① linux R语言运行脚本,提示载入程辑包,运行不成功
“载入需要的程辑包:”这种提示没什么大不了的,实在觉得烦就在脚本里导致出现这些东西的命令外面套一层suppressMessages()函数,比如suppressMessages(library(foreach))。
关键是后面提示的错误要解决。
② 跪求!!Linux下用R语言画图的高手(Error in X11,unable to open connection to X11 display )
楼主图形界面是必须在X模式下显示的,就算你需要浏览一张图片也需要X。
除非你这个图片单纯由printf colour组成的。
if [ -n "$(pgrep -x X) ]; then
sudo killall X
fi
xinit &> /dev/null &
export DISPLAY=:0.0
你可以去问下你们老师,他绝对不敢说,比如说我打开office不需要启动X
③ linux服务器怎么运行r语言
我有点不太理解是什么意思……Linux系统都有对应的R软件版本,可以从R的官网下载,安装了之后直接打开R运行就好了吧。
④ linux服务器安装R语言及Rstudio server
在linux服务器上使用R语言及Rstudio server
cat /etc/redhat-release: 查看服务器系统版本
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.e.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.6.1.tar.gz
checking for rl_callback_read_char in -lreadline... no
configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available
configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages
6.安装
make
make install
安装成功!
R #在命令行直接输入“R”即可进入R 编辑。
q() ##退出R编辑
7.安装R-studio-server
wget https://download2.rstudio.org/server/centos6/x86_64/rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm
yum install rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm
8.R-studio-server的一些命令
rstudio-server start ##启动 rstudio
rstudio-server stop ## 关闭rstudio
rstudio-server status ## 查看rstudio 运行状态
运行rstudio-server status出现 “Active: active (running) ” 表示rstudio 已启动
rstudio-server verify-installation ## 查看rstudio 安装错误
rstudio-server restart ##重启
ifconfig ##查看服务器ip地址。
查看运行中R进程
rstudio-server active-sessions
指定PID,停止运行中的R进程
rstudio-server suspend-session <pid>
停止所有运行中的R进程
rstudio-server suspend-all
强制停止运行中的R进程,优先级最高,立刻执行
rstudio-server force-suspend-session <pid>
rstudio-server force-suspend-all
RStudio Server临时下线,不允许web访问,并给用户友好提示
rstudio-server offline
RStudio Server临时上线
rstudio-server online
8.rstudio-server系统设置
主要有两个配置文件,默认文件不存在(非必要,可不做修改)
/etc/rstudio/rserver.conf
/etc/rstudio/rsession.conf
vi /etc/rstudio/rserver.conf
www-port=8080#监听端口,默认是8787,可以不做修改
www-address=127.0.0.0#允许访问的IP地址,默认0.0.0.0
rstudio-server restart
vi /etc/rstudio/rsession.conf
session-timeout-minutes=30#会话超时时间
r-cran-repos= http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN #CRAN资源库
rsession-which-r=/usr/local/bin/R ## 如果非root安装,更改R所在目录。
9.通过浏览器连接Rstudio-server
直接打开浏览器,输入http://<服务器ip>:8787 ## 如果修改过rserver.conf文件,后面的8787端口改为相应的端口即可。
这里需要我们输入用户名和密码。关于用户名有2点注意事项:
(1).不允许使用system 用户登陆,即用户ids小于100的用户。只能用普通用户登录
(2).用户的认证可以使用RSA。
如果没有普通用户,可以添加:
useradd newname # 添加一个名为newname的用户
passwd newname ###给新用户newname 设置密码,密码需是复杂密码,否则可能通不过。
usermod -G happy newname ####将新用户newname添加到happy 用户组中,
在用useradd添加用户之后,在默认的情况下,该账号是暂时被封锁的, 也就是说,该账号是无法登录,须要用passwd命令来给新创建的用户设置密码之后才可以使用。
10可能存在的问题
10.1如果你的rstudio-server没有启动 很大程度是安装有误,这里我将我遇到的错误分享出来
rstudio-server verify-installation
There is a libR.so in /usr/lib/R/lib, but (weirdly) ls -l reveals that
it dates from the my previous install of R-3.5.1 for which I did not
configure with --enable-R-shlib.
这里就提到无法找到libR.so文件,原因是配置R语言文件时,没有加参数--enable-R-shlib.
这就必须要重新安装R语言。使用make uninstall 删除之前的安装,最好也删除R-3.6.1所在的文件夹,用“rm -r -f R-3.6.1".
使用rm 命令 -r 参数表示全部删除, -f 参数表示强制删除,不会提醒。 同时使用这两个参数要小心。
10.2 普通用户无法启动rstudio-server
sudo rstudio-server start## 以管理员方式执行命令
这时会需要输入密码并提示
xxx is not in the sudoers file.This incident will be reported.
如果不想出现上面的提示,就是给该用户提高权限,添加用户使用sudo的权利。
su root ###切换到root用户,如果有root权限的话。
chmod u+w /etc/sudoers ###添加sudo文件的写权限
vi /etc/sudoers ###编辑sudoers文件,添加权限。
找到这行 root ALL=(ALL) ALL,在他下面添加xxx ALL=(ALL) ALL (这里的xxx是你的用户名)
youuser ALL=(ALL) ALL
%youuser ALL=(ALL) ALL
youuser ALL=(ALL) NOPASSWD: ALL
%youuser ALL=(ALL) NOPASSWD: ALL
chmod u-w /etc/sudoers ##撤销sudoers文件写权限
⑤ 如何在linux下用R语言通过odbc访问oracle
一、下载安装包
http //www unixodbc.org/
下载文件:unixODBC-2.3.4.tar.gz
Oracle ODBC Driver
http //www oracle.com/technetwork/topics/linuxx86-64soft-092277.html
(根据系统需求进oracle官网下载相应版本)
下载文件:
oracle-instantclient12.1-basic-12.1.0.2.0-1.x86_64.rpm
oracle-instantclient12.1-devel-12.1.0.2.0-1.x86_64.rpm
oracle-instantclient12.1-odbc-12.1.0.2.0-1.x86_64.rpm
oracle-instantclient12.1-sqlplus-12.1.0.2.0-1.x86_64.rpm
二、 安装
1、 安装unixODBC
以root的身份运行:
tar –zxvf unixODBC-2.3.4.tar.gz
cd unixODBC-2.3.4
./configure --prefix=/usr/local/unixODBC-2.3.4 --includedir=/usr/include --libdir=/usr/lib --bindir=/usr/bin --sysconfdir=/etc
make
make install
安装成功后,unixODBC所需的头文件都被安装到了/usr/inlucde下,编译好的库文件安装到了/usr/lib下,与unixODBC相关的可执行文件安装到了/usr/bin下,配置文件放到了/etc下。
2、 安装数据库ODBC驱动
在ubuntu下用alien,在centos下用rpm安装oracle的四个包。
进入oracle的安装目录(/usr/lib/x64/oracle/)
chmod 775 odbc_update_ini.sh
./odbc_update_ini.sh /etc(没有提示表示安装成功)
其中,odbc_update_ini.sh参数说明:
参数1:unixODBC安装路径。
参数2:驱动安装的绝对路径(可选)。
默认为运行脚本的路径。
参数3:驱动名(可选),默认为Oracle 11g ODBC driver。
参数4:数据源名称(可选)。
运行完成后将添加一个DNS条目到$HOME/.odbc.ini ,/etc/odbcinst.ini,名称为:OracleODBC-11g
三、 设置环境变量
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib/x64/oracle/instantclient_11_2:/usr/local/lib
PATH=$PATH:/usr/local/bin
TNS_ADMIN(如果安装有oracle软件那么对应的就是$ORACLE_HOME/network/admin/目录,如果没有安装相应oracle软件,需要指定tnsnames.ora所在的目录,可选)
NLS_LANG(设定合适的字符集,可选)
LANG(系统字符编码,可选)
/etc/profile (注意前面的英文句号,点号后面有空格) 将环境变量注册.
一般来说,在centos里面你可以通过在/etc/ld.so.conf.d/目录下建一个新文件来实现
文件的名字是xxxx.conf,比如oracleinstantclient.conf
里面的内容就是目录:比如/usr/local/lib,可参考其他文件
建好后,运行ldconfig,就可以把ld新配置装载进系统了
四、 配置本地服务名(tnsnames.ora)
按环境变量中TNS_ADMIN的设置目录,添加本地服务名:$TNS_ADMIN/tnsnames.ora或$ORACLE_HOME/network/admin/tnsnames.ora
例如:TEST = (DESCRIPTION = (ADDRESS_LIST = (ADDRESS = (PROTOCOL = TCP)(HOST = xx.xx.xx.xx)(PORT = 1521)) ) (CONNECT_DATA = (SERVICE_NAME = test) ) )
注:此处HOST为所连接的ip地址,PORT为端口号
五、 检查驱动配置
vi /etc/odbcinst.ini 在其中添加oracle驱动,如
[Oracle 11g ODBC driver]
Description = Oracle ODBC driver for Oracle 11g
Driver = /root/instantclient_11_2/libsqora.so.10.1
Setup =File
Usage =
CPTimeout =
CPReuse =
六、 添加oracle odbc配置(oracle用户)
vi ~/.odbc.ini
[OracleODBC-10g]
Application Attributes = T
Attributes = W
BatchAutocommitMode = IfAllSuccessful
BindAsFLOAT = F
CloseCursor = F
DisableDPM = F
DisableMTS = T
Driver = Oracle 11g ODBC driver #对应/usr/local/etc/odbcinst.ini中的驱动配置名称
DSN = OracleODBC-11g
EXECSchemaOpt =
EXECSyntax = T
Failover = T
FailoverDelay = 10
FailoverRetryCount = 10
FetchBufferSize = 64000
ForceWCHAR = F
Lobs = T
Longs = T
MetadataId
Default = F
QueryTimeout = T
ResultSets = T
ServerName =TEST #对应tnsnames.ora中配置的本地服务名SQLGetData extensions = F
Translation DLL =
Translation ption = 0
DisableRULEHint = T
UserID =
七、 测试
用命令:isql<数据源名称> <用户名> <密码> -v
[root@dwj~]$ isql OracleODBC-11g system oracle -v+---------------------------------------+|Connected! || ||sql-statement || help[tablename] ||quit || |+---------------------------------------+
⑥ r语言中怎么使用linux语句
1、下载
wget http://mirror.bjtu.e.cn/cran/src/base/R-3/R-3.0.1.tar.gz
2、解压:
tar -zxvf
R-3.0.1.tar.gz
cd R-3.0.1
3、安装 (当然也可以跳过)
yum
install readline-devel
yum install libXt-devel
./configure
4、 配置环境并编译安装
#
如果使用rJava需要加上 --enable-R-shlib
(这个我不需要,所以加入到后面)
# 如果3没安装, 那么后面加上: --with-readline=no
--with-x=no
./configure --prefix=/usr/R-3.0.1
make $$ make install
5、配置环境变量并生效
vi
⑦ 在linux(ubuntu)中使用网页版的rstudio
RStudio是R语言集成开发环境并做的应用软件,RStudio Server是一个基于绝返衡web访问的RStudio云端开发环境,需要安装在服务器上,支持多用户远程访问使用。可以在网页端打开,而且界面与windows版本的相同。
安装就先不说了,挺简单世迟的。安装完成后输入rstudio-server可以看到相应的指令。
为了激活,我们输入rstudio-server start,就已经激活了。但要在网页端打开,我们还要知道ip是多少。
输入ifconfig,我们可以看到ip
⑧ linux r语言写的包怎么使用
1、通过选择菜单:程序包->安装程序包->在弹出的对话框中,选择你要安装的包,然后确定。2、使用命令install.packages(package_name,dir)package_name:是指定要安装的包名,请注意大小写。dir:包安装的路径。默认情况下是安装在..\library 文件...
⑨ 如何在linux下用R语言通过odbc访问oracle
1:Obtain a package called “RODBC” in order to connect with the database.Download it here: http://cran.r-project.org/web/packages/RODBC/index.html
2:Start R, switch to the location which contains the RODBC package and an enter the following R code:
install.packages(packagename.tar.gz)
3:After the package installation you can create a channel:
ch=odbcConnect("ORACLE2")
4:Check the channel with odbcGetInfo(ch)
5:If the connection was successful, the console shows something like this:
odbcGetInfo(ch)
DBMS_Name DBMS_Ver Driver_ODBC_Ver
"Oracle" "10.02.0010" "03.52"
Data_Source_Name Driver_Name Driver_Ver
"ORACLE2" "SQORA32.DLL" "11.02.0001"
ODBC_Ver Server_Name
"03.52" "143.93.91.33:1521/xe"
⑩ 如何在linux下用R语言通过odbc访问oracle
1. 要安装 oracle client 光盘, 用ONCA 配置好ORACLE本地的NET服中羡姿务 2. 开始 -> 运行 -> odbcad32 -> 用户DSN -> 添加 -> 选 "oracle in orahome' ->派掘 输入 TNS名, 用户 -> 点"测试连接" -> 输入密码 -> 提示连接卖绝成功.