linux基本命令总结

A. linux命令分类总结

禁止在线上服务器使用

实例：

uniq命令可以去除排序过的文件中的重复行，因此uniq经常和sort合用。也就是说，为了使uniq起作用，所有的重复行必须是相邻的。

在一个指定的时间执行一个指定任务，只能执行一次，且需要开启atd进程

crond是linux下用来周期性的执行某种任务或等待处理某些事件的一个守护进程

将任务打入后台
示例：

vmstat是Linux中监控内存的常用工具，可对操作系统的虚拟内存、进程、CPU等的整体情况进行监视.

sar（System Activity Reporter系统活动情况报告）是目前 Linux 上最为全面的系统性能分析工具之一，可以从多方面对系统的活动进行报告，包括：文件的读写情况、系统调用的使用情况、磁盘I/O、CPU效率、内存使用状况、进程活动及IPC有关的活动等

常用：

Ping命令通过发送Internet控制消息协议（ICMP）回响请求消息来验证与另一台TCP/IP计算机的IP级连接

ss与netstat命令作用相同，但比netstat更高效，采用的是tcp协议栈中tcp_diag.
使用方法参考netstat，且基本参数相同

traceroute追踪网络数据包的路由途径

nslookup命令用于查询DNS的记录，查看域名解析是否正常，在网络故障的时候用来诊断网络问题

B. Linux文本操作常用命令

在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：

通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）

接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：

参数的用法介绍：

注意事项：

用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 > 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出

zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看

结合 管道符| 使用

head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。

less命令用得最多 ，more命令用得比较少

3.1 less命令

less [参数] 文件名

less命令重要的补充用法1 ：

需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键

less命令重要的补充用法2 ：

参数用法：

less命令 不加参数 查看文件：

less命令加 -N参数 查看文件：显示行号

less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整

对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n

3.2 more命令

**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好

查看压缩文件

wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。

常见参数:

切记：用less命令，按q退出

cut命令是按关键词来切的

常见参数:

排列前：

排列后：

解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。

命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。

uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。

uniq命令通常和sort命令搭配使用

换其它文件试试

总之，uniq命令使用时经常和sort一起

常见参数:

常见用法1：

paste file1 file2

-s :按行合并 演示

常见用法2 : paste - -

常见参数:

要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用> (重定向)或是 >>(追加)

1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc

2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容

3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列

4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计

5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符

补充小知识 ：

清屏 ：control L

查看历史（输入过的）命令 ：history

C. Linux/超算中PBS常用命令

新手，纯纯搬运工【出处引用自： https://www.guanjihuan.com 】

1. Linux常用命令

最常用：

ls（英文全拼：list files）：列出目录及文件名

ls -l：列出目录及文件名，可查看更多

ls -al：可以看到隐藏文件

cd（英文全拼：change directory）：切换目录

cd .. ：返回上一级

cd 文件夹名：进入目录

pwd（英文全拼：print work directory）：显示目前的目录

mkdir 文件夹名（英文全拼：make directory）：创建一个新的目录

rmdir 文件夹名（英文全拼：remove directory）：删除一个空的目录

cp xxx xxx（英文全拼： file）: 复制文件或目录

mv xxx xxx（英文全拼：move file）: 移动文件或目录，或修改文件或目录的名称

rm（英文全拼：remove）: 删除文件

rm -r 文件夹名：递归删除某目录

clear：清空terminal的所有内容（或者使用Ctrl+L）

tab按键：补充完整文件名或文件夹名

次常用：

vim/vi 某文件 （编辑文件）

nano 某文件 （编辑文件）

touch 文件 （新建空文件）

sudo -s （切换到root模式）

exit （退出root模式等）

sudo chmod -R 755 文件名/文件夹名 （获取文件/文件夹的755权限）

chown [用户] [文件或目录] （改变文件或目录的所有者）

chgrp [用户组] [文件或目录] （改变文件或目录的所属组）

make （编译成.exe）

解压/解包：

tar文件 （注：tar是打包，不是压缩！）

解包：tar xvf FileName.tar

打包：tar cvf FileName.tar DirName

.gz文件

解压1：gunzip FileName.gz

解压2：gzip -d FileName.gz

压缩：gzip FileName

.tar.gz 和 .tgz文件

解压：tar zxvf FileName.tar.gz

压缩：tar zcvf FileName.tar.gz DirName

安装和卸载deb软件包：

安装：sudo dpkg -i deb文件

查看：sudo dpkg -l

卸载：sudo dpkg -r 软件名

参考资料：

[1]  Linux 教程

[2]  Linux常用命令

[3]  linux中tar命令的用法

[4]  全网最全Linux命令总结

2. vim/vi里的操作

:q 退出

:wq 保存并退出

:w 保存

:q! 强行退出（不保存退出）

:w! 强行保存

i 进入编辑，转为输入模式（光标前面）

a 进入编辑，转为输入模式（光标后面）

o 进入编辑，转为输入模式（光标下方新建一行）

Esc 退出i（插入）命令

3. 超算中PBS常用命令

pbsnodes （查看所有节点）

pbsnodes -l free （查看空闲节点）

pbsnodes 某节点 （查看某节点状态）

ssh 某节点 （转到某节点）

exit （离开节点）

qsub 文件名.pbs/sh （提交任务）

qstat （列出状态）

qstat -q （列出队列）

qstat -n （列出队列中使用的节点）

qstat -f jobid （查看jobid任务的详细信息）

qdel jobid （取消任务）

4. 其他

（1）Linux开机自启

sh文件中包含：

#!/bin/bash#chkconfig: 2345 80 90#description:auto_run

sh文件移动到/etc/init.d后，分别输入命令：

chkconfig --add xxx.sh

chkconfig --list   

chkconfig xxx.sh on 

service xxx.sh start

参考资料： linux 开机启动 .sh 文件 - 自己的太阳 - 博客园

（2）Linux环境变量

方法1：临时使用环境变量：export PATH="/home/www/anaconda3/bin:$PATH"

方法2：修改.bashrc文件

参考资料： Linux PATH 作用以及查看和修改方法_haozhepeng的专栏

（3）两个sh文件

a.sh文件（用于提交任务，执行a.py文件）

#!/bin/sh#PBS -N task#PBS -l nodes=1:ppn=1#PBS -q scorecd $PBS_O_WORKDIRexport OMP_NUM_THREADS=1python a.py

a.sh文件（用于提交任务，执行a.exe文件）

#!/bin/sh#PBS -N task#PBS -l nodes=1:ppn=1#PBS -q scorecd $PBS_O_WORKDIRexport OMP_NUM_THREADS=1./a.exe

（4）一个makefile文件

makefile文件（用于编译Fortran文件）

INC := -I/public/software/compiler/intel/composer_xe_2015.2.164/mkl/include/intel64/lp64

LIB := -L/public/software/compiler/intel/composer_xe_2015.2.164/mkl/lib/intel64

mpi:= -I/public/software/mpi/mpich/3.1.4/intel/include /public/software/mpi/mpich/3.1.4/intel/lib -lmpich -limf -lsvml -lintlc

src:=Console1exec:=a

all: $(src).f90

ifort  $(src).f90  $(INC) $(LIB) -openmp -lmkl_intel_lp64 -Wl,--start-group -lmkl_intel_thread -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_core -lmkl_blas95_lp64  -Wl,--end-group -liomp5 -lpthread -O2 -o $(exec).exe

D. Linux第二章-Linux常用命令

当我们关机或者重启时，都应该先执行以下 sync 指令，把内存的数据写入磁盘，防止数据丢失。

命令： cd [相对路径或绝对路径]

命令： ls [-al]

命令： mkdir [-p] 目录
-p 父目录不存在情况下先生成父目录

命令： rm [-rf] 目录
-r 递归 -f 强制
两个一起用你可以删掉世界（很暴力很血腥，危险的命令）

命令： echo [选项] [输出内容]

命令： head 文件

tail ：指定行数或者动态查看

命令： touch 文件名

命令： rm -rf 文件名

vi是linux中最经典的文本编辑器，vi一共有3种工作模式，分别是正常模式，编辑模式(插入模式)，命令行模式：
- 命令： vi 文件名 或 vim 文件名 都可进入vi编译器进行文件的编译

---首先输入 vi 文件名 进入的是正常模式
---正常模式-->编辑模式：按 i o a 任意一个键
---正常模式-->命令行模式：按 :
---编辑模式-->命令行模式：按 Esc

vi编译器快捷键的使用
1.拷贝当前行 yy,拷贝当前行向下的5行 5yy,并粘贴 p;
2.删除当前行 dd,删除当前行向下的5行 5dd;
3.在文件中查找某个单词（命令行模式下）/关键字 ，回车进行查找，输入 n 查找下一个
4.设置文件的行号，取消文件的行号（命令行模式下） :set nu 和 :set nonu
5.编辑 /etc/profile 文件，使用快捷键到底文档的最末行[G]和最首行[gg],注意这些都是在正常模 式下执行的。
6.在一个文件中输入 "hello" ,然后又撤销这个动作，再正常模式下输入 u

文件的查看命令： cat more less tail

cat ：由第一行开始显示文件内容

more ：百分比显示

less ：翻页查看

tail ：指定行数或者动态查看

命令： chmod -R 权限设置 需要更改权限的文件夹名

grep ：查找字符串

grep命令通常要和管道命令进行连用：

Linux压缩包的两种后缀格式：
- xxx.tar 打包，大小不会进行压缩
- xxx.tar.gz 打包并压缩文件大小

命令： tar

命令： -h /目录

命令： ifconfig

命令： netstat [-anp]

命令： ping ip地址

命令： ps [-ef]

命令： kill -9 PID号

命令： service 服务名 [start | stop | restart | reload | status]
在 CentOS7.0 后 不再使用 service ,而是下面这个命令
service [start | stop | restart | reload | status] 服务名

命令： top [选项]

命令： rpm -e rpm包的名称

命令： rpm -ivh rpm包全路径名称

[图片上传失败...(image-f71252-1630371708953)]

E. linux常用的20个命令

Linux中最常用的20个命令如下:

1. ls - 列出目录内容
2. cd - 改变目录
3. pwd - 显示当前目录
4. mkdir - 创建目录
5. rm - 删除文件或目录
6. rmdir - 删除空目录
7. touch - 创建空文件
8. cat - 显示或连接文件
9. cp - 复制文件或目录
10. mv - 移动或重命名文件或目录
11. less - 分页显示文件内容
12. head/tail - 显示文件头部/尾部内容
13. echo - 显示字符串
14. ps - 显示进程状态
15. top - 实时显示进程状态
16. kill - 终止进程
17. df - 显示磁盘空间使用情况
18. - 显示目录和文件大小
19. ping - 测试网誉培络连接
20. ifconfig/ip - 配置或显示网络接口信息

这20个命令可以完成大多数Linux文件操作、进程管理和网络配置任务。熟练掌握它们是成为Linux高手的基础。

如果要进一步了解每个命令的功能和参数,可以通过以下方式学习:

1. 在终端直接输入命令名并按派虚裤回车,会显示命令语法和简要说明。

2. 在终端输入man 命令名,会显示对应命令的手册页,里面包含详细说明、参数和示例。

3. 搜索网络教程和手册,如菜鸟教程、Linux命令大全等,这些网站上有每个命令的详尽教程。

4. 实践并多使用这些命令,熟练掌握语法尘简和常用功能的参数。实践出真知。

如果您对Linux命令或其它知识有任何疑问,欢迎与我联系。我会提供详细的解答、参考资料和练习方案,帮助您系统和深入地学习。觉得这份Linux常用命令liste对您有用的话,也请不吝赐教,我会持续完善和优化。

F. linux常用的20个命令

linux常用命令如下：

1、查看内核版本：uname-a。

2、控制台-》图形界面：init5或者startx。

3、图形界面-》控制台:init3或者直接注销。

4、如何查看ip地址：ifconfig。

5、配置ip:ifconfigeth0ip地址。

6、重启：reboot或者shutdown-rnow。

7、普通用户切换到系统用户:su。

8、注销用户指令：logout。

Linux，全称GNU/Linux，是一种免费使用和自由传播的类UNIX操作系统，其内核由林纳斯·本纳第克特·托瓦兹于1991年10月5日首次发布颤郑宽，它主要受到Minix和Unix思想的启发，是一个基于POSIX的多用户、多任务、支持多线程和多CPU的操作系统。

linux的学习技巧：

如果你想系统的学习Linux，你必需清楚的茄亮认识到这一点。如果你真正想系统的学习linux，想用Linux有丛裂所作为，那么请忘记Windows的思维方式，思想性的转变比暂时性的技术提高更有用。

而思想上的改变往往是受到我们行动所影响的，有不懂的问题就自己思考，查资料，实在不会再去找别人的电脑去查，这样就加深了我每次对问题的理解，慢慢感受和习惯Linux的操作方式。

G. linux常用命令

linux常用命令及用法包括登陆、重启、关机、添加／删除用户、切换用户等。

一、登陆

1、＃和＄

＃表示为root用户，＄表示普通用户。

2、／和～

其中／和～的区别在于，／表示顶级目录，～表示根目录；普通用户的家目录在／home/下老腔，root用户的家目录在／root/。