在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：
通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：
参数的用法介绍：
注意事项：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 > 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键
less命令重要的补充用法2 ：
参数用法：
less命令 不加参数 查看文件：
less命令加 -N参数 查看文件：显示行号
less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整
对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。
常见参数:
切记：用less命令，按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前：
排列后：
解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之，uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用> (重定向)或是 >>(追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符
补充小知识 ：
清屏 ：control L
查看历史（输入过的）命令 ：history
② 利用Linux命令行进行文本按行去重并按重复次数排序
利用linux命令行进行文本按行去重并按重复次数排序linux命令行提供了非常强大的文本处理功能，组合利用linux命令能实现好多强大的功能。本文这里举例说明如何利用linux命令行进行文本按行去重并按重复次数排序。主要用到的命令有sort，uniq和cut。其中，sort主要功能是排序，uniq主要功能是实现相邻文本行的去重，cut可以从文本行中提取相应的文本列(简单地说，就是按列操作文本行)。用于演示的测试文件内容如下：[plain]Hello
World.
Apple
and
Nokia.
Hello
World.
I
wanna
buy
an
Apple
device.
The
Iphone
of
Apple
company.
Hello
World.
The
Iphone
of
Apple
company.
My
name
is
Friendfish.
Hello
World.
Apple
and
Nokia.
实现命令及过程如下：[plain]1、文本行去重
(1)排序
由于uniq命令只能对相邻行进行去重复操作，所以在进行去重前，先要对文本行进行排序，使重复行集中到一起。
$
sort
test.txt
Apple
and
Nokia.
Apple
and
Nokia.
Hello
World.
Hello
World.
Hello
World.
Hello
World.
I
wanna
buy
an
Apple
device.
My
name
is
Friendfish.
The
Iphone
of
Apple
company.
The
Iphone
of
Apple
company.
(2)去掉相邻的重复行
$
sort
test.txt
|
uniq
Apple
and
Nokia.
Hello
World.
I
wanna
buy
an
Apple
device.
My
name
is
Friendfish.
The
Iphone
of
Apple
company.
2、文本行去重并按重复次数排序
(1)首先，对文本行进行去重并统计重复次数(uniq命令加-c选项可以实现对重复次数进行统计。)。
$
sort
test.txt
|
uniq
-c
2
Apple
and
Nokia.
4
Hello
World.
1
I
wanna
buy
an
Apple
device.
1
My
name
is
Friendfish.
2
The
Iphone
of
Apple
company.
(2)对文本行按重复次数进行排序。
sort
-n可以识别每行开头的数字，并按其大小对文本行进行排序。默认是按升序排列，如果想要按降序要加-r选项(sort
-rn)。
$
sort
test.txt
|
uniq
-c
|
sort
-rn
4
Hello
World.
2
The
Iphone
of
Apple
company.
2
Apple
and
Nokia.
1
My
name
is
Friendfish.
1
I
wanna
buy
an
Apple
device.
(3)每行前面的删除重复次数。
cut命令可以按列操作文本行。可以看出前面的重复次数占8个字符，因此，可以用命令cut
-c
9-
取出每行第9个及其以后的字符。
$
sort
test.txt
|
uniq
-c
|
sort
-rn
|
cut
-c
9-
Hello
World.
The
Iphone
of
Apple
company.
Apple
and
Nokia.
My
name
is
Friendfish.
I
wanna
buy
an
Apple
device.
下面附带说一下cut命令的使用，用法如下：[plain]cut
-b
list
[-n]
[file
...]
cut
-c
list
[file
...]
cut
-f
list
[-d
delim][-s][file
...]
上面的-b、-c、-f分别表示字节、字符、字段（即byte、character、field）；
list表示-b、-c、-f操作范围，-n常常表示具体数字；
file表示的自然是要操作的文本文件的名称；
delim（英文全写：delimiter）表示分隔符，默认情况下为TAB；
-s表示不包括那些不含分隔符的行（这样有利于去掉注释和标题）
三种方式中，表示从指定的范围中提取字节（-b）、或字符（-c）、或字段（-f）。
范围的表示方法：
n
只有第n项
n-
从第n项一直到行尾
n-m
从第n项到第m项(包括m)
-m
从一行的开始到第m项(包括m)
-
从一行的开始到结束的所有项
在写这篇文章的时候，用到了vim的大小写转化的快捷键：gu变小写，gU变大写。结合ctrl+v能够将一片文字中的字符进行大小写转换，非常好用。
③ linux命令grep
grep搜索成功，则返回0，如果搜索不成功，则返回1，如果搜索的文件不存在，则返回2。
-n 打印行号
grep -n ".*" h.txt 所有打印行号
grep -n "root" h.txt 匹配的内容显示行号
-v 不包括
-E 表示过滤 多个参数
grep -Ev "sshd|network|crond|sysstat|"
-o:仅打印你需要的东西，默认打印正行
grep -o "hello" h.txt
-i:忽略大小写
grep -i "hello" h.txt
-c: 用于统计文中出现的次数
--color=auto 过滤字段添加颜色
\b：作为边界符，边界只包含特定字符的行
grep "\boldboy\b" /etc/passwd -->只过滤包含oldboy的行
从多个文件中查找关键词
grep "omc" /etc/passwd /etc/shadow
数据去重：cat log | sort | uniq
④ linux sort 命令整理
无论是工作中使用还是应付各种面试，linux sort 都是必须要掌握的 linux 基本命令之一。尤其是 linux sort -k 命令，经常会被搞晕，索性好好研究一下 sort 命令
语法：
选项：
参数就不一一介绍了，直接上例子，首先先看下原始的排序数据
cat sort.log
1、打印从哪列开始是乱序
sort -c sort.log; echo $?
sort -C sort.log; echo $?
其中，返回结果 1，表示文件不是已经排序好的文件
2、默认排序( 整行进行ASCII字符升序)
sort sort.log
3、高能来了，让人迷糊的 k 语法，首先看下 k 的语法格式
这个语法格式可以被其中的逗号（”,”）分为两大部分，Start部分和End部分
Start和End部分都由三部分组成，其中的Modifier部分就是类似n和r的选项部分，可省略
FStart、Fend，表示使用的域，而CStart则表示在FStart域中从第几个字符开始算"排序首字符",同理,CEnd表示结尾的第几个字符是排序末尾字符,.CStart、.CEnd是可以省略的，分别表示从本域的开头部分开始、到本域的域尾结束,CEnd设定为0,也是表示结尾到域尾。口说无凭，上几个例子吧
3.1 对第三列进行排序，如果不加n，按照 ASCII字符排序
sort -t $' ' -k 3 sort.log
3.2 加n后，按照数值排序
sort -t $' ' -k 3n sort.log
3.3 不指定 FEnd 时，多个 -k 从前往后排序可以，从后往前不行
从后往前，多个 -k，数据符合预期
sort -t $' ' -k 3n -k 1 sort.log
从后往前，多个 -k ，第三列相同时，按照第一列降序排列，数据符合预期
sort -t $' ' -k 3n -k 1r sort.log
更换成从前往后
sort -t $' ' -k 1 -k 3n sort.log
sort -t $' ' -k 1 -k 3nr sort.log
通过 sort -t $' ' -k 1 -k 3n sort.log 和 sort -t $' ' -k 1 -k 3nr sort.log 返回的结果发现，在第一列相等时，无论其三列是正序排列，还是逆序排列，结果都一样，说明后边的 -k 未生效
当指定 FEend 后
sort -t $' ' -k 1,1 -k 3nr sort.log
3.4 作用域
紧跟在字段后的选项(如"-k3n"的"n"和"-k2nr"的"n"，"r")称为私有选项，使用短横线写在字段外的选项(如"-n"、"-r")为全局选项。当没有为字段分配私有选项时，该排序字段将继承全局选项，所有选项包括但不限于"bfnrhM"
除了"b"选项外，其余选项无论是指定在FStart还是FEnd中都是等价的，对于"b"选项，指定在FStart则作用于FStart，指定在FEnd则作用于FEnd
sort -t $' ' -k1r,2 sort.log ，可以看出一、二列都是倒叙排列
3.5 注意
指定n选项按数值排序时, 由于"n"选项只能识别数字和负号"-"，当排序时遇到无法识别字符时，将导致该key的排序立即结束，n选项绝对不会跨域进行比较
默认情况下，sort会进行一次 "最后的排序" ，按照默认规则对整行进行一次排序，这次排序称为"最后的排序"
sort -t $' ' -k3n sort.log ，在第三列相等时，整行会按照 ASCII 进行最后的升序排列
sort -t $' ' -k3,4n -s sort.log ，加了 -s 后，不会进行最后的排序(1000相同时，e在b的前边了)，而是保留原排序
3.6 按照某个域中的第n个字符进行排序
sort -t $' ' -k2.3,2.3 sort.log ，按第二列第三个字符进行排序
4、 -h 使用易读性数字(例如:2K、1G)
sort -t $' ' -k5h sort.log
sort -t $' ' -k2,2 sort.log|uniq
sort -t $' ' -k2,2 -u sort.log 会对第二列进行去重，而 sort -t $' ' -k2,2 sort.log|uniq 会对整行进行去重(当然uniq也可以按照第二列进行去重)
sort整理完了，欢迎大牛指教
⑤ linux去重命令
linux重启命令是：
1、在命令行中输入： shutdown -r now : 表示现在重启计算机，按下回车便会进行重启。
2、另一种重启方式就是输入： reboot 也表示重启，一样会进行重启。
Linux是一套免费使用和自由传播的类Unix操作系统，是一个基于POSIX和Unix的多用户、多任务、支持多线程和多CPU的操作系统。它能运行主要的Unix工具软件、应用程序和网络协议。它支持32位和64位硬件。Linux继承了Unix以网络为核心的设计思想，是一个性能稳定的多用户网络操作系统。