python安装cmaps包

‘壹’ 如何用python绘制Circos图

用Python实现Circos图的绘制在线绘制的Circos有一定局限性，如对数据的要求、个性化的局限和处理速度等的问题，但如果你是一个Pythoneer或者喜欢用更加Pythonic的方式来个性化地绘制Circos图，那么今天就跟随我一起用代码实现这一目标吧！

安装Circos包

首先，登录Python的包索引网站PythonPackageIndex（PyPI，正确读音是：PiePeeAi），找到Circos包的下载页：

https://pypi.python.org/pypi/Circos/1.3.5

该包/模块的作者是我的好友EricMa。你可以选择下载wheeler文件，然后本地安装。也可以在shell下直接通过pip进行安装：

pipinstallcircos

注意，所支持的Python版本必须是3.x，对2不支持。

选择数据

当安装了circos包后，我们就可以直接应用这个包来写代码了。为了演示方便，我需要应用一些数据。作为内科医师，就让我来展示一下老本行：处理药物与肝酶细胞色素P450的相互关系的可视化。由于是为了抛砖引玉，所以绘制出的Circos图相对简单。

我们先从美国FDA官网下载不同细胞色素相关的各种口服药物表。共202种常用的口服药物，涵盖内科学、肿瘤学、神经科和心理学等学科。数据文件如下：

可以看到这个数据的结构：是按肝细胞色素酶进行分类，共分8个列。这8个细胞色素酶分别是：CYP1A2,CYP2B6,CYP2C8,CYP2C9,CYP2C19,CYP2D6,CYP2E1和CYP3A4。我们将要建立各个口服药与这些肝酶之间关系的Circos图，从而了解通过相同肝酶代谢或转化的药物之间是否存在相互作用。

导入各个模块和读入数据

导入各个模块：

fromcircosimportCircosPlot

importxlrd

importpandasaspd

importnumpyasnp

读入文件：

filename='.\MedicationInteraction.xlsx'

book=xlrd.open_workbook(filename)

print('Fileloaded!')

提取数据：

nrows=book.sheet_by_name('Sheet1').nrows

header=book.sheet_by_name('Sheet1').row_values(0)

data=[book.sheet_by_name('Sheet1').row_values(i)foriinrange(1,nrows)]

df=pd.DataFrame(data,columns=header)

df[df=='']=np.nan

读取后，药物和酶的数据为pandas的DataFrame数据结构，细胞色素P450酶的名字为columns的名字。我们可以检查一下数据：

修数据，尤其是处理NA数据

df_dict={}

foriinrange(len(df.columns)):

df_dict[df.icol(i).name]=list(df.icol(i).dropna())

节点和连线

创建节点（nodes）数据，在我这个例子里就是各个药物和肝酶：

nodes=[]

forkeyindf_dict.keys():

nodes.extend(df_dict[key])

nodes=list(nodes)

headers=list(df.columns)

enzymes=['0']*5

forheaderinheaders:

enzymes.append(header)

enzymes.extend(['0']*5)

nodes.extend(enzymes)

创建连线（edges）数据，我们应用tuple（元组）这个数据结构来表示药物与特定肝酶之间的关系：

edges_origin=[]

forkeyindf_dict.keys():

forvalueindf_dict[key]:

edges_origin.append((key,value))

绘图

绘制Circos图：

c=CircosPlot(nodes,edges_origin,radius=10,

nodecolor="blue",

edgecolor="red",

)

c.draw()

得到了下面这张所有药物与肝酶之间的图：

左上方是8个肝脏细胞色素P450酶（CYP1A2、CYP2B6、CYP2C8、CYP2C9、CYP2C19、CYP2D6、CYP2E1和CYP3A4）。其它点即为202种口服药物。每种药物都与参与代谢和转化它的P450酶相连。与相同酶连接的不同药物，理论上应该都存在相互作用，但具体如何还要看与酶的作用机理。

个性化绘图

如果我们打算分别可视化出不同肝酶的关系图形，我们只需改变连线信息，即edges信息：

edges=[]

‍forvalueindf_dict['CYP2B6']:

edges.append(('CYP2B6',value))

c=CircosPlot(nodes,edges,radius=10,

nodecolor="orange",

edgecolor="orange",

)

c.draw()

从而我们得到了各种肝酶所代谢和转化药物的图形

用PS将它们合并：

相同肝酶所代谢和转化的药物用相同颜色的edges表示。

显示特定药物

最后，我们可以挑选其中一些感兴趣的药物来进行观察，例如，我从这202个药物中指定几个我感兴趣的药物：

propafenone（心律平）,acetaminophen（对乙酰氨基酚）,paclitaxel（紫杉醇）,ibuprofen（布洛芬）,losartan（洛沙坦）,omeprazole（奥美拉唑）,carvediolo（卡维地洛）,codeine（可待因）,theophylline（茶碱）,quinidine（奎尼丁）,verapamil（异搏定）,lovastatin（洛伐他汀）,nitrendipine（尼群地平）

然后重新建立edges：

medications=['propafenone','acetaminophen','paclitaxel','ibuprofen','losartan','omeprazole','carvedilol','codeine','theophylline','quinidine','verapamil','lovastatin','nitrendipine']

edges_candidate=set()

formedicationinmedications:

foredgeinedges_origin:

ifmedication==edge[1]:

edges_candidate.add(edge)

edges_candidate=list(edges_candidate)

然后再绘图：

c=CircosPlot(nodes,edges_candidate,radius=10,

nodecolor="black",

edgecolor="black",

)

c.draw()

从而得到这张图。

‘贰’ pip 安装Python包时老是出现拒绝访问的提示，除了直接下载包应该怎么办

使用yum试试，或者wget下载包

‘叁’ 如何在mac版本的python里安装pip

mac里面python自带easy_install的，最快的应该就是在terminal里面sudo easy_install pip了，网络好几秒就ok。运行完可以用pip help测试一下是否安装成功，成功安装后，直接pip install numpy或者其他包就可以了。
ps：用sudo的时候需要输入密码，这个密码是你自己电脑的密码，输入的时候采取了“保密措施”，你看不到自己输入的字符，完整的输入进去以后，回车就可以了。

‘肆’ 用pip安装python第三方包的时候显示错误

pip 不是在python解释器中运行。而是在windows的命令行下运行，pip在PythonScripts目录

下，cmd，cd到该目录，然后输入pip install googlemaps 。

‘伍’ 如何在win7下安装Python及配置

1、首先，从网络搜索python官网下载适合自己电脑python版本。

‘陆’ python中pip install怎样安装，求从下载到成功的具体步骤

1. Download the package(.whl file) from the website
2. Copy the .whl file into the C:\Python34\Scripts
3. run window command prompt and path is C:\Python34\Scripts
4. type"pip install XXXXX.whl"
PS: some high-level package need to install other packages before accordinglywhich would be seen in the command window

‘柒’ python zip包怎么安装

双击安装包，以管理员身份运行，点击”Next“，
选择安装路径，点击”Next“，
点击”Next“，
安装过程如下
6
点击”Finish“
7
配置系统环境变量，找到系统环境变量Path，在最后面追加python的路径，
8
打开cmd命令，输入python，看到如下界面，说明python已经安装成功并正常运行。

‘捌’ win XP的系统应该装哪个python的安装包

直接装2.x系列和3.x系列的最新版本行了，不需要严格对应安装那两个版本。

Python 3.3.2
32位：http://www.python.org/ftp/python/3.3.2/python-3.3.2.msi
64位：http://www.python.org/ftp/python/3.3.2/python-3.3.2.amd64.msi

Python 2.7.5
32位：http://www.python.org/ftp/python/2.7.5/python-2.7.5.msi
64位：http://www.python.org/ftp/python/2.7.5/python-2.7.5.amd64.msi

如果你的是64位系统，那么选择32位或64位版本都可以，不过64位更佳。如果是32位系统，那只能用32位版本。

‘玖’ Python之安装和环境配置

python的下载

1.可以去python官网下载，https://www.python.org/

2.下载完成后，安装即可。

python的检测

1.打开开始-运行-cmd（快捷键win+R）。 如果是mac，打开使用工具-终端。

2.在终端里输入python，以下画面就是进入python了，表示安装成功。

相关推荐：《Python视频教程》

python环境变量

这里是win10举例

右键我的电脑-属性-高级

2.选择环境变量---在系统变量里找到Path---然后双击，进去之后新建，将python的路径添加进去即可。

环境变量设置好之后cmd运行python就方便了许多。（不太明白的可以去网络搜，这些安装改环境变量网上有很多，就不多说废话了）

补充：如果安装了多个python版本，在cmd里运行python，一般电脑默认优先运行先安装的。

解决方法，可以给python重新命名，然后再设置环境变量，这样在cmd里运行即可。例如：python2和python3运行cmd直接输入python2或者python3即可。

3.变量名

可以由字母/数字/下划线组成

ps：~数字不能开头

~不能是关键字（and、as、assert、break、class、continue、def、del、elif、else、except、exec、finally、for、from、global、if、import等等）

~最好不要和python内置的东西重复

~变量名最好写的有意义，一看名字就能看懂是什么。 比如： user_name user_age user_id

‘拾’ PyCharm怎么安装

python入门：环境配置和IDE安装

首先是本人的PC系统环境：win 8,64位。

一、python环境配置

（1）官网下载python 2.7.10【如果是win 8系统,貌似装3.5.0版本的会出错0x80240017】

https://www.python.org/downloads/release/python-2710/

ok,到此就完成了python的入门学习，还是非常简单。深知python只是一个易上手工具，后面的路还有很长，加油。

PS：修改界面的风格方式：File->Settings->Editor->Colors&Fonts在Scheme中选择其他风格即可。至于为什么都喜欢这个界面呢？可能是...大家都懂！