导航:首页 > 程序命令 > gromacs命令
gromacs命令
发布时间：2024-01-02 20:31:00❶ 为什么编译出的 gromacs 多 GPU 加速效果不好
一个可能的原因是 boost 的版本较低。
改进办法是执行如下命令：
# sudo apt-get install libboost-all-dev
然后按照文章步骤安装就可以了，为了便于阅览，我们把步骤也贴在这里：
机器操作系统为 Ubuntu14.04，安装了 CUDA7.5。
在家目录下建立 gromacs 目录做为工作目录下，拷贝了 4 个安装包：
openmpi-1.6.5.tar.gz
fftw-3.3.3.tar.gz
cmake-2.8.9.tar
gromacs-5.0.4.tar.gz
1.安装 openmpi
$cd ~/gromacs
$tar –xvf openmpi-1.6.5.tar.gz
$cd openmpi-1.6.5
$./configure --prefix=/opt/openmpi
$sudo make
$sudo make install
2.安装 fftw
$cd ~/gromacs
$tar –xvf fftw-3.3.3.tar.gz
$cd fftw-3.3.3
$./configure --prefix=/opt/fftw –enable-float –enable-shared
$sudo make
$sudo make install
3.安装 cmake
$cd ~/gromacs
$tar xvf cmake-2.8.9.tar
$cd cmake-2.8.9
$./bootstrap
$sudo make
$sudo make install
4.编译 gromacs GPU 版本
$cd ~/gromacs
$mkdir build-gpu
$cd build-gpu
$sudo cmake .. -DFFTWF_LIBRARY=/opt/fftw/lib/libfftw3f.so -DFFTWF_INCLUDE_DIR=/opt/fftw/include -DGMX_MPI=ON –DGMX_GPU=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-5.0.4-gpu
$sudo make
$sudo make install
步骤 4 编译 gromacs 时，cmake 步骤如果有如下提示信息的话，说明 boost 版本低：
与gromacs命令相关的资料
- 程序员编码论坛
- 程序员第二职业挣钱
- weblogic命令部署
- 程序员语言阅读
- 程序员考哪些证可以拿钱
- 程序员哪有那么可爱漫画观看
- 美国程序员为什么好找工作
- linux进入文件命令
- 物流程序员好不好
- nmake不是内部命令
- 主业程序员怎么找副业
- 命令行提示
- 32岁女程序员迷茫
- 格式化硬盘dos命令
- 旅游业程序员
- 命令通道
- linuxphp重启命令行
- 石家庄十万程序员
- 疫情期间程序员的工资
- 程序员的保护动物
- 程序员遇到问题去哪个网站
- stata方差检验命令
- 防疫就是命令歌曲
- 程序员学习视频网站
- 被迫变胖的程序员们
- 卑微的程序员表情包
- 北京程序员价位
- 程序员口碑重要吗
- 程序员和工程师谁的工资高
- 程序员编程用电脑
- 程序员第一次做蛋炒饭
- 公司核心程序员离职
- 黑马程序员04怎么切换视频
- 程序员php书籍
- eclipsemaven命令配置
- 程序员第一玄学
- 命令标注圆半径怎么用
- 嵌入式基础命令
- 当程序员必学的编程语言
- 程序员有天赋
- 程序员的中介模式
- 分析员设计员程序员职责