进程
rstudio-server active-sessions
指定PID,停止运行中的R进程
rstudio-server suspend-session <pid>
停止所有运行中的R进程
rstudio-server suspend-all
强制停止运行中的R进程,优先级最高,立刻执行
rstudio-server force-suspend-session <pid>
rstudio-server force-suspend-all
RStudio Server临时下线,不允许web访问,并给用户友好提示
rstudio-server offline
RStudio Server临时上线
rstudio-server online
8.rstudio-server系统设置
主要有两个配置文件,默认文件不存在(非必要,可不做修改)
/etc/rstudio/rserver.conf
/etc/rstudio/rsession.conf
vi /etc/rstudio/rserver.conf
www-port=8080#监听端口,默认是8787,可以不做修改
www-address=127.0.0.0#允许访问的IP地址,默认0.0.0.0
rstudio-server restart
vi /etc/rstudio/rsession.conf
session-timeout-minutes=30#会话超时时间
r-cran-repos= http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN #CRAN资源库
rsession-which-r=/usr/local/bin/R ## 如果非root安装,更改R所在目录。
9.通过浏览器连接Rstudio-server
直接打开浏览器,输入http://<服务器ip>:8787 ## 如果修改过rserver.conf文件,后面的8787端口改为相应的端口即可。
这里需要我们输入用户名和密码。关于用户名有2点注意事项:
(1).不允许使用system 用户登陆,即用户ids小于100的用户。只能用普通用户登录
(2).用户的认证可以使用RSA。
如果没有普通用户,可以添加:
useradd newname # 添加一个名为newname的用户
passwd newname ###给新用户newname 设置密码,密码需是复杂密码,否则可能通不过。
usermod -G happy newname ####将新用户newname添加到happy 用户组中,
在用useradd添加用户之后,在默认的情况下,该账号是暂时被封锁的, 也就是说,该账号是无法登录,须要用passwd命令来给新创建的用户设置密码之后才可以使用。
10可能存在的问题
10.1如果你的rstudio-server没有启动 很大程度是安装有误,这里我将我遇到的错误分享出来
rstudio-server verify-installation
There is a libR.so in /usr/lib/R/lib, but (weirdly) ls -l reveals that
it dates from the my previous install of R-3.5.1 for which I did not
configure with --enable-R-shlib.
这里就提到无法找到libR.so文件,原因是配置R语言文件时,没有加参数--enable-R-shlib.
这就必须要重新安装R语言。使用make uninstall 删除之前的安装,最好也删除R-3.6.1所在的文件夹,用“rm -r -f R-3.6.1".
使用rm 命令 -r 参数表示全部删除, -f 参数表示强制删除,不会提醒。 同时使用这两个参数要小心。
10.2 普通用户无法启动rstudio-server
sudo rstudio-server start## 以管理员方式执行命令
这时会需要输入密码并提示
xxx is not in the sudoers file.This incident will be reported.
如果不想出现上面的提示,就是给该用户提高权限,添加用户使用sudo的权利。
su root ###切换到root用户,如果有root权限的话。
chmod u+w /etc/sudoers ###添加sudo文件的写权限
vi /etc/sudoers ###编辑sudoers文件,添加权限。
找到这行 root ALL=(ALL) ALL,在他下面添加xxx ALL=(ALL) ALL (这里的xxx是你的用户名)
youuser ALL=(ALL) ALL
%youuser ALL=(ALL) ALL
youuser ALL=(ALL) NOPASSWD: ALL
%youuser ALL=(ALL) NOPASSWD: ALL
chmod u-w /etc/sudoers ##撤销sudoers文件写权限
❻ 在r语言中如何删除某一列数据,急急急,求详细操作
数据Datatest
Datatest = Datatest[,-1]就删除第一列
-2就删除第二列
依次类推
例如:
用iris数据集
data(iris)
datatest <- iris
(6)rstudio中rm命令扩展阅读:
R具有很强的互动性。除了图形输出是在另外的窗口处,它的输入输出窗口都是在同一个窗口进行的,输入语法中如果出现错误会马上在窗口口中得到提示,对以前输入过的命令有记忆功能,可以随时再现、编辑修改以满足用户的需要。
输出的图形可以直接保存为JPG,BMP,PNG等图片格式,还可以直接保存为PDF文件。另外,和其他编程语言和数据库之间有很好的接口。
❼ r语言中出现的rm是什么意思比如na.rm。
rm是remove的意思,例如你指定na.rm=T,就会移除na数据
❽ rstudio怎么减
1、首先需要打开Rstudio,新建文件脚本,【File】——【New Script】。
2、其次会发现,global environment这里之前代码留下的代码数据集非常麻烦,清除方法如下。
3、然后写入 rm(A),即可清除相应object的数据(rm=remove)。
4、最后对比即可发现,之前的object已经被清除了。
❾ rstudio的tab键显示箭头
tab键用来Rstudio的自动补齐,方向键选择
2、D:\Program Files\R\R-4.1.2\etc这个目录下的Rprofile.site好像是启动设置文件
3、内置数据集是粉色
4、数据化是一个表格
5、函数是蓝色
6、Ctrl+上箭头可以查看历史
7、esc可以中断当前操作。
8、alt+shift+k显示所有快捷键操作。
9、 list.files()
dir()显示当前工作目录下面的文件
10、 <<-的意思是强制赋值给一个全局变量,而不是一个局部变量
11、 y <- sum(1,2,3,4,5)
12、 ls()显示已经赋值的变量
13、 ls.str()显示已经赋值的变量的详细信息
14、 str()显示变量的详细信息
15、 ls(all.names = TRUE)显示所有变量,包括.开头的
16、 rm()删除某个对象,
17、 rm{}多个对象
18、 删除空间中所有对象rm(list=ls())
19、 history(25)显示25条历史记录
20、 ctrl+L清楚屏幕
21、 save.image()保存在当前工作空间下,但是绘图不会保存
22 、 安装包install.packages()
23 、 一次加载多个R包,利用一个R的向量来进行
install.packages(c(“ggplot2” “forgein”))
24、update.packages()用来更新包
25、 .libPaths()库 的路径
26、 library()和require()来载入包
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