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gromacs命令
发布时间：2024-01-02 20:31:00❶ 为什么编译出的 gromacs 多 GPU 加速效果不好
一个可能的原因是 boost 的版本较低。
改进办法是执行如下命令：
# sudo apt-get install libboost-all-dev
然后按照文章步骤安装就可以了，为了便于阅览，我们把步骤也贴在这里：
机器操作系统为 Ubuntu14.04，安装了 CUDA7.5。
在家目录下建立 gromacs 目录做为工作目录下，拷贝了 4 个安装包：
openmpi-1.6.5.tar.gz
fftw-3.3.3.tar.gz
cmake-2.8.9.tar
gromacs-5.0.4.tar.gz
1.安装 openmpi
$cd ~/gromacs
$tar –xvf openmpi-1.6.5.tar.gz
$cd openmpi-1.6.5
$./configure --prefix=/opt/openmpi
$sudo make
$sudo make install
2.安装 fftw
$cd ~/gromacs
$tar –xvf fftw-3.3.3.tar.gz
$cd fftw-3.3.3
$./configure --prefix=/opt/fftw –enable-float –enable-shared
$sudo make
$sudo make install
3.安装 cmake
$cd ~/gromacs
$tar xvf cmake-2.8.9.tar
$cd cmake-2.8.9
$./bootstrap
$sudo make
$sudo make install
4.编译 gromacs GPU 版本
$cd ~/gromacs
$mkdir build-gpu
$cd build-gpu
$sudo cmake .. -DFFTWF_LIBRARY=/opt/fftw/lib/libfftw3f.so -DFFTWF_INCLUDE_DIR=/opt/fftw/include -DGMX_MPI=ON –DGMX_GPU=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-5.0.4-gpu
$sudo make
$sudo make install
步骤 4 编译 gromacs 时，cmake 步骤如果有如下提示信息的话，说明 boost 版本低：
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